05 2024 档案

摘要:001、测试01 library(ggplot2) ggplot(data.frame(x = c(1, 3), y = c(1, 3)), aes(x = x, y = y)) + geom_point() + geom_curve(aes(x = 1.5, y = 2.5, xend = 2.6 阅读全文
posted @ 2024-05-31 16:26 小鲨鱼2018 阅读(66) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、打开地图 002、 地图开放平台 003、选开发者频道 004、开发者工具 → 坐标拾取器 。 阅读全文
posted @ 2024-05-31 14:14 小鲨鱼2018 阅读(4501) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、windows中安装R包,需要编译,调用Rtools报错如下: collect2.exe: error: ld returned 1 exit status no DLL was created ERROR: compilation failed for package 'rgdal' 。 阅读全文
posted @ 2024-05-30 17:32 小鲨鱼2018 阅读(720) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、R语言windows中安装R包出现如下报错 Error in system(paste(MAKE, p1(paste("-f", shQuote(makefiles))), "compilers"), : 'make' not found 002、确认是否安装Rtools install.p 阅读全文
posted @ 2024-05-30 14:35 小鲨鱼2018 阅读(1081) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、R语言read.csv函数发生如下报错: 错误于type.convert.default(data[[i]], as.is = as.is[i], dec = dec, : '<c9>Ϻ<a3>'多字节字符串有错误 002、文件内容 003、 正确做法 > dat2 <- read.csv( 阅读全文
posted @ 2024-05-30 10:35 小鲨鱼2018 阅读(1987) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 移除后缀 [root@PC1 test2]# a="a.csv.map.txt" ## 测试变量文件名称 [root@PC1 test2]# echo $a a.csv.map.txt [root@PC1 test2]# echo ${a%.*} ## 移除后缀使用的符号是% a.csv. 阅读全文
posted @ 2024-05-26 23:51 小鲨鱼2018 阅读(537) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、简单测试 [root@PC1 test2]# ls [root@PC1 test2]# a="abc" ## 生成一个测试变量 [root@PC1 test2]# echo $a ## 输出变量方式1 abc [root@PC1 test2]# echo ${a} ## 输出变量方式2 ab 阅读全文
posted @ 2024-05-26 23:38 小鲨鱼2018 阅读(43) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、方法1(基本逻辑是先提取每组的第一行和第四行; 然后将没两行转换为1行;最后将第二行再减去第一行) [root@PC1 test2]# ls a.txt [root@PC1 test2]# cat a.txt ## 测试数据 2.699350 2.699359 2.699940 2.6999 阅读全文
posted @ 2024-05-26 22:49 小鲨鱼2018 阅读(26) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 install.packages("devtools") library("devtools") install_github("lchiffon/REmap")library(REmap) . 阅读全文
posted @ 2024-05-26 11:25 小鲨鱼2018 阅读(17) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:title: Ancient mitogenomes from Pre- Pottery Neolithic Central Anatolia and the effects of a Late Neolithic bottleneck in sheep (Ovis aries) 阅读全文
posted @ 2024-05-24 22:57 小鲨鱼2018 阅读(3) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、点新建标签 002、 点击新建站点 003、 。 阅读全文
posted @ 2024-05-24 16:49 小鲨鱼2018 阅读(21) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、R语言中安装maptools出现如下问题: > install.packages("maptools") 将程序包安装入‘C:/Users/liujiaxin/AppData/Local/R/win-library/4.3’ (因为‘lib’没有被指定) Warning in install 阅读全文
posted @ 2024-05-22 23:58 小鲨鱼2018 阅读(2433) 评论(2) 推荐(0) 编辑
摘要:001、R包安装出错如下: ERROR: dependency 'sp' is not available for package 'rgdal' 002、 解决方法: install.packages("sp") 。 阅读全文
posted @ 2024-05-22 22:23 小鲨鱼2018 阅读(440) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、R语言中安装 rgdal 出现如下报错 > install.packages("rgdal") 将程序包安装入‘C:/Users/liujiaxin/AppData/Local/R/win-library/4.3’ (因为‘lib’没有被指定) Warning in install.pack 阅读全文
posted @ 2024-05-22 22:11 小鲨鱼2018 阅读(2710) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 Linux 中 如何判断每一行的数据都是相同的 [root@PC1 test2]# ls a.txt [root@PC1 test2]# cat a.txt ## 测试数据 aa bb cc aa bb cc aa bb cc aa kk cc aa bb cc aa bb cc [roo 阅读全文
posted @ 2024-05-20 20:35 小鲨鱼2018 阅读(16) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 R语言中如何抽取向量的偶数项或者奇数项 > a <- letters[1:10] ## 生成一个测试向量 > a [1] "a" "b" "c" "d" "e" "f" "g" "h" "i" "j" > a[seq(1, length(a), 2)] ## 提取奇数项 [1] "a" " 阅读全文
posted @ 2024-05-20 19:30 小鲨鱼2018 阅读(222) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、R语言中根据列明调整数据框中数据的顺序 > a <- 1:4 > b <- 11:14 > c <- letters[1:4] > d <- LETTERS[1:4] > e <- LETTERS[4:1] > dat <- data.frame(b,c,a,e,d) ## 测试数据框 > 阅读全文
posted @ 2024-05-20 19:28 小鲨鱼2018 阅读(55) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 subset函数 > a <- 1:4 > b <- 4:1 > c <- 11:14 > d <- 14:11 > e <- letters[1:4] > dat <- data.frame(a, b, c, d, e) ## 测试数据框 > dat a b c d e 1 1 4 11 阅读全文
posted @ 2024-05-20 10:52 小鲨鱼2018 阅读(321) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、正常绘图 plot(1:10, cex = 2, pch = 19) 002、不输出绘图内容 plot(1:10, cex = 2, pch = 19, type = "n") 。 阅读全文
posted @ 2024-05-17 23:16 小鲨鱼2018 阅读(31) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、正常绘图 plot(1:10, cex = 2, pch = 19) 002、不输出x轴刻度标签 plot(1:10, cex = 2, pch = 19, xaxt = "n") 。 reference 01、https://www.cnblogs.com/shclbear/p/17253 阅读全文
posted @ 2024-05-17 23:05 小鲨鱼2018 阅读(80) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、正常绘图 > plot(1:10, cex = 2, pch = 19) 002、只输出绘图内容 > plot(1:10, cex = 2, pch = 19, axes = F) 。 reference 01、https://www.cnblogs.com/shclbear/p/17253 阅读全文
posted @ 2024-05-17 22:58 小鲨鱼2018 阅读(41) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、不为整数 > a <- 5.324 > floor(a) == a ## 截断后不相等, 说明带有小数点部分,即不为整数 [1] FALSE 002、是整数 > b <- 324 > floor(b) == b ## 截断小数点后仍然相等,说明是整数 [1] TRUE 。 阅读全文
posted @ 2024-05-17 22:33 小鲨鱼2018 阅读(32) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、round,四舍五入 > a <- 5.345 ## 舍去 > round(a) [1] 5 > b <- 5.824 ## 进位 > round(b) [1] 6 002、round,四舍五入指定小数位数 > a <- 8.426532 > round(a, 1) ## 保留一位小数,四舍 阅读全文
posted @ 2024-05-17 22:22 小鲨鱼2018 阅读(32) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 此间的代表人物主要有美国的动物育种学家 J. L. 勒什 ( Lush) , 他提出了数量遗传学中的两个重要参数: 遗传力 ( heritability) 和重复力 ( repeatability) 的概念以及合并选择理论; 其后, 他的学生 L. N.赫兹 ( Hazel) 提出了另一个 阅读全文
posted @ 2024-05-15 00:35 小鲨鱼2018 阅读(25) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 选种是在这个群体当中选择遗传上优良的个体来繁育后 代,每年在不间断地做这种选种。 通过不断地选最优秀的个体繁殖后 代,这样群体才能一代一代地更好,有遗传改良。 reference: [1]张勤.我国猪育种现状与挑战[J].北方牧业, 2019(10):2.DOI:CNKI:SUN:BFMY 阅读全文
posted @ 2024-05-15 00:22 小鲨鱼2018 阅读(31) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 002、 。 阅读全文
posted @ 2024-05-14 10:53 小鲨鱼2018 阅读(3) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、测试 a <- c("1.23e-2", "7.56207e-05", "6.86470e-05") as.numeric(a) ## 直接转换为数值类型, 然而并不起作用 02、增加参数(全局使用) options(scipen = 100) ## 小数点后100位不适用科学计数法 b < 阅读全文
posted @ 2024-05-13 11:37 小鲨鱼2018 阅读(831) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、安装加载包 install.packages("CMplot") library("CMplot") 002、查看测试数据 data(pig60K) head(pig60K) 003、使用示例数据绘制snp密度图 CMplot(pig60K,plot.type="d",bin.size=1e 阅读全文
posted @ 2024-05-13 09:59 小鲨鱼2018 阅读(833) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、软件安装过程中autogen.sh文件的作用 (base) [root@pc1 vcftools-0.1.16]# ls ## 原始解压后的文件, 有autogen.sh autogen.sh configure.ac LICENSE README.md vcftools-0.1.16.ta 阅读全文
posted @ 2024-05-13 09:22 小鲨鱼2018 阅读(124) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:选择信号分析 XPEHH 检测 001、对要检测的vcf文件进行phasing [root@pc1 XP-EHH]# ls ## 原始文件 clean.vcf [root@pc1 XP-EHH]# java -jar /home/software/beagle/beagle.01Mar24.d36. 阅读全文
posted @ 2024-05-12 23:01 小鲨鱼2018 阅读(324) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、未定相 [root@PC1 test2]# ls test1.vcf test2.vcf [root@PC1 test2]# grep -v "^#" test1.vcf | head | cut -f 1-16 ## 为定相是斜杠 1 55910 s64199.1 G . . . PR G 阅读全文
posted @ 2024-05-12 21:52 小鲨鱼2018 阅读(37) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:在一些场景下,会遇到指定目录中出现大量的以数字命名的文件或者目录,如何实现批量删除: 001、 [root@PC1 test2]# ls ## 测试文件及目录,如何删除所有的 以数字命名的文件和目录 1 20 29 74 8 9 a.txt b.txt dir11 [root@PC1 test2]# 阅读全文
posted @ 2024-05-12 21:13 小鲨鱼2018 阅读(110) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、直接拆分 [root@PC1 test2]# ls outcome.map [root@PC1 test2]# cat outcome.map ## 准备一个测试文件,依据第一列来拆分文件 1 snp1 0 55910 1 snp2 0 85204 1 snp3 0 122948 2 snp 阅读全文
posted @ 2024-05-12 21:13 小鲨鱼2018 阅读(166) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:phasing 是什么? phasing就是将二倍体生物的等位基因归类到不同的染色体上。 比如一个个体一个位点的基因型是A-G;另一个位点的基因型是T-C; 那么第一个位点和第二个位点中哪两个等位基因是来自一条染色体? 哪两个是来自另一条染色体?、 一种情况如下: 第一个位点的A和第二个位点的T来自 阅读全文
posted @ 2024-05-12 17:46 小鲨鱼2018 阅读(80) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、beagle软件官网:https://faculty.washington.edu/browning/beagle/beagle.html 002、下载最新版本: 003、赋予执行权限,并测试 [root@pc1 beagle]# ls beagle.01Mar24.d36.jar [roo 阅读全文
posted @ 2024-05-12 17:16 小鲨鱼2018 阅读(1597) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 reference: 01:https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzkyOTMzODM3MA==&mid=2247485443&idx=1&sn=3da20ff3697c84925ad4ff580ff99bc2&chksm=c20a4d6ef57dc478a6 阅读全文
posted @ 2024-05-12 10:26 小鲨鱼2018 阅读(51) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:那会突然想到一个问题,如何每隔一段时间执行特定的程序。想到了如下的一种方法: 测试如下: 一个小问题,比如 每隔5秒统计一个特定文件的行数 001、 [b20223040323@admin1 test]$ ls false.gff pan.fna pan.fna.fai record.sh true 阅读全文
posted @ 2024-05-09 00:30 小鲨鱼2018 阅读(25) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:在Linux系统中: 0 表示标准输入; 1表示标准输出; 2表示标准错误输出; 2>&1 表示将标准错误输出重定向到标准输入; 举一个例子: a、不将标准错误输出 重定向到标准输入中。 [root@PC1 gffread-0.12.7.Linux_x86_64]# xxx ## 在终端随机输入一个 阅读全文
posted @ 2024-05-08 00:17 小鲨鱼2018 阅读(1063) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:001、问题,调用一个二进制文件,出现如下的报错 [root@PC1 gffread-0.12.7.OSX_x86_64]# ls gffread [root@PC1 gffread-0.12.7.OSX_x86_64]# ./gffread -bash: ./gffread: cannot exe 阅读全文
posted @ 2024-05-07 23:30 小鲨鱼2018 阅读(2894) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:gffread为生物序列处理工具,主要使用c++语言编写。01、下载安装包下载地址:https://github.com/gpertea/gffread 02、解压、调用测试 [root@PC1 software]# ls gffread-0.12.7.Linux_x86_64.tar.gz [ro 阅读全文
posted @ 2024-05-07 23:16 小鲨鱼2018 阅读(855) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:https://quanmin.baidu.com/sv?source=share-h5&pd=qm_share_search&vid=11804608147460526739 阅读全文
posted @ 2024-05-05 23:53 小鲨鱼2018 阅读(81) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 cat DA.top0.05.tajimaD da_nonda.top0.1.fst > DA.top && awk 'pass==1 { count[$1,$2]++ } pass==2 { if(count[$1,$2]>1) print }' pass=1 DA.top pass=2 阅读全文
posted @ 2024-05-04 16:56 小鲨鱼2018 阅读(11) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:linux 中判断一列数据是否按照指定步长递增 001、 [root@pc1 test01]# ls a.txt b.txt [root@pc1 test01]# cat a.txt ## 测试数据, 正确递增 1 2 3 4 5 6 [root@pc1 test01]# cat b.txt ## 阅读全文
posted @ 2024-05-04 09:56 小鲨鱼2018 阅读(14) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 (base) [b20223040323@admin1 x_test]$ ls ## 测试gff文件 GCF_000001405.40_GRCh38.p14_genomic.fna.gz GCF_000001405.40_GRCh38.p14_genomic.gff (base) [b20 阅读全文
posted @ 2024-05-03 23:33 小鲨鱼2018 阅读(123) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:Linux 中 awk 语句的匹配 阅读全文
posted @ 2024-05-03 22:50 小鲨鱼2018 阅读(12) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、奇怪的报错:' for reading (没有那个文件或目录)en file ` [sy20223040796@admin1 test]$ ls ## 测试文件及命令 test.bed test.sh [sy20223040796@admin1 test]$ cat test.bed ## 阅读全文
posted @ 2024-05-01 10:52 小鲨鱼2018 阅读(22) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:chrom_map["23"] = "NC_056076.1" chrom_map["24"] = "NC_056077.1" chrom_map["25"] = "NC_056078.1" chrom_map["26"] = "NC_056079.1" chrom_map["X"] = "NC_0 阅读全文
posted @ 2024-05-01 10:22 小鲨鱼2018 阅读(61) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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