小鲨鱼2018

2022年12月8日

摘要： 001、 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt d t d e k c z c e e f t [root@PC1 test]# sed 's/d/9/g' a.txt ## 将d替换为9 9 t 9 e k c z c e e f 阅读全文

posted @ 2022-12-08 11:59 小鲨鱼2018 阅读(1011) 评论(0) 推荐(0) 编辑

linux 中删除每一列中指定字符之后的所有内容

摘要： 001、删除a.txt中每一列中=号后面的所有内容 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt ## 测试数据 AC=2 AF=1.00 AN=2 DP=131 AC=2 AF=1.00 AN=2 DP=152 AC=2 AF=1.00 阅读全文

posted @ 2022-12-08 00:32 小鲨鱼2018 阅读(793) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2022年12月7日

linux 中 shell 记录程序运行时间

摘要： 001、 [root@PC1 test]# start=`date +%s` ## 从 1970 年 1 月 1 日 00:00:00 UTC 到目前为止的秒数（时间戳） [root@PC1 test]# echo $start 1670412402 [root@PC1 test]# end=`da 阅读全文

posted @ 2022-12-07 19:29 小鲨鱼2018 阅读(633) 评论(0) 推荐(0) 编辑

linux 中gz文件的压缩、解压保留源文件

摘要： 001、压缩保留源文件 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# gzip -c a.txt > a.txt.gz ## 压缩并保留源文件 [root@PC1 test]# ls a.txt a.txt.gz 002、解压缩保留源文件 [root@PC1 阅读全文

posted @ 2022-12-07 18:56 小鲨鱼2018 阅读(1656) 评论(0) 推荐(0) 编辑

linux 中判断一组数值是否按照从小到大的顺序排列

摘要： 001、通过比较MD5码 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt 1 2 5 3 4 6 7 [root@PC1 test]# sort -n a.txt | md5sum ## 排序并生成MD5码 77c58f04583c86f78 阅读全文

posted @ 2022-12-07 16:54 小鲨鱼2018 阅读(66) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2022年12月2日

linux中awk命令从fasta中提取指定的scaffold

摘要： 001、 [root@pc1 test4]# ls test.fa [root@pc1 test4]# cat test.fa ## 测试fasta文件 >mmm 11111 >bbb 888888 7777 >kkk 6666666 99999 >qqq 0000 33333 [root@pc1 阅读全文

posted @ 2022-12-02 12:43 小鲨鱼2018 阅读(86) 评论(0) 推荐(0) 编辑

linux 中awk命令判断每一行是否匹配指定字符串

摘要： 001、 [root@pc1 test1]# ls a.txt [root@pc1 test1]# cat a.txt 3 5 3 aa 3 3 4 3 3 aa 8 8 8 [root@pc1 test1]# awk '{a=($0 ~ "aa"); print a}' a.txt ## 匹配成功阅读全文

posted @ 2022-12-02 12:35 小鲨鱼2018 阅读(480) 评论(0) 推荐(0) 编辑

使用seqkit软件用fasta文件中提取指定的scaffold

摘要： 001、提取单条contig [root@pc1 test4]# ls test.fa [root@pc1 test4]# cat test.fa ## 测试fasta文件 >contig_1 ATAGAGACGACC >contig_2 ATAGGACNNAGACACGTTAGAT >contig 阅读全文

posted @ 2022-12-02 12:30 小鲨鱼2018 阅读(240) 评论(0) 推荐(0) 编辑

gatk中的 GenomicsDBImport 模块

摘要：官网：https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/5358869876891-GenomicsDBImport 001、一般用法，变异检测库 gatk --java-options "-Xmx4g -Xms4g" GenomicsDBImpor 阅读全文

posted @ 2022-12-02 10:09 小鲨鱼2018 阅读(2026) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2022年12月1日

linux中指定以指定的单位显示文件的大小

摘要： 001、以bp显示 [root@PC1 test]# ls a.map [root@PC1 test]# ls -l total 1228800 -rw-r--r--. 1 root root 1258291200 Dec 1 20:03 a.map 002、以适当单位显示 [root@PC1 t 阅读全文

posted @ 2022-12-01 20:07 小鲨鱼2018 阅读(831) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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