摘要: 001、 -s file:文件存在而且文件不为空,则为真,否则为假 (base) [root@pc1 test01]# ls a.txt b.txt (base) [root@pc1 test01]# ll -h ## 两个侧式文件,a.txt不为空,b.txt则为空 total 4.0K -rw- 阅读全文
posted @ 2023-10-06 19:44 小鲨鱼2018 阅读(712) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 001、 默认参数直接对比 [b20223040323@admin1 test02]$ ls SRR3156163.sra SRR3156164.sra [b20223040323@admin1 test02]$ md5sum * ## 两个sra文件完全一致 9e819f5e4499b54fd65 阅读全文
posted @ 2023-10-06 15:14 小鲨鱼2018 阅读(587) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 001、ncbi官网 002、SRA Lite和SRA Normalized 的 区别: https://www.omicsclass.com/article/2178 如下图: sra.lite的磁盘占用小于标准sra的,以SRR3156163为例。 003、sra.lite 和 sra标准数据下 阅读全文
posted @ 2023-10-06 14:46 小鲨鱼2018 阅读(333) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 001、 [b20223040323@admin1 test]$ ls SRR1770413.sorted.bam SRR1770413.sorted.markdup_metrics.txt SRR1770413.sorted.markdup.bam step4.slurm [b2022304032 阅读全文
posted @ 2023-10-06 12:06 小鲨鱼2018 阅读(35) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 001、 (base) [b20223040323@admin1 test]$ ls ERR2985610.sorted.markdup.bam ## 1 线程 (base) [b20223040323@admin1 test]$ time samtools index -@ 1 ERR298561 阅读全文
posted @ 2023-10-06 11:15 小鲨鱼2018 阅读(417) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 001、 a.txt [root@pc1 test01]# cat a.txt ## 测试数据 40 60 20 40 40 80 60 20 20 89 ## 每隔3行, 打上标签 [root@pc1 test01]# awk 'BEGIN{a=1}{if(sum <= 3) {print "ta 阅读全文
posted @ 2023-10-06 10:54 小鲨鱼2018 阅读(27) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 001、 [root@pc1 test01]# ls a.txt [root@pc1 test01]# cat a.txt ## 测试数据 40 60 20 40 40 80 60 20 20 0 0 80 4 4 8 8 ## 每隔4行输出平均值 [root@pc1 test01]# awk '{ 阅读全文
posted @ 2023-10-06 10:45 小鲨鱼2018 阅读(43) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 001、 prefetch的安装 a、现在 NCBI官网:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ b、 c、 d、 e、 解压、找到可执行程序 [root@pc1 software02]# ls sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz ## 阅读全文
posted @ 2023-10-06 10:13 小鲨鱼2018 阅读(1283) 评论(0) 推荐(0) 编辑