小鲨鱼2018

2023年11月19日

./SNeP_111: /lib64/libm.so.6: version `GLIBC_2.29' not found (required by ./SNeP_111)

摘要： 001、软件报错如下： 002、系统 (base) [root@pc1 software]# cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) 003、查看glibc版本 (base) [root@pc1 software]# 阅读全文

posted @ 2023-11-19 22:20 小鲨鱼2018 阅读(349) 评论(0) 推荐(0) 编辑

exonerate-软件的安装

摘要： 001、 https://www.ebi.ac.uk/about/vertebrate-genomics/software/exonerate#:~:text=-,Exonerate,- 下载： 002、阅读全文

posted @ 2023-11-19 12:00 小鲨鱼2018 阅读(41) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2023年11月18日

查看perl中使用 cpan -i module安装过的模块

摘要： 001、 (base) [b20223040323@admin1 003_annotation]$ perldoc perllocal | grep "\"Module\"" ## 查看命令。阅读全文

posted @ 2023-11-18 15:19 小鲨鱼2018 阅读(67) 评论(0) 推荐(0) 编辑

/usr/bin/perl: symbol lookup error: Devel/Size/Size.so: undefined symbol: Perl_xs_apiversion_bootcheck

摘要： 001、perl报错如下：/usr/bin/perl: symbol lookup error: Devel/Size/Size.so: undefined symbol: Perl_xs_apiversion_bootcheck 002、产生原因及解决方法这个问题产生的原因是使用cpan安装的阅读全文

posted @ 2023-11-18 14:30 小鲨鱼2018 阅读(325) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Can't locate Devel/Size.pm in @INC (you may need to install the Devel::Size module)

摘要： 001、perl 模块报错如下：Can't locate Devel/Size.pm in @INC (you may need to install the Devel::Size module) 002、解决方法：安装该模块 (base) [b20223040323@admin1 003_an 阅读全文

posted @ 2023-11-18 11:47 小鲨鱼2018 阅读(182) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2023年11月17日

Linux 中 shell脚本统计fasta文件中每一条染色体的长度

摘要： 001、借助数组实现 a、无序输出 [root@pc1 test]# ls a.fa [root@pc1 test]# cat a.fa ## 测试fasta文件 >chr1 aattccgg ttcc >chr2 ttccc >chr3 tttc cct ## 统计脚本 [root@pc1 te 阅读全文

posted @ 2023-11-17 23:34 小鲨鱼2018 阅读(66) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Linux 中shell脚本实现给fasta文件中重复的染色体名做序号标记

摘要： 001、测试数据 [root@pc1 test]# ls a.txt [root@pc1 test]# cat a.txt ## 测试数据 >jcf7180003470556 2 7 >jcf7180003470556 3 8 >jcf7180003470552 4 9 6 >jcf71800034 阅读全文

posted @ 2023-11-17 23:16 小鲨鱼2018 阅读(16) 评论(0) 推荐(0) 编辑

linux 中变量类型

摘要： 001、Linux 中变量类型 01、系统变量：写入到系统配置文件中，启动终端则自动加载变量 02、shell变量：自定义临时变量 03、环境变量：通过使用export 作用与变量，使变量可以在进程间共享 env 可以显示所有的环境变量； set可以显示所有的变量；测试如下： [root@pc1 阅读全文

posted @ 2023-11-17 13:11 小鲨鱼2018 阅读(106) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Linux 中 sed命令替换带有斜杠的变量

摘要： 001、测试（错误做法） (base) [root@pc1 test]# ls a.txt (base) [root@pc1 test]# cat a.txt ## 测试数据 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 (base) [root@pc1 test]# sed "s/5/$PWD/" a 阅读全文

posted @ 2023-11-17 12:51 小鲨鱼2018 阅读(291) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2023年11月16日

fatal error: lzma.h: No such file or directory

摘要： 001、make编译报错：fatal error: lzma.h: No such file or directory 002、查找相关包 (base) [root@pc1 bedtools2-2.31.1]# yum search "liblzma" Loaded plugins: fastes 阅读全文

posted @ 2023-11-16 12:01 小鲨鱼2018 阅读(292) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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