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摘要: 001、未定相 [root@PC1 test2]# ls test1.vcf test2.vcf [root@PC1 test2]# grep -v "^#" test1.vcf | head | cut -f 1-16 ## 为定相是斜杠 1 55910 s64199.1 G . . . PR G 阅读全文
posted @ 2024-05-12 21:52 小鲨鱼2018 阅读(21) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 在一些场景下,会遇到指定目录中出现大量的以数字命名的文件或者目录,如何实现批量删除: 001、 [root@PC1 test2]# ls ## 测试文件及目录,如何删除所有的 以数字命名的文件和目录 1 20 29 74 8 9 a.txt b.txt dir11 [root@PC1 test2]# 阅读全文
posted @ 2024-05-12 21:13 小鲨鱼2018 阅读(80) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 001、直接拆分 [root@PC1 test2]# ls outcome.map [root@PC1 test2]# cat outcome.map ## 准备一个测试文件,依据第一列来拆分文件 1 snp1 0 55910 1 snp2 0 85204 1 snp3 0 122948 2 snp 阅读全文
posted @ 2024-05-12 21:13 小鲨鱼2018 阅读(119) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: phasing 是什么? phasing就是将二倍体生物的等位基因归类到不同的染色体上。 比如一个个体一个位点的基因型是A-G;另一个位点的基因型是T-C; 那么第一个位点和第二个位点中哪两个等位基因是来自一条染色体? 哪两个是来自另一条染色体?、 一种情况如下: 第一个位点的A和第二个位点的T来自 阅读全文
posted @ 2024-05-12 17:46 小鲨鱼2018 阅读(53) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 001、beagle软件官网:https://faculty.washington.edu/browning/beagle/beagle.html 002、下载最新版本: 003、赋予执行权限,并测试 [root@pc1 beagle]# ls beagle.01Mar24.d36.jar [roo 阅读全文
posted @ 2024-05-12 17:16 小鲨鱼2018 阅读(1029) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 001、 reference: 01:https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzkyOTMzODM3MA==&mid=2247485443&idx=1&sn=3da20ff3697c84925ad4ff580ff99bc2&chksm=c20a4d6ef57dc478a6 阅读全文
posted @ 2024-05-12 10:26 小鲨鱼2018 阅读(43) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 那会突然想到一个问题,如何每隔一段时间执行特定的程序。想到了如下的一种方法: 测试如下: 一个小问题,比如 每隔5秒统计一个特定文件的行数 001、 [b20223040323@admin1 test]$ ls false.gff pan.fna pan.fna.fai record.sh true 阅读全文
posted @ 2024-05-09 00:30 小鲨鱼2018 阅读(17) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 在Linux系统中: 0 表示标准输入; 1表示标准输出; 2表示标准错误输出; 2>&1 表示将标准错误输出重定向到标准输入; 举一个例子: a、不将标准错误输出 重定向到标准输入中。 [root@PC1 gffread-0.12.7.Linux_x86_64]# xxx ## 在终端随机输入一个 阅读全文
posted @ 2024-05-08 00:17 小鲨鱼2018 阅读(746) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 001、问题,调用一个二进制文件,出现如下的报错 [root@PC1 gffread-0.12.7.OSX_x86_64]# ls gffread [root@PC1 gffread-0.12.7.OSX_x86_64]# ./gffread -bash: ./gffread: cannot exe 阅读全文
posted @ 2024-05-07 23:30 小鲨鱼2018 阅读(2171) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: gffread为生物序列处理工具,主要使用c++语言编写。01、下载安装包下载地址:https://github.com/gpertea/gffread 02、解压、调用测试 [root@PC1 software]# ls gffread-0.12.7.Linux_x86_64.tar.gz [ro 阅读全文
posted @ 2024-05-07 23:16 小鲨鱼2018 阅读(564) 评论(0) 推荐(0) 编辑
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