2024年10月26日
利用samtools flagstat 对bam文件统计时使用的是哪个bam
摘要： 标记重复前 还是 标记重复后的？ 001、两者是没有明细差异的： 。 阅读全文
posted @ 2024-10-26 18:14 小鲨鱼2018 阅读(3) 评论(0) 推荐(0) 编辑
利用samtools flagstat 对bam文件统计比对率的时候看的是哪个mapping rate
摘要： 001、 在samtools flagstat 对bam的统计结果中，一共有三个比对率的结果： 002、比对率结果应该以哪个为准？ 答案是：以3为准 003、以山羊、绵羊的fastq数据，绵羊的参考基因组进行比对测试 a、如果以primary mapped对比，基本看不出两者的差异（其中S是shee 阅读全文
posted @ 2024-10-26 18:13 小鲨鱼2018 阅读(33) 评论(0) 推荐(0) 编辑
samtools flagstat参数对比对的bam文件进行统计 解读
摘要： 001、命令 samtools flagstat sample_name.sorted.bam > sample_name.flagstat.txt ## 基本命令 a、生成的文件是一个包含16行的文本文件： 002、 (base) [b20223040323@admin2 workdir]$ ca 阅读全文
posted @ 2024-10-26 17:17 小鲨鱼2018 阅读(29) 评论(0) 推荐(1) 编辑
Linux 中awk语句匹配首个数字与匹配首个连续的数字的区别
摘要： 001、 [root@localhost test]# cat b.txt ## 测试数据 0001 20081223efs333kjfdj EREADFASDLKJCV 0002 20081208djfks2288daa JDKFJALSDJFsddf 0003 20081208efskjfdj 阅读全文
posted @ 2024-10-26 15:17 小鲨鱼2018 阅读(9) 评论(0) 推荐(0) 编辑