2024年6月25日
samtools各种flag的含义
摘要： https://blog.csdn.net/crewkickse/article/details/131513734 4： 代表这个序列没有mapping到参考序列上 8： 代表这个序列的另一端序列没有比对到参考序列上，比如这条序列是R1,它对应的R2端序列没有比对到参考序列上 64 ： 代表这个序 阅读全文
posted @ 2024-06-25 00:32 小鲨鱼2018 阅读(25) 评论(0) 推荐(0) 编辑
比对文件sam文件的解读
摘要： 比对文件sam文件的解读 阅读全文
posted @ 2024-06-25 00:14 小鲨鱼2018 阅读(12) 评论(0) 推荐(0) 编辑
smtools软件提取比对到和未比对到参考基因组上的bam数据
摘要： 001、 #提取比对到参考基因组上的数据 samtools view -b -F 4 lane.sam > lane.bam #提取没有比对到参考基因组上的数据 samtools view -b -f 4 lane.sam > lane.bam 提取双端序列都比对到参考序列（4+8）的结果： sam 阅读全文
posted @ 2024-06-25 00:13 小鲨鱼2018 阅读(72) 评论(0) 推荐(0) 编辑