小鲨鱼2018

2024年3月25日

摘要： R语言中na.omit函数的应用以及在数据框中的应用 gterms <- egg %>% dplyr::select(query, GOs) %>% na.omit() gene2go <- data.frame(term = character(), gene = character()) 示阅读全文

posted @ 2024-03-25 22:25 小鲨鱼2018 阅读(21) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R语言中数据类型列表

摘要： R语言中数据类型列表。阅读全文

posted @ 2024-03-25 22:20 小鲨鱼2018 阅读(2) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R语言中拆分长字符串

摘要： 001 96,GO:0051093,GO:0051094,GO:0051171,GO:0051172,GO:0051173,GO:0051239,GO:0051240,GO:0051241,GO:0051246,GO:0051247,GO:0051248,GO:0051252,GO:0051254, 阅读全文

posted @ 2024-03-25 22:18 小鲨鱼2018 阅读(4) 评论(0) 推荐(0) 编辑

读取的项目数必需是列数的倍数

摘要： 001、R语言出现如下报错：读取的项目数必需是列数的倍数 > egg <- read.table("XXX.emapper_reformat.annotations",sep="\t",header=T) Warning messages: 1: In scan(file = file, what 阅读全文

posted @ 2024-03-25 22:04 小鲨鱼2018 阅读(159) 评论(0) 推荐(0) 编辑

如何提取指定字符之前保; 最后一个.之前的

摘要： eggnog.db.gzeggnog_proteins.dmnd.gzeggnog.taxa.tar.gzmmseqs.tar.gzpfam.tar.gz 阅读全文

posted @ 2024-03-25 11:51 小鲨鱼2018 阅读(5) 评论(0) 推荐(0) 编辑

eggnog 注释软件的安装

摘要：使用conda安装 001、创建单独的环境名称 (base) [root@pc1 test01]# conda create -n eggnog 002、查看环境 (base) [root@pc1 test01]# conda env list # conda environments: # bas 阅读全文

posted @ 2024-03-25 09:57 小鲨鱼2018 阅读(202) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2024年3月24日

diamond序列比对工具的安装

摘要： 001、 conda安装 conda install -c bioconda diamond 002、阅读全文

posted @ 2024-03-24 17:54 小鲨鱼2018 阅读(51) 评论(0) 推荐(0) 编辑

BioPython模块的安装

摘要： 001、确认是否已经安装 (base) [root@pc1 ~]# python Python 3.11.4 (main, Jul 5 2023, 14:15:25) [GCC 11.2.0] on linux Type "help", "copyright", "credits" or "lice 阅读全文

posted @ 2024-03-24 17:28 小鲨鱼2018 阅读(81) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2024年3月23日

Cannot connect to AnnotationHub server, using 'localHub=TRUE' instead Using 'localHub=TRUE'。

摘要： 001、问题 Cannot connect to AnnotationHub server, using 'localHub=TRUE' instead Using 'localHub=TRUE' library(AnnotationHub) library(biomaRt) library(clu 阅读全文

posted @ 2024-03-23 15:21 小鲨鱼2018 阅读(265) 评论(0) 推荐(0) 编辑

错误: package or namespace load failed for ‘dbplyr’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):

摘要： 001、报错如下：错误: package or namespace load failed for ‘dbplyr’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]): 002、重新安装阅读全文

posted @ 2024-03-23 12:19 小鲨鱼2018 阅读(86) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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