10 2024 档案

摘要:001、 绵羊和山羊的的测序数据比对到绵羊参考基因组,并进行SNP calling,在生成g.vcf环节,山羊样本非常慢? 基因分型算法的差异导致了这种速度上的差异?? g.vcf 和 最终的vcf有什么差异?? 阅读全文
posted @ 2024-10-31 09:58 小鲨鱼2018 阅读(13) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:利用重测序数据如何对样本的性别进行推断 。 ref: Archaeogenetic analysis of Neolithic sheep from Anatolia suggests a complex demographic history since domestication 阅读全文
posted @ 2024-10-29 15:11 小鲨鱼2018 阅读(9) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt ## 测试数据 01 02 03 04 kk 05 06 07 08 09 10 11 12 [root@PC1 test]# sed '' a.txt ## 说明在默认情况下,sed 阅读全文
posted @ 2024-10-29 00:58 小鲨鱼2018 阅读(15) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt ## 测试数据 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 [root@PC1 test]# sed -n 'n;p' a.txt ## 输出偶数行 03 阅读全文
posted @ 2024-10-29 00:46 小鲨鱼2018 阅读(32) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:Linux 中sed命令n和N选项的应用 阅读全文
posted @ 2024-10-28 10:55 小鲨鱼2018 阅读(10) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:Linux 中 sed命令 h和H选项的应用 阅读全文
posted @ 2024-10-28 10:55 小鲨鱼2018 阅读(22) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 [root@PC1 test]# ls test.c [root@PC1 test]# cat test.c ## 测试c程序 #include <stdio.h> int main(void) { int i,j,k; int v1[4][3]; int v2[3][4]; int v3 阅读全文
posted @ 2024-10-28 00:06 小鲨鱼2018 阅读(33) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 [root@PC1 test]# ls test.c [root@PC1 test]# cat test.c ## 测试c程序 #include <stdio.h> int main(void) { int i,j; int v[4][3]; for(i = 0; i < 4; i++) 阅读全文
posted @ 2024-10-27 22:31 小鲨鱼2018 阅读(13) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、去EBI找数据,以SRA号SRR1342456为例: 官网:https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home a、 b、 c、 d、 002、开始下载 [b20223040323@admin2 x_ljx_test]$ ls [b20223040323@admin 阅读全文
posted @ 2024-10-27 22:00 小鲨鱼2018 阅读(53) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 m * n的矩阵; m行 n列的矩阵。 n * x的矩阵; n行, 列的矩阵。 左侧矩阵的列数等于右侧矩阵的行数时才有意义。 成绩结果:m行,x列,结果为左侧矩阵的行数,右侧矩阵的列数。 阅读全文
posted @ 2024-10-27 11:07 小鲨鱼2018 阅读(17) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 [root@PC1 test]# cat -A a ## 测试文本 1 2$ 3 4$ 5 6$ 7 8$ [root@PC1 test]# awk '{print "$1="$1; getline; print "$2="$2}' a ## getline 会读入下一行,并对下一行按照a 阅读全文
posted @ 2024-10-27 02:08 小鲨鱼2018 阅读(14) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:声明是不赋值; 初始化是给数组元素赋值。 001、 [root@PC1 test]# ls test.c [root@PC1 test]# cat test.c ## 测试c程序 #include <stdio.h> int main(void) { int ay[3]; // 声明,不赋值 int 阅读全文
posted @ 2024-10-27 01:43 小鲨鱼2018 阅读(32) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:Animal domestication in the eraof ancient genomics 阅读全文
posted @ 2024-10-27 01:26 小鲨鱼2018 阅读(3) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt ## 测试文本 1 01 02 03 04 2 05 06 07 08 3 09 10 11 12 4 13 14 15 16 5 17 18 19 20 6 21 22 23 24 阅读全文
posted @ 2024-10-27 00:48 小鲨鱼2018 阅读(10) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:xxxx 阅读全文
posted @ 2024-10-27 00:48 小鲨鱼2018 阅读(9) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:01、 [root@PC1 test]# ls test.c [root@PC1 test]# cat test.c ## 测试c程序 #include <stdio.h> int main(void) { int ay[4][3] = {{2,3,8},{1,4,2},{8,7,3},{6,2,3 阅读全文
posted @ 2024-10-27 00:47 小鲨鱼2018 阅读(33) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、grep 中 -h表示只显示匹配的内容,而不显示匹配的文件 [root@PC1 test]# ls a.txt b.txt [root@PC1 test]# grep "2" * ## 正常情况下有多个文件匹配到内容的时候,会现实匹配的文件名 a.txt:01 02 03 04 a.txt: 阅读全文
posted @ 2024-10-27 00:47 小鲨鱼2018 阅读(53) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、数组的声明 01、数组的声明包括数组元素的类型,数组元素的类型只能是一种。 02、数组的名称;比如 array1 03、数组的大小(长度) [root@PC1 test]# ls test.c [root@PC1 test]# cat test.c ## 测试c程序 #include <st 阅读全文
posted @ 2024-10-27 00:46 小鲨鱼2018 阅读(141) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:标记重复前 还是 标记重复后的? 001、两者是没有明细差异的: 。 阅读全文
posted @ 2024-10-26 18:14 小鲨鱼2018 阅读(5) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 在samtools flagstat 对bam的统计结果中,一共有三个比对率的结果: 002、比对率结果应该以哪个为准? 答案是:以3为准 003、以山羊、绵羊的fastq数据,绵羊的参考基因组进行比对测试 a、如果以primary mapped对比,基本看不出两者的差异(其中S是shee 阅读全文
posted @ 2024-10-26 18:13 小鲨鱼2018 阅读(167) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、命令 samtools flagstat sample_name.sorted.bam > sample_name.flagstat.txt ## 基本命令 a、生成的文件是一个包含16行的文本文件: 002、 (base) [b20223040323@admin2 workdir]$ ca 阅读全文
posted @ 2024-10-26 17:17 小鲨鱼2018 阅读(158) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:001、 [root@localhost test]# cat b.txt ## 测试数据 0001 20081223efs333kjfdj EREADFASDLKJCV 0002 20081208djfks2288daa JDKFJALSDJFsddf 0003 20081208efskjfdj 阅读全文
posted @ 2024-10-26 15:17 小鲨鱼2018 阅读(22) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、测试数据 [root@localhost test2]# ls a.txt [root@localhost test2]# cat a.txt 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 阅读全文
posted @ 2024-10-24 14:55 小鲨鱼2018 阅读(102) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、sub的用法 [root@localhost test]# ls a.txt [root@localhost test]# cat a.txt ## 测试数据 01 02aa 03aa 04 05 06aa 07kk 08 09 10kk 11aa 12 13 14jj 15tt 16 17 阅读全文
posted @ 2024-10-23 15:06 小鲨鱼2018 阅读(48) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 set.seed(123) group_A <- rnorm(30, mean = 5, sd = 1) # 药物A的效果 group_B <- rnorm(30, mean = 6, sd = 1) # 药物B的效果 u_test_result <- wilcox.test(group_ 阅读全文
posted @ 2024-10-19 00:56 小鲨鱼2018 阅读(239) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 [root@localhost test]# ls a.txt [root@localhost test]# cat a.txt 11 33 44 ab 88 33 ce 44 87 33 44 qq3 ww 77 88 [root@localhost test]# awk '$1 ~ / 阅读全文
posted @ 2024-10-15 15:41 小鲨鱼2018 阅读(42) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、不使用对象式宏 [root@localhost test]# ls test.c [root@localhost test]# cat test.c ## 测试程序 #include <stdio.h> int main(void) { int i, sum = 0; int v[5] = 阅读全文
posted @ 2024-10-04 11:59 小鲨鱼2018 阅读(31) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 genes <- read.table("genes.txt") ## 读取基因symbol head(genes) tail(genes) genes <- genes[genes != "NA_NA" & genes != "unknow",, drop = FALSE] ## 去除无 阅读全文
posted @ 2024-10-04 11:51 小鲨鱼2018 阅读(133) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、列表转换为字符串 >>> list1 ['xxx', 'yyy', 'zzz'] >>> "".join(list1) ## 使用字符串内置函数join + 可迭代对象 'xxxyyyzzz' >>> "_".join(list1) 'xxx_yyy_zzz' 002、字符串转换为列表 >> 阅读全文
posted @ 2024-10-01 15:40 小鲨鱼2018 阅读(49) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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