摘要：
1、使用gatk 对 排序后bam文件进行标记重复出现如下报错： 经过查询，是由于服务器对一次进程可以同时打开的文件数目有限制导致报错。 可以通过Linux系统打开文件最大数量限制设置解决。 2、查看并设置linux系统打开文件最大数目 ulimit -n ulimit -n 10240 ulimi 阅读全文
摘要：
1、在ncbi下载sratools软件 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-centos_linux64.tar.gztar -xzvf sratoolkit.2.10.8-centos_l 阅读全文
摘要：
1、order函数用于返回向量大小顺序的秩。 测试： a <- c(3,5,2,0) order(a) 代码效果： b <- c(200,600,800,400,100) order(b) 代码效果： 可见 order函数默认用于返回向量从下到大排序在原始向量中的位次（秩）。 2、加参数decrea 阅读全文
摘要：
1、comm 用于对两个文件取交集或者并集， 用法 comm file1 file2，生成三列数据，第一列file1唯一的行，第二列file2唯一的行，第三列file1和file2共有的行 创建测试数据 a.txt b.txt cat a.txt sss eee rrr 555 888 333 bb 阅读全文
摘要：
管道符、重定向和环境变量 一、输入输出重定向 1>: 表示标准输出，1可以省略； 2> ：表示标准错误输出，2 一定不能省略。 > : 输出重定向，将清空原有的内容。 >>：输出重定向，将追加至原来文件的后面。 2、 管道符 ：将上一个命令的标准输出作为下一个命令的标准输入。 例：grep "/sb 阅读全文
摘要：
1、在使用gatk 构建 索引文件过程中报错如下： 2、查看java java java --version echo $JAVA_HOMErpm -qa|grep jdk 发现没有安装java。 3、下载安装java 下载地址 https://www.oracle.com/java/technol 阅读全文
摘要：
1、安装gatk-4.1.8.1遇到如下报错： 2、检测python 发现只有python3 3、为Python3建立软连接： 4、测试python 和 gatk 已经可以使用。 阅读全文
摘要：
1、samtools软件安装中遇到如下问题： ./configure 2、解决方法 yum install gcc gcc-c++ zlib zlib-devel openssl openssl-devel libtool -y 参考：https://www.cnblogs.com/clicli/p 阅读全文
摘要：
1、samtools安装过程中遇到： ./configure 2、解决方法： yum -y install libcurl-devel 参考：https://www.cnblogs.com/vania/p/7081427.html 阅读全文
摘要：
1、安装samtools 软件中 遇到如下错误： ./configure 2、解决办法： yum -y install xz-devel 参考：https://support.huaweicloud.com/topic/199412-5-Q 阅读全文