小鲨鱼2018

2022年8月5日

摘要： 1、在任意列之间插入新数据 a <- 1:5 b <- letters[1:5] c <- LETTERS[1:5] d <- 5:1 dat <- data.frame(a, b, c, d) dat x <- rep("k", 5) cbind(dat[,1:2], x, dat[,3:4]) 阅读全文

posted @ 2022-08-05 14:12 小鲨鱼2018 阅读(850) 评论(0) 推荐(0) 编辑

python中实现指定列筛选数据——利用python的Pandas模块

摘要： 001、 root@PC1:/home/test2# ls outcome.map test.map root@PC1:/home/test2# cat outcome.map ## 测试数据 1 snp1 0 55910 1 snp2 0 85204 1 snp3 0 122948 1 snp4 阅读全文

posted @ 2022-08-05 12:28 小鲨鱼2018 阅读(581) 评论(0) 推荐(0) 编辑

linux 命令行中常用的快捷键

摘要： 001、 ctrl + a：回到行首 ctrl + e：回到行末 ctrl + u：剪切行首到光标处的位置 ctrl + k：剪切光标所在位置到末尾的内容 ctrl + y：粘贴最近剪切的内容阅读全文

posted @ 2022-08-05 00:33 小鲨鱼2018 阅读(173) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2022年8月4日

R语言中如何对包含字母和数字的字符串进行排序

摘要： 001、 c1 <- paste0("snp", sample(1:20, 6)) c1 sort(c1) c1[order(c1)] library(gtools) ## 使用gtools包中的函数 mixedsort(c1) c1[mixedorder(c1)] 阅读全文

posted @ 2022-08-04 17:40 小鲨鱼2018 阅读(1068) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R语言中统计基因型数据中每行中各种碱基的数目

摘要： 001、 dir() dat <- read.table("outcome.ped") temp <- dat temp temp$id1 <- "A" temp$id2 <- "C" temp$id3 <- "G" temp$id4 <- "T" temp <- t(temp) result <- 阅读全文

posted @ 2022-08-04 15:19 小鲨鱼2018 阅读(253) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R语言中separate函数实现数据框中列的拆分

摘要： 001、 a <- 1:3 b <- letters[1:3] c <- LETTERS[1:3] d <- rep("K",3) vx <- paste(a, b, c, sep = "_") vx dat <- data.frame(vx, d) ## 测试数据框 dat library(tid 阅读全文

posted @ 2022-08-04 13:58 小鲨鱼2018 阅读(1395) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R语言中实现数据框中指定列的合并

摘要： 001、 a <- 1:3 b <- letters[1:3] c <- LETTERS[1:3] d <- rep("K",3) dat <- data.frame(a, b, c, d) ## 生成测试数据框 dat library(tidyr) dat1 <- unite(dat, "cxx" 阅读全文

posted @ 2022-08-04 13:39 小鲨鱼2018 阅读(647) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2022年8月3日

linux 中统计指定列特定字符连续出现的最多次数

摘要： 001、shell实现 root@PC1:/home/test2# ls test.txt root@PC1:/home/test2# cat test.txt 3 a 8 a y a a a f y a a a a a e a a a r k root@PC1:/home/test2# awk ' 阅读全文

posted @ 2022-08-03 15:33 小鲨鱼2018 阅读(174) 评论(0) 推荐(0) 编辑

python 中通过命令行给脚本传参

摘要： 001、 root@PC1:/home/test3# ls test.py root@PC1:/home/test3# cat test.py #!/usr/bin/python import argparse parser = argparse.ArgumentParser() parser.ad 阅读全文

posted @ 2022-08-03 15:16 小鲨鱼2018 阅读(76) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R语言中 separate函数将一列拆分为多列

摘要： 001、 root@PC1:/home/test2# cat test.txt 1_55910>snp1 0.05591 1_85204>snp2 0.085204 1_122948>snp3 0.122948 1_203750>snp4 0.20375 1_312707>snp5 0.312707 阅读全文

posted @ 2022-08-03 07:18 小鲨鱼2018 阅读(993) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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