小鲨鱼2018

2024年10月27日

摘要： 01、 [root@PC1 test]# ls test.c [root@PC1 test]# cat test.c ## 测试c程序 #include <stdio.h> int main(void) { int ay[4][3] = {{2,3,8},{1,4,2},{8,7,3},{6,2,3 阅读全文

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Linux 中 grep -h 选项的作用

摘要： 001、grep 中 -h表示只显示匹配的内容，而不显示匹配的文件 [root@PC1 test]# ls a.txt b.txt [root@PC1 test]# grep "2" * ## 正常情况下有多个文件匹配到内容的时候，会现实匹配的文件名 a.txt:01 02 03 04 a.txt: 阅读全文

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c语言中数组的声明与初始化

摘要： 001、数组的声明 01、数组的声明包括数组元素的类型，数组元素的类型只能是一种。 02、数组的名称；比如 array1 03、数组的大小（长度） [root@PC1 test]# ls test.c [root@PC1 test]# cat test.c ## 测试c程序 #include <st 阅读全文

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2024年10月26日

利用samtools flagstat 对bam文件统计时使用的是哪个bam

摘要：标记重复前还是标记重复后的？ 001、两者是没有明细差异的：。阅读全文

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利用samtools flagstat 对bam文件统计比对率的时候看的是哪个mapping rate

摘要： 001、在samtools flagstat 对bam的统计结果中，一共有三个比对率的结果： 002、比对率结果应该以哪个为准？答案是：以3为准 003、以山羊、绵羊的fastq数据，绵羊的参考基因组进行比对测试 a、如果以primary mapped对比，基本看不出两者的差异（其中S是shee 阅读全文

posted @ 2024-10-26 18:13 小鲨鱼2018 阅读(191) 评论(0) 推荐(0) 编辑

samtools flagstat参数对比对的bam文件进行统计解读

摘要： 001、命令 samtools flagstat sample_name.sorted.bam > sample_name.flagstat.txt ## 基本命令 a、生成的文件是一个包含16行的文本文件： 002、 (base) [b20223040323@admin2 workdir]$ ca 阅读全文

posted @ 2024-10-26 17:17 小鲨鱼2018 阅读(192) 评论(0) 推荐(1) 编辑

Linux 中awk语句匹配首个数字与匹配首个连续的数字的区别

摘要： 001、 [root@localhost test]# cat b.txt ## 测试数据 0001 20081223efs333kjfdj EREADFASDLKJCV 0002 20081208djfks2288daa JDKFJALSDJFsddf 0003 20081208efskjfdj 阅读全文

posted @ 2024-10-26 15:17 小鲨鱼2018 阅读(25) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2024年10月24日

Linux 中 awk命令整列的替换

摘要： 001、测试数据 [root@localhost test2]# ls a.txt [root@localhost test2]# cat a.txt 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 阅读全文

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2024年10月23日

Linux 中 awk指令 sub和substr的区别

摘要： 001、sub的用法 [root@localhost test]# ls a.txt [root@localhost test]# cat a.txt ## 测试数据 01 02aa 03aa 04 05 06aa 07kk 08 09 10kk 11aa 12 13 14jj 15tt 16 17 阅读全文

posted @ 2024-10-23 15:06 小鲨鱼2018 阅读(70) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2024年10月19日

Mann–Whitney U test R语言检验

摘要： 001、 set.seed(123) group_A <- rnorm(30, mean = 5, sd = 1) # 药物A的效果 group_B <- rnorm(30, mean = 6, sd = 1) # 药物B的效果 u_test_result <- wilcox.test(group_ 阅读全文

posted @ 2024-10-19 00:56 小鲨鱼2018 阅读(311) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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