11 2023 档案
摘要：001、./configure 命令报错如下： No package 'glib-2.0' found 002、查找改文件 [root@pc1 exonerate-2.4.0]# find / -name "glib-2.0.pc" ## 只在conda环境中存在 /root/anaconda3/p
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摘要：01、pkg-config 命令搜索的默认路径 a、/usr/lib/pkgconfig b、/usr/share/pkgconfig c、/usr/local/lib/pkgconfig c、/usr/local/share/pkgconfig d、/usr/lib64/pkgconfig/ 02
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摘要：001、 方法1 >>> list1 = ["aa", "aa", "bb", "aa", "cc", "cc"] ## 测试列表 >>> list1.count("aa") ## 借助内置函数输出单个元素的次数 3 >>> set(list1) ## 利用集合去重复 {'cc', 'aa', 'b
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摘要：a、shell实现 001、ROH 检测 [s20213040583@admin1 test]$ ls ## 测试文件 outcome.map outcome.ped ## plink软件检测 [s20213040583@admin1 test]$ plink --file outcome --ho
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摘要：001、 (base) [root@pc1 test]# ls (base) [root@pc1 test]# dd if=/dev/zero of=a.txt count=30 bs=1M ## 生成一个测试文件 30+0 records in 30+0 records out 31457280
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摘要：mkdir -p选项保证在创建目录的时没有上一级目录情况下自动创建 001、不加 -p选项 (base) [root@pc1 test]# ls (base) [root@pc1 test]# mkdir test01/test02 ## 不加 -p， 创建两级目录，失败 mkdir: cannot
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摘要：001、测试目录及文件 (base) [root@pc1 test01]# ls a.txt b.txt c.txt (base) [root@pc1 test01]# pwd /home/test/test01 002、同时复制a.txt 和 b.txt 到/home/test/test02目录中
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摘要：001、测试数据及绘图 x <- c("B","A","D","C","E") ## 测试数据顺序 y <- c(5,6,7,8,9) df <- data.frame(x = x , y = y) df library("ggplot2") ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))
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摘要：001、基础绘图 library(ggplot2) p <- ggplot(faithful, aes(x = eruptions, y = waiting)) + geom_point() p 02、清空x轴title p + theme(axis.title.x =element_blank()
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摘要：001、基础绘图 library(ggplot2) p <- ggplot(faithful, aes(x = eruptions, y = waiting)) + geom_point() p ## 基础绘图 02、调整刻度线标签的长度 p + theme(axis.ticks.length =
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摘要：001、问题如下：R语言控制台一直出现 + 号该怎么处理 002、解决方法 按 ESC键。
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摘要：001、基础绘图 library(ggplot2) p <- ggplot(faithful, aes(x = eruptions, y = waiting)) + geom_point() p ## 基础绘图 002、调整轴标签与绘图区域的间距 a、 p + theme(axis.text.x=e
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摘要：001、 如何在word方框中打√符号？百度知道1、首先在电脑中打开word，需要在方框内打√符号，先选中方框，按delete键删除方框。2、然后在打开的操作主页面中，点击菜单栏“插入”，如下图所示。3、接着在打开的下拉菜单中，点击右侧“符号—其他符号”。4、然后在打开的窗口中，字体选择“Wangd
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摘要：001、方法1 (base) [root@pc1 test]# ls a.txt (base) [root@pc1 test]# cat a.txt ## 测试文本 aa aa aa bb bb cc cc cc cc ## 利用数组记录字符串重复的次数，借助printf格式化输出 (base) [
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摘要：001、make报错如下：make[1]: *** [all-recursive] Error 1 002、解决方法：configure的时候加上：--with-included-apr （不知道为啥？） ./configure --with-included-apr make测试： make -j
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摘要：001、make编译报错如下：fsm.h:24:37: fatal error: glib.h: No such file or directory 002、查找该文件 (base) [root@pc1 exonerate-2.4.0]# find / -name "glib.h" ## 存在该文件
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摘要：001、软件报错如下： 002、系统 (base) [root@pc1 software]# cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) 003、查看glibc版本 (base) [root@pc1 software]#
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摘要：001、 https://www.ebi.ac.uk/about/vertebrate-genomics/software/exonerate#:~:text=-,Exonerate,- 下载： 002、
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摘要：001、 (base) [b20223040323@admin1 003_annotation]$ perldoc perllocal | grep "\"Module\"" ## 查看命令 。
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摘要：001、perl报错如下：/usr/bin/perl: symbol lookup error: Devel/Size/Size.so: undefined symbol: Perl_xs_apiversion_bootcheck 002、 产生原因及解决方法 这个问题产生的原因是使用cpan安装的
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摘要：001、perl 模块报错如下：Can't locate Devel/Size.pm in @INC (you may need to install the Devel::Size module) 002、解决方法： 安装该模块 (base) [b20223040323@admin1 003_an
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摘要：001、 借助数组实现 a、无序输出 [root@pc1 test]# ls a.fa [root@pc1 test]# cat a.fa ## 测试fasta文件 >chr1 aattccgg ttcc >chr2 ttccc >chr3 tttc cct ## 统计脚本 [root@pc1 te
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摘要：001、测试数据 [root@pc1 test]# ls a.txt [root@pc1 test]# cat a.txt ## 测试数据 >jcf7180003470556 2 7 >jcf7180003470556 3 8 >jcf7180003470552 4 9 6 >jcf71800034
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摘要：001、Linux 中变量类型 01、系统变量：写入到系统配置文件中，启动终端则自动加载变量 02、shell变量：自定义临时变量 03、环境变量：通过使用export 作用与变量，使变量可以在进程间共享 env 可以显示所有的环境变量； set可以显示所有的变量； 测试如下： [root@pc1
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摘要：001、测试（错误做法） (base) [root@pc1 test]# ls a.txt (base) [root@pc1 test]# cat a.txt ## 测试数据 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 (base) [root@pc1 test]# sed "s/5/$PWD/" a
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摘要：001、make编译报错：fatal error: lzma.h: No such file or directory 002、 查找相关包 (base) [root@pc1 bedtools2-2.31.1]# yum search "liblzma" Loaded plugins: fastes
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摘要：001、make编译报错：fatal error: bzlib.h: No such file or directory 002、查找相关的安装包 (base) [root@pc1 bedtools2-2.31.1]# yum search bzip2 003、安装相关包 (base) [root@
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摘要：001、示例 (base) [root@pc1 test]# echo -e "\033[47;30m xxxxx \033[0m" ## 47 表示背景色；30表示字体颜色 xxxxx 002、取消背景色 (base) [root@pc1 test]# echo -e "\033[30m xxxx
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摘要：001、问题： version `GLIBCXX_3.4.29' not found （最好不要尝试安装GLIBC库） 002、 当前所处环境为conda 基础环境(base） 003、查找对应的库文件 (base) [b20223040323@admin1 test]$ find ~ -name
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摘要：001、使用命令 及生成结果 samtools flagstat -@ 56 ERR3143219.sort.bam > flagstat.txt ## samtools flagstat统计 002、输出结果解读 (base) [b20223040323@admin1 test]$ cat fla
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摘要：001、编译报错：fatal error: kseq.h: No such file or directory 002、github上查找该软件 003、下载对应的缺失文件，并上传 (base) [root@pc1 test]# ls kseq_fastq_base.c kseq.h 004、编译测
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摘要：001、编译报错：fatal error: zlib.h: No such file or directory 002、查找改文件 (base) [root@pc1 test]# find / -name "zlib.h" ## 查找改文件， 存在 /root/anaconda3/pkgs/zlib
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摘要：设置打开文件数目限制是为了避免资源被耗尽，增加安全及稳定性。 001、查看软限制 (base) [root@pc1 software]# ulimit -Sn 1024 002、查看硬限制 (base) [root@pc1 software]# ulimit -Hn 4096 003、设置软限制 (
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摘要：source 命令的作用： a、刷新环境变量 b、执行shell脚本 c、加载函数（环境变量） d、从另外的shell脚本中读取变量 001、 刷新环境变量 (base) [root@pc1 software]# source ~/.bashrc ## 刷新环境变量 (base) [root@pc1
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摘要：一个变量创建时，它不会自动的被在它之后创建的shell进程（子进程）所知；这时，可用export命令向后面的shell传递变量的值。export命令用于将shell变量输出为环境变量，或者将shell函数输出为环境变量。 参数： -f：代表[变量名称]中为函数名称。 -n：删除指定的变量；实际未删除
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摘要：001、 (base) [root@pc1 Augustus-3.5.0]# conda install -c bioconda augustus -y ## 直接使用conda安装； 编译安装了一天，没想到conda一个命令安装。。。 002、调用测试 (base) [root@pc1 Augus
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摘要：001、make 编译报错如下：bam2wig.c:12:10: fatal error: bgzf.h: No such file or directory 002、查找该文件 (base) [root@pc1 Augustus-3.5.0]# find / -name "bgzf.h" ## 查
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摘要：001、make编译报错如下：bam2hints.cc:16:10: fatal error: api/BamReader.h: No such file or directory 002、在系统中查找该文件 (base) [root@pc1 Augustus-3.5.0]# find / -nam
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摘要：001、make 编译 报错：train_logReg_param.o:train_logReg_param.cc:(.text+0x3407): more undefined references to `std::__throw_out_of_range_fmt(char const*, ...
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摘要：001、make编译报错：/bin/ld: cannot find -lcolamd 002、查找该文件 (py38) [root@pc1 Augustus-3.5.0]# find / -name "libcolamd.so" ## 系统上不存在该文件； 那么解决的话就应该安装， 但是安装什么呢？
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摘要：001、make编译 报错：/bin/ld: cannot find -lmysqlclient 002、查找相关文件 (base) [root@pc1 Augustus-3.5.0]# find / -name *libmysqlclient.so* ## lib + 提示的缺失文件 + .so
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摘要：001、make编译报错：alignment.cc:16:10: fatal error: lp_lib.h: No such file or directory 002、在系统中查找该文件 (base) [root@pc1 Augustus-3.5.0]# find / -name "lp_lib
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摘要：001、make编译遇到如下问题：parser/../../include/contTimeMC.hh:18:10: fatal error: gsl/gsl_matrix.h: No such file or directory 002、查找该文件 (base) [root@pc1 Augustu
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摘要：001、make编译报错：../include/randseqaccess.hh:21:29: fatal error: mysql++/mysql++.h: No such file or directory 002、解决方法： yum -y install epel-release ## 这个在
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摘要：001、make编译报错如下：../include/types.hh:16:43: fatal error: boost/archive/text_oarchive.hpp: No such file or directory 002、 查找该文件 (base) [root@pc1 Augustus
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摘要：001、官网：http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/downloads/ github：https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus/releases/tag/v3.5.0 002、 tar -xzvf August
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摘要：001、编译make 提示错误如下：fsm.h:24:37: fatal error: glib.h: No such file or directory 002、解决方法 (base) [root@pc1 exonerate-2.4.0]# yum install glib* 003、查找该头文件
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摘要：001、安装 (base) [root@pc1 test01]# yum install perl-App-cpanminus.noarch ## 安装； 系统为centos7系统 002、测试安装效果 (base) [root@pc1 test01]# cpanm Usage: cpanm [op
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摘要：001、 https://bioperl.org/INSTALL.html 001、 检索该模块：https://metacpan.org/ 002、下载该模块 003、解压、安装 tar -xzvf BioPerl-1.7.8.tar.gz cd BioPerl-1.7.8/ perl Makef
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摘要：001、下载软件包： 官网：http://korflab.ucdavis.edu/software.html 002、下载安装包、及安装 wget -c http://korflab.ucdavis.edu/Software/snap-2013-11-29.tar.gz tar -xzf snap-
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摘要：001、系统信息 (base) [root@pc1 ~]# cat /etc/redhat-release ## 系统信息 CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) 002、安装CPAN (base) [root@pc1 ~]# yum -y install perl
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摘要：001、问题 (base) [sy20223040796@admin1 RepeatModeler-2.0.2a]$ perl configure ## 配置 RepeatModeler，提示缺少 LWP：UserAgent模块 The following perl modules required
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摘要：001、设置启动终端自动激活 conda config --set auto_activate_base true ## 启动终端自动激活 001、设置启动终端不自动激活 conda config --set auto_activate_base false ## 启动终端不自动激活 其实质是修改了
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摘要：001、问题描述 安装RepeatModeler-2.0.2a 软件时提示缺少对应的perl模块，利用cpan安装对应模块，并不能解决问题（不知道原因）。 002、解决思路 01、利用cpan安装缺少的模块名称安装，根据屏幕输出记录安装的软件包 02、利用 yum -y install perl*
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摘要：001、编译安装RepeatModeler-2.0.2a 时报错如下： (base) [root@pc1 RepeatModeler-2.0.2a]# perl configure ## 编译安装， 提示缺乏 LWP::UserAgent module The following perl modu
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摘要：001、问题 cpan没调出来， 如下： (base) [root@pc1 home]# cpan ## 未发现命令 bash: cpan: command not found... 002、解决方法 (base) [root@pc1 home]# yum -y install perl-CPAN
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摘要：001、perl 配置RepeatModeler 警告缺少 perl模块如下： (base) [b20223040323@admin1 RepeatModeler-2.0.2a]$ perl configure The following perl modules required by Repea
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摘要：001、perl -MCPAN -e shell命令报错： Can't locate CPAN.pm in @INC (@INC contains: /usr/local/lib64/perl5 （以上报错提示没有安装CPAN模块） 002、解决方法 yum -y install perl-CPAN
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摘要：001、变异perl脚本警告如下：perl Makefile.PL INSTALL_BASE=/home/liujiaxin01/perl5 002、解决方法： yum install perl-core ## 安装perl核心 003、测试效果，以上警告消失 。 参考： 01、https://te
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摘要：001、问题 RepeatModeler 编译安装报错如下： 002、尝试逐个安装确实的perl模块； 也是各种问题； 最后不想折腾， 就大力出奇迹，全安装， 可一次解决所有报错； (base) [root@pc1 RepeatModeler-2.0.2a]# yum -y install perl
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摘要：001、执行 perl Makefile.PL警告如下： (base) [root@pc1 JSON-PP-4.16]# perl Makefile.PL ## 执行该命令报错如下 Warning: prerequisite Test::More 0 not found. Writing Makef
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摘要：001、 在生成Makefile时报错如下： Can't locate ExtUtils/MakeMaker.pm in @INC (@INC contains: /usr/local/lib64/perl5 002、解决方法： yum install perl-ExtUtils-MakeMaker
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摘要：001、系统信息 (base) [root@pc1 RepeatModeler-2.0.2a]# cat /etc/redhat-release ## 查看系统 CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) ## centos 7.6 002、问题 perl 配置时遇到如
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摘要：001、linux 中 R语言中安装“devtools”报错如下：Configuration failed because libxml-2.0 was not found. Try installing: 002、解决方法： [root@pc1 ~]# yum install libxml2-de
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摘要：001、问题，安装 devtools中遇到如下报错：Configuration failed to find one of freetype2 libpng libtiff-4 libjpeg. 002、解决方法： [root@pc1 ~]# yum install freetype-devel l
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摘要：01、问题 R 语言中安装"devtools"包报错如下：Configuration failed because libcurl was not found. Try installing： 02、解决方法： [root@pc1 ~]# yum install libcurl-devel ## 根
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摘要：001、问题： R 语言安装“devtools” ERROR: dependencies ‘openssl’, ‘curl’ are not available for package ‘credentials’ 002、解决方法： [root@pc1 ~]# yum install openssl
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摘要：001、问题； make threads=yes命令报错如下：fatal error: pango/pangocairo.h: No such file or directory 002、解决方法； 安装 pango-devel (base) [root@pc1 genometools-1.5.9]
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摘要：001、 rpm -qa | grep "package name"; 例如： [root@pc1 ~]# rpm -qa | grep "wget" ## 确认是否安装了wget命令 wget-1.14-18.el7_6.1.x86_64 [root@pc1 ~]# rpm -qa | grep
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摘要：001、make threads=yes 报错如下：fatal error: cairo.h: No such file or directory 002、在根目录查找改文件 (base) [root@pc1 ~]# find / -name "cairo.h" ## 系统中无改文件 (base)
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摘要：001、 centos7 中 (base) [root@pc1 test]# cat /etc/redhat-release ## 查看当前系统 CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) (base) [root@pc1 test]# ldd --version ##
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摘要：001、问题：configure: error: You need zlib >= 1.2.3 to build bin/PopLDdecay 002、解决方法 yum -y install zlib zlib-devel 003、测试 参考： 01、https://blog.csdn.net/qq
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摘要：001、 a、 conda update -n base -c defaults conda b、当以上命令不管用时，使用如下命令： conda update -n base -c defaults conda --repodata-fn=repodata.json 参考： 01、https://b
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摘要：静态二进制（免安装） 001、系统 (base) [root@pc1 software]# cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) ## centos7.6 002、下载安装包(最新版是2.14.1， 但是centos
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摘要：001、问题 ./rmblastn: /lib64/libz.so.1: version `ZLIB_1.2.9' not found (required by 002、查找库中包含的版本 (base) [root@pc1 bin]# strings /lib64/libz.so.1 | grep
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摘要：linux 中shift命令应用与函数内部，调用一次，表示参数左移一位；$#表示shell参数的个数，调用shift一次， $#减少1. 分别处理每个参数，移出去的参数不再可用; 举例： 001、example 1 [root@pc1 test2]# ls a.sh [root@pc1 test2]
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摘要：001、 方法1 [root@pc1 test]# ls test.sh [root@pc1 test]# cat test.sh ## 测试程序 #!/bin/bash function join_by { ## 定义函数 local IFS="$1" ## IFS定义输入分隔符， 其中local
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摘要：linux 中 local为一个关键字，用于限制变量的作用范围（作用域），通常应用在函数的内部. 举例如下： 001、在函数内部定义变量， 不使用关键字local [root@pc1 test2]# ls a.sh [root@pc1 test2]# cat a.sh ## 测试函数 #/bin/b
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摘要：001、 创建数组 a、方法1 [root@pc1 test01]# ay1=(100 200 "abc" "xyz") ## 创建数组 b、方法2 [root@pc1 test01]# ay2[0]=100 [root@pc1 test01]# ay2[1]=200 [root@pc1 test0
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摘要：001、 https://www.yzktw.com.cn/post/1163597.html
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摘要：001、问题如下： 002、解决方法： 003、 参考： 01、
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摘要：001、问题， ./rmblastn 命令报错如下： ./rmblastn: error while loading shared libraries: libzstd.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory 0
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摘要：001、在执行perl Makefile.PL 命令时遇到如下报错： 002、解决方法： yum install perl-ExtUtils-MakeMaker 003、测试.
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摘要：001、发行版信息 [root@pc1 test]# cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) ## centos7.6 002、当前gcc版本 [root@pc1 test]# gcc --version gcc (G
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摘要：一、第一部分， 安装 RepeatMasker 01、安装TRF、github地址：https://github.com/Benson-Genomics-Lab/TRF tar -xzvf TRF-4.09.1.tar.gz ./configure make make install 02、安装rm
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摘要：001、 (base) [root@pc1 test02]# ls a.txt (base) [root@pc1 test02]# cat a.txt ## 测试文件 use File::Basename; use File::Spec; use List::Util 'none'; use "Ca
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摘要：001、make命令报错如下： "none" is not exported by the List::Util module 002、解决方法 将 /usr/local/bin/automake-1.16文件的76行中的 ‘none’删除 (base) [root@pc1 build]# sed
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摘要：001、报错如下： 002、解决方法 在3694行 的末尾加上 --no-discard-stderr sed -i '3694 s/$/ --no-discard-stderr /' Makefile ## 在3694末尾添加上--no-discard-stderr， -i表示在原文中添加 003
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摘要：001、报错如下：/home/software/TRF/missing: line 81: aclocal-1.16: command not found 002、解决方法 下载automake： 官网:https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/gnu/automake/?
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