小鲨鱼2018

2021年11月20日

摘要： 1、测试数据下载：ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-44/gff3/arabidopsis_thaliana/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.44.chromosome.1.gff3.gz 2、测试： root@P 阅读全文

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python3 中读取、写入文件实现替换指令示例

摘要： 1、测试 root@PC1:/home/test# ls a.txt test.py root@PC1:/home/test# cat a.txt ## 测试数据 gataaaaaataaatagaaacaaaatcactgaagaaCCAGTGTGCCTGCTCAGGTCAGATGAAGCCAGA 阅读全文

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2021年11月19日

python3中提取包含特定字符的行

摘要： 1、测试 root@PC1:/home/test# ls a.txt test.py root@PC1:/home/test# cat a.txt ## 测试数据 a 3 d s 1 j z c m q e i 3 4 k h f 3 root@PC1:/home/test# cat test.py 阅读全文

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shell 和 R 实现具有映射关系的数据的批量替换

摘要： 1、测试数据 root@PC1:/home/test# ls 5gene_CDs.bed id_mapping.txt root@PC1:/home/test# head -n 3 5gene_CDs.bed chr6 117609654 117609965 NM_001378891.1_cds_0 阅读全文

posted @ 2021-11-19 19:11 小鲨鱼2018 阅读(424) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R语言中gsub使用示例记录

摘要： 1、测试1 > bed <- c("NM_001378891.1_cds_0_0_chr6_117609655_r","NM_001378891.1_cds_1_0_chr6_117622137_r") > bed [1] "NM_001378891.1_cds_0_0_chr6_117609655 阅读全文

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python安装包国内镜像加速

摘要：示例： pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple jupyter 更新pip： python -m pip install --upgrade pip 阅读全文

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2021年11月17日

R语言中如何清除向量中的NA、返回非NA的索引、返回指定项的索引

摘要： 1、测试 test <- c(2,NA,5, 8, NA, 10, 5) test test2 <- as.integer(na.omit(test)) ## 清除NA test2 test3 <- which(!is.na(test)) ## 返回非空的索引 test3 test4 <- whic 阅读全文

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2021年11月16日

linux 系统中wget实现并行下载

摘要：（一） 1、测试 [root@centos79 test2]# ls source.txt [root@centos79 test2]# cat source.txt ## 首先准备了3个下载资源 https://s3.amazonaws.com/plink1-assets/plink_linux_ 阅读全文

posted @ 2021-11-16 18:48 小鲨鱼2018 阅读(809) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R语言中实现将多行数据合并为一行

摘要： 1、将连续两行数据合并为一行 dat <- read.table("outcome.ped") dat <- dat[,-(1:16)] dat result <- data.frame() ## 生成母版 for (i in 1:(nrow(dat)/2)) { ## 行数缩减1倍 temp1 < 阅读全文

posted @ 2021-11-16 18:07 小鲨鱼2018 阅读(5269) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R语言中如何将多列数据合并为一列

摘要： 1、两列合并为1列 dat <- read.table("outcome.ped") dat <- dat[,-(1:6)] dat result <- data.frame(v1 = 1:(2 * nrow(dat))) ## 先生成合并后的框架，两列合并为1列，因此行数翻倍 for (i in 阅读全文

posted @ 2021-11-16 17:46 小鲨鱼2018 阅读(13100) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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