摘要：
前者：for (row in 1:nrow(gterms)) { gene_terms <- str_split(gterms[row,"GOs"], ",", simplify = FALSE)[[1]] gene_id <- gterms[row, "query"][[1]] tmp <- da 阅读全文
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R语言中sappy、unlist函数的应用 gene_to_go <- data.frame(gene = rep(gene_ids[eggnog_lines_with_go], times = sapply(eggnog_annoations_go, length)), term = unlist 阅读全文
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001、R 语言中出现如下报错 > a <- 1:5 > b <- letters[1:5] > test <- data.frame(a, b) > library(dplyr) > select(test, a) Error in (function (classes, fdef, mtable 阅读全文
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R 语言中双中括号 [[]]与数据类型列表的关系。 for (row in 1:nrow(gterms)) { gene_terms <- str_split(gterms[row,"GOs"], ",", simplify = FALSE)[[1]] gene_id <- gterms[row, 阅读全文
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R语言中管道符号 %>% 的应用及举例 gterms <- egg %>% dplyr::select(query, GOs) %>% na.omit() gene2go <- data.frame(term = character(), gene = character()) 阅读全文
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R语言中na.omit函数的应用 以及 在数据框中的应用 gterms <- egg %>% dplyr::select(query, GOs) %>% na.omit() gene2go <- data.frame(term = character(), gene = character()) 示 阅读全文
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R语言中数据类型列表。 阅读全文
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001 96,GO:0051093,GO:0051094,GO:0051171,GO:0051172,GO:0051173,GO:0051239,GO:0051240,GO:0051241,GO:0051246,GO:0051247,GO:0051248,GO:0051252,GO:0051254, 阅读全文
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001、R语言出现如下报错： 读取的项目数必需是列数的倍数 > egg <- read.table("XXX.emapper_reformat.annotations",sep="\t",header=T) Warning messages: 1: In scan(file = file, what 阅读全文
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eggnog.db.gzeggnog_proteins.dmnd.gzeggnog.taxa.tar.gzmmseqs.tar.gzpfam.tar.gz 阅读全文
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使用conda安装 001、创建单独的环境名称 (base) [root@pc1 test01]# conda create -n eggnog 002、查看环境 (base) [root@pc1 test01]# conda env list # conda environments: # bas 阅读全文