小鲨鱼2018

2022年8月10日

linux 中shell将fasta文件的每一个scafflod的所有碱基整合为一行

摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.fasta (base) root@PC1:/home/test2# cat a.fasta ## 测试fasta文件 >scaffold_1 CCCGGGTAAAACGGGTCTTCAAGAAAACGCTCCTCCGTT 阅读全文

posted @ 2022-08-10 01:21 小鲨鱼2018 阅读(262) 评论(0) 推荐(0)

linux 中 shell 将fasta文件依据scafold 拆分为单独的文件

摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.fasta (base) root@PC1:/home/test2# sed '$a tag_tag' a.fasta -i ## 在fasta末尾添加一个标记tag_tag (base) root@PC1:/home/t 阅读全文

posted @ 2022-08-10 01:05 小鲨鱼2018 阅读(112) 评论(0) 推荐(0)

python 中根据基因位置信息在基因组fasta文件中获取对应的基因序列

摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.fasta list.txt test.py (base) root@PC1:/home/test2# head a.fasta ## 基因组fasta文件 >NC_000964.3 Bacillus subtilis s 阅读全文

posted @ 2022-08-10 00:13 小鲨鱼2018 阅读(786) 评论(0) 推荐(0)

2022年8月9日

python中截取序列的反向互补序列

摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test3# ls test.py (base) root@PC1:/home/test3# cat test.py ## 测试程序 #!/usr/bin/python def com_trs(str): list1 = [] str = rev 阅读全文

posted @ 2022-08-09 23:13 小鲨鱼2018 阅读(87) 评论(0) 推荐(0)

python 中列表内循环结构

摘要： 001、列表中 >>> list1 = list(range(11,20)) >>> list1 ## 测试列表 [11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19] >>> select = [2, 3, 7] ## 索引 >>> [list1[k] for k in sele 阅读全文

posted @ 2022-08-09 22:48 小鲨鱼2018 阅读(308) 评论(0) 推荐(0)

使用python以滑动窗口方式统计基因组fasta文件中各序列的各碱基（如GC碱基）平均含量

摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.fasta test.py (base) root@PC1:/home/test2# head a.fasta ## 测试数据 >scaffold_1 CCCGGGTAAAACGGGTCTTCAAGAAAACGCTCCTC 阅读全文

posted @ 2022-08-09 21:18 小鲨鱼2018 阅读(965) 评论(0) 推荐(0)

python 中将文本中多个连续的制表符或空格替换为一个制表符

摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.txt test.py (base) root@PC1:/home/test2# cat a.txt ## 测试数据 e d d f k d d e k d f j e f j (base) root@PC1:/home/ 阅读全文

posted @ 2022-08-09 17:09 小鲨鱼2018 阅读(497) 评论(0) 推荐(0)

python 中将多个连续的字符替换为一个字符

摘要： 001、 >>> import re ## 导入re包 >>> str = "aaaabbbbccccdddaaakkkk" ## 测试字符串 >>> re.sub(r"([ab])\1+", "Q", str) ## 将多个连续的a和b替换为一个Q 'QQccccdddQkkkk' 002、 >> 阅读全文

posted @ 2022-08-09 16:53 小鲨鱼2018 阅读(653) 评论(0) 推荐(0)

python 中实现文本的转置

摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls outcome.ped test.py (base) root@PC1:/home/test2# cat outcome.ped ## 测试文件 1 G G C C G G 2 G G G C G G 3 G G C C G 阅读全文

posted @ 2022-08-09 15:06 小鲨鱼2018 阅读(225) 评论(0) 推荐(0)

python 中文件打开后只能调用一次？？

摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test2# cat outcome.ped ## 测试文件 1 G G C C G G 2 G G G C G G 3 G G C C G G 4 G G C C G G 5 G G C C G G 6 G G C C G G 7 G G C 阅读全文

posted @ 2022-08-09 15:00 小鲨鱼2018 阅读(163) 评论(0) 推荐(0)

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