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摘要: 001、问题 002、解决方法 (base) [root@pc1 MaSuRCA-4.1.0]# yum -y install perl-devel 参考:https://www.likecs.com/ask-702675.html 。 阅读全文
posted @ 2023-09-24 22:50 小鲨鱼2018 阅读(68) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 001、问题 002、解决方法 (base) [root@pc1 MaSuRCA-3.3.1]# yum -y install bzip2* 参考:https://blog.csdn.net/weixin_34381687/article/details/92282774 阅读全文
posted @ 2023-09-24 22:19 小鲨鱼2018 阅读(19) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 001、问题 002、解决方法 (base) [root@pc1 MaSuRCA-3.3.1]# yum install zlib-devel -y 参考:http://blog.chinaunix.net/uid-20344928-id-5751083.html 阅读全文
posted @ 2023-09-24 22:16 小鲨鱼2018 阅读(56) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 001、问题 002、解决方法 (base) [root@pc1 MaSuRCA-3.3.1]# yum -y install boost boost-devel (base) [root@pc1 MaSuRCA-3.3.1]# yum -y install gcc-c++.x86_64 gperf 阅读全文
posted @ 2023-09-24 22:12 小鲨鱼2018 阅读(6) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 001、.condarc 存在于个人用户的家目录下, 在初次安装完conda并不会生成,在运行完conda config后才会生成 (base) [root@pc1 ~]# cd ~ ## 回到用户个人家目录 (base) [root@pc1 ~]# ls ## 列出文件 anaconda3 Des 阅读全文
posted @ 2023-09-24 17:40 小鲨鱼2018 阅读(1979) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 查看镜像、添加镜像、删除镜像 001、查看镜像源 a、 (base) [root@pc1 test1]# conda config --show channels ## 查看镜像源 channels: - defaults b、 (base) [root@pc1 ~]# conda config # 阅读全文
posted @ 2023-09-24 11:37 小鲨鱼2018 阅读(13) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 001、列出环境 (base) [root@pc1 home]# conda env list ## 列出环境 # conda environments: # base * /root/anaconda3 (base) [root@pc1 home]# conda info --env ## 列出环 阅读全文
posted @ 2023-09-24 10:59 小鲨鱼2018 阅读(20) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 001、问题:conda创建python环境遇到如下问题: Collecting package metadata (current_repodata.json): | DEBUG:urllib3.connectionpool:Starting new HTTPS connection (1): r 阅读全文
posted @ 2023-09-23 22:06 小鲨鱼2018 阅读(1966) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 建库过程PCA扩增过程中引入重复序列,会对变异检测结果产生影响,重复的DNA片段会比对到参考基因组的相同位置,根据这一特点来进行去重复。 001、gatk(picard标记重复) gatk MarkDuplicates -I sample01.sorted.bam -O sample01.sorte 阅读全文
posted @ 2023-09-22 22:58 小鲨鱼2018 阅读(184) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 001、 01、bwa index x.fa: 对参考基因组构建索引,这其实是在为参考序列进行Burrows Wheeler变换(wiki: 块排序压缩),以便能够在序列比对的时候进行快速的搜索和定位。 02、samtools sort: 因为测序的reads是无序的,比对生成的sam/bam文件也 阅读全文
posted @ 2023-09-22 21:58 小鲨鱼2018 阅读(126) 评论(0) 推荐(0) 编辑
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