小鲨鱼2018

2022年12月31日

摘要： 001、软件下载，github [root@PC1 phylip]# wget https://github.com/edgardomortiz/vcf2phylip/archive/refs/tags/v2.8.tar.gz [root@PC1 phylip]# ls v2.8.tar.gz [r 阅读全文

posted @ 2022-12-31 10:38 小鲨鱼2018 阅读(369) 评论(0) 推荐(0) 编辑

linux 中tassel软件的安装

摘要： 001、软件下载 tassel官网 002、选择 003、上传至linux中 004、利用bash命令运行，根据提示一直选择默认或者确认 [root@PC1 tassel]# bash TASSEL_5_unix.sh 以上是安装路径。 005、进入安装的目录查看，出现如下界面说明安装成功阅读全文

posted @ 2022-12-31 10:27 小鲨鱼2018 阅读(1304) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Electerm 远程连接工具安装测试

摘要： 001、选件下载：下载地址 002、下载windows安装包 003、下载后双击打开 004、点击安装 005、点击完成 006、双击打开桌面快捷图标 007、点击此处，添加 008、输入IP、用户名、密码，然后点击保存并连接 009、登录成功 010、测试上传、下载文件，ssh协议支持 sz、r 阅读全文

posted @ 2022-12-31 09:49 小鲨鱼2018 阅读(409) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2022年12月28日

gffread软件实现基因组注释文件gff 和 gtf的相互转换

摘要： 001、下载测试gff文件，以山羊的gff注释文件为例 [root@pc1 test]# wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/001/704/415/GCF_001704415.2_ARS1.2/GCF_001704415.2_ARS1 阅读全文

posted @ 2022-12-28 17:32 小鲨鱼2018 阅读(1362) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2022年12月27日

linux 中非root用户安装指定的java版本

摘要： 001、查看当前系统可以调用的java版本 [liujiaxin01@PC1 ~]$ java -version openjdk version "11.0.17" 2022-10-18 LTS OpenJDK Runtime Environment (Red_Hat-11.0.17.0.8-2.e 阅读全文

posted @ 2022-12-27 12:57 小鲨鱼2018 阅读(957) 评论(0) 推荐(0) 编辑

linux PATH环境变量中相同变量名的调用优先级

摘要：测试使用plink v1.07 和 plink v1.9两个软件版本进行测试 001、将plink v1.07 的变量放在 plink v1.9之前，观测系统调用的plink版本 [liujiaxin01@PC1 ~]$ echo $PATH ## 输出当前的PATH变量 /home/liuji 阅读全文

posted @ 2022-12-27 12:28 小鲨鱼2018 阅读(477) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2022年12月25日

linux 中实现数据中指定的行的内容批量替换

摘要： 001、 [root@PC1 test4]# ls a.txt coordinate.txt [root@PC1 test4]# cat a.txt ## 测试数据 dd ff sd 1 ss aa ee 2 xx vv zz 3 ss ww rr 4 aa ff jj 5 nn mm kk 6 s 阅读全文

posted @ 2022-12-25 13:50 小鲨鱼2018 阅读(376) 评论(0) 推荐(0) 编辑

linux 中实现数据按照行进行展开

摘要： 001、 [root@PC1 test]# ls coordinate.txt [root@PC1 test]# cat coordinate.txt ## 测试数据 3 MMM 5 GGG 8 QQQ [root@PC1 test]# awk '{if(NR == 1) {print $1 -1, 阅读全文

posted @ 2022-12-25 13:20 小鲨鱼2018 阅读(34) 评论(0) 推荐(0) 编辑

linux 中实现批量讲指定的行替换为特定的数据

摘要： 001、 sed 实现 [root@PC1 test4]# ls a.txt coordinate.txt [root@PC1 test4]# cat a.txt ## 测试数据 dd ff sd 1 ss aa ee 2 xx vv zz 3 ss ww rr 4 aa ff jj 5 nn mm 阅读全文

posted @ 2022-12-25 11:37 小鲨鱼2018 阅读(213) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2022年12月24日

linux 中sed -r选项支持扩展正则表达式

摘要： 001、 [liujiaxin01@PC1 test]$ ls a.txt [liujiaxin01@PC1 test]$ cat a.txt ## 测试数据 ## xxx yy ## ddd ss ## kkk qqq ## mm nn 1 a A 7 2 b B 6 3 c C 5 4 d D 阅读全文

posted @ 2022-12-24 13:24 小鲨鱼2018 阅读(610) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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