10 2023 档案
摘要：001、打包只指定目录 [root@pc1 test]# ls a.txt b.map c.ped dir1 [root@pc1 test]# ls dir1/ [root@pc1 test]# tar -cf ./dir1/xx.tar a.txt b.map c.ped ## 打包至指定的目录
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摘要：001、 [root@pc1 test]# for i in ab8 ab23 ab98; do echo $i; done ## 直接迭代 ab8 ab23 ab98 [root@pc1 test]# for i in ab{8,23,98}; do echo $i; done ## 可以写成如下
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摘要：001、 [root@pc1 test]# ls ## 两个测试文件 a.txt b.txt [root@pc1 test]# cat a.txt 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 [root@pc1 test]# cat b.txt a b c [root@p
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摘要：#!/usr/bin/env 告诉计算机用什么程序执行该脚本。 001、测试两个程序 [root@pc1 test]# ls ## 两个测试程序 test2.py test.py [root@pc1 test]# cat test.py ## 程序1 print('hello world') [ro
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摘要：001、 linux 中 strings命令 主要是在对象文件或者二进制文件中查找可打印的字符串。 002、举例 (base) [b20223040323@admin1 ~]$ strings /bin/ls | head /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 libselinux
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摘要：001、python程序报错如下： 002、问题分析 a、调用的是python程序 b、libstdc++.so.6是c++标准库 执行python程序时，需要调用c++标准库，libstdc++.so.6(lib = glib， 6 表示第6版)，版本不匹配报错，无法找到：GLIBCXX_3.4.
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摘要：001、 Ldd： linux 系统中的一个测试工具，用于查看可执行文件或者共享库文件所依赖的动态链接库. 主要用于协助分析和解决程序运行时的依赖关系。 动态链接库？ 002、举例 ldd 003、解决依赖关系 a、安装相应的软件包来获取缺失的动态链接库 比如红帽系列使用yum命令、ubuntu中使
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摘要：001、 c运行库. linux 系统中最低成的API（应用程序接口), 几乎其它任何运行库都会依赖与glibc. glibc是GNU发布的libc库，即c运行库。glibc是linux系统中最底层的api，几乎其它任何运行库都会依赖于glibc。glibc除了封装linux操作系统所提供的系统服务
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摘要：001、 [root@pc1 test01]# ls test.cpp [root@pc1 test01]# cat test.cpp ## 第一个c++程序 #include <iostream> using namespace std; int main() { cout << "hello w
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摘要：001、按照原始顺序输出 [root@pc1 test02]# ls a.txt [root@pc1 test02]# cat a.txt ## 测试数据 a 76 b 78 a 100 c 222 b 7777 b 8888 a 9999 b 3333 d 1111 e 7777777 e 999
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摘要：001、 输出第一列中没有重复的文本 [root@pc1 test02]# ls a.txt [root@pc1 test02]# cat a.txt ## 测试数据 a 76 b 78 a 100 c 222 b 7777 b 3333 d 1111 ## 先把文本叠加一次， 然后引入文本行数变量
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摘要：001、 [root@pc1 test02]# ls a.txt [root@pc1 test02]# cat a.txt ## 测试数据 a 76 b 78 a 100 c 222 b 7777 b 3333 d 1111 ## 输出所有的重复 ## 对重复去重 ## 将重复叠加至表头 ## 输出
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摘要：001\ [root@pc1 test01]# ls [root@pc1 test01]# seq 3 > a.txt ## 测试文件 [root@pc1 test01]# ls a.txt [root@pc1 test01]# cat a.txt 1 2 3 [root@pc1 test01]#
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摘要：001、 (base) [b20223040323@admin1 NTlibrary]$ find nt.01* | xargs du -sch ## 查找一类文件，并统计总的大小，-c表示总计 76M nt.01.nhd 1.7M nt.01.nhi 797M nt.01.nhr 50M nt.0
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摘要：系统：centos7.6 1810 001、下载tmux工具 [root@pc1 ~]# tmux bash: tmux: command not found... [root@pc1 ~]# yum install tmux -y ## 安装命令 002、启动 tmux 功能 在终端直接输入 tm
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摘要：001、方法1 expr [root@pc1 test]# expr 50 + 40 90 002、方法2 bc [root@pc1 test]# echo 50 + 40 | bc 90 003、方法3 awk [root@pc1 test]# awk 'BEGIN{print 50 + 40}'
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摘要：001、 [root@pc1 test]# cat test.sh ## 函数脚本 #!/bin/bash function db1 ## function关键字来定义函数，db1是函数名 { read -p "请输入:" value return $[$value *2] ## return返回函
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摘要：最好不要尝试编译安装，报错折腾死人。 001、 (base) [root@pc1 ~]# conda install -c hcc aspera-cli -y 002、调用测试 (base) [root@pc1 ~]# ascp -h | head 。
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摘要：001、cd-hit报错如下 Some seqs are too long, please rebuild the program with make parameter MAX_SEQ=new-maximum-length (e.g. make MAX_SEQ=10000000) 002、解决方法
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摘要：001、问题 cd-hit 编译报错如下： cdhit-common.h:39:17: fatal error: zlib.h: No such file or directory 002、解决方法 yum -y install zlib zlib-devel 003、验证 [root@pc1 cd
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摘要：001、 [root@pc1 test1]# ls a.fa rm.list test.py [root@pc1 test1]# cat a.fa ## 测试fasta >chr1 tttcccggg >chr2 tttgggjjj cccjjjjjj >chr3 ccc >chr4 aaaaatt
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摘要：001、 单个删除 (base) [root@pc1 test1]# ls a.fa (base) [root@pc1 test1]# cat a.fa ## 测试文件 >chr1 tttcccggg >chr2 tttgggjjj cccjjjjjj >chr3 ccc >chr4 aaaaatt
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摘要：001、 (base) [root@pc1 test1]# ls a.fa test.py (base) [root@pc1 test1]# cat a.fa ## 测试fasta >chr1 tttcccggg >chr2 tttgggjjj cccjjjjjj >chr3 ccc >chr4 a
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摘要：001、 [root@pc1 test1]# ls a.fa test.py [root@pc1 test1]# cat a.fa >chr1 tttcccggg >chr2 tttgggjjj cccjjjjjj >chr3 ccc >chr4 aaaaatt [root@pc1 test1]#
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摘要：001、 a、 [root@pc1 test1]# ls a.fa test.py [root@pc1 test1]# cat a.fa ## 测试fasta >chr1 tttcccggg >chr2 tttggg ccc >chr3 cccttt >chr4 aaaaattt [root@pc1
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摘要：001、 [root@pc1 test1]# ls a.fa chr.list test.py [root@pc1 test1]# cat a.fa ## 测试fasta文件 >chr1 tttcccggg >chr2 tttggg ccc >chr3 cccttt >chr4 aaaaattt [
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摘要：001、问题：conda安装samtools后调用出现如下报错： samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or d
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摘要：001、问题 conda 安装samtools出现如下问题： (base) [root@pc1 home]# conda install samtools -c bioconda 002、解决方法 更新conda： (base) [root@pc1 home]# conda --version ##
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摘要：001、 [root@pc1 test1]# ls a.fa chr.list [root@pc1 test1]# cat a.fa ## 测试fasta >chr1 tttcccggg >chr2 tttggg ccc >chr3 cccttt >chr4 aaaaattt [root@pc1 t
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摘要：01、 [root@pc1 test1]# python3 Python 3.11.4 (main, Jul 5 2023, 14:15:25) [GCC 11.2.0] on linux Type "help", "copyright", "credits" or "license" for mo
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摘要：001、 awk + 数组实现 [root@pc1 test2]# ls a.txt [root@pc1 test2]# cat a.txt ## 测试数据 a b b a b c f f b a [root@pc1 test2]# awk '{ay[$0]++; print ay[$0], $0}
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摘要：001、 awk实现 [root@pc1 test1]# ls a.txt [root@pc1 test1]# cat a.txt ## 测试文件 >jcf7180003470556 2 7 >jcf7180003470556 3 8 >jcf7180003470552 4 9 6 >jcf7180
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摘要：001、间隔2 [root@pc1 test1]# ls a.txt [root@pc1 test1]# cat a.txt ## 测试数据 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 [root@pc1 test1]# awk '{if(NR % 2 == 1) {count++}; if(NR %
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摘要：001、批量提取列，根据索引index.txt文件批量提取2、4、8、9列 [root@pc1 test2]# ls a.txt index.txt [root@pc1 test2]# cat a.txt ## 测试文件 001 002 003 004 005 006 007 008 009 010
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摘要：001、 [root@pc1 test2]# ls a.txt [root@pc1 test2]# cat a.txt 01 02 1 03 04 2 05 06 3 07 08 4 09 10 5 11 12 6 13 14 7 15 16 8 17 18 9 19 20 10 21 22 11
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摘要：[root@pc1 test1]# ls file.txt [root@pc1 test1]# cat file.txt ## 测试文件 0 01 02 03 04 0 05 06 07 08 0 09 10 11 12 1 13 14 15 16 1 17 18 19 20 2 77 33 22
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摘要：001、 [root@pc1 test1]# ls a.txt [root@pc1 test1]# a=4 ## 定义变量a [root@pc1 test1]# cat a.txt 1 [root@pc1 test1]# awk '{for(i = 1; i <= "'$a'"; i++) prin
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摘要：001、方法1 ## step1: awk 'NR % 4 == 1' batch9.fastq | sed 'N; s/\n/\t/; s/\//\t/g' | awk '{if($1 == $3 && $2 != $4) {print (NR - 1) * 8 + 1, NR * 8}}' >
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摘要：001、 [root@pc1 test2]# ls index.txt [root@pc1 test2]# cat index.txt ## 测试的一列数字 2 3 4 8 9 11 [root@pc1 test2]# awk '{if(NR == 1) {a = $0 - 0 - 1; for (
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摘要：001、测试数据 [root@pc1 test1]# ls a.txt index.txt [root@pc1 test1]# cat a.txt ## 测试文件 01 02 1 03 04 2 05 06 3 07 08 4 09 10 5 11 12 6 13 14 7 15 16 8 17 1
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摘要：001、问题 samtools安装执行 ./configure报错如下： configure: error: liblzma development files not found 002、解决方法： yum -y install xz-devel 参考： 01、https://blog.csdn.
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摘要：001、问题： ./a.out: error while loading shared libraries: libgsl.so.25: cannot open shared object file: No such file or directory 002、解决方法 [root@pc1 test
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摘要：001、问题：安装gemma软件报错 src/param.cpp:30:26: fatal error: gsl/gsl_blas.h: No such file or directory 002、解决方法， 安装gls a、官网下载 http://mirrors.ustc.edu.cn/gnu/g
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摘要：111111111、 以vcftools为例： 001、解压软件，查看软件内容 [root@pc1 software]# ls vcftools-0.1.16.tar.gz [root@pc1 software]# tar -xzf vcftools-0.1.16.tar.gz ## 解压缩 [ro
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摘要：以bamtools软件为例。 001、 解压该软件 [root@pc1 software]# ls ## 列出安装包 bamtools-2.5.2.zip cmake-3.27.7 [root@pc1 software]# unzip bamtools-2.5.2.zip &> /dev/null
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摘要：001、 configure: 配置环境？ ./configure 是用来检测你的安装平台的目标特征的。比如它会检测你是不是有CC或GCC，它是个shell脚本，另外，./configure是源代码安装的第一步，主要的作用是对即将安装的软件进行配置，检查当前的环境是否满足要安装软件的依赖关系。 00
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摘要：001、 首先产生的是gcc 对单个源文件的编译 首先先来了解一下gcc，gcc是GNU Compiler Collection(就是GNU编译器套件)，也可以简单认为是编译器，它可以编译很多种编程语言(包括C、C++、Objective-C、Fortran、Java等等)。当我们的程序只有一个源文
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摘要：001、 'gmake'特指GNU make。 'make'是指系统默认的make实现;在大多数Linux发行版中，这是GNU make，但是在其他unix中，它可以指代make的某些其他实现，例如BSD make或各种商业unix的make实现。 GNU make接受的语言是传统make实用程序支
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摘要：001、问题：Failed to find "GL/gl.h" in 002、解决方法 [root@pc1 cmake-3.27.7-build]# yum install mesa-lib* 。 参考:https://www.jianshu.com/p/5eeb3dd51c08
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摘要：001、从左侧删除，# 和 *. a、从左侧删除单个 [root@pc1 test01]# var=GCF_000001735.4_TAIR10.1_genomic.fna ## 测试字符串 [root@pc1 test01]# echo ${var#*.} ## 从左侧删除第一个.后之前的，使用的
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摘要：001、 [root@pc1 test01]# ls a.txt [root@pc1 test01]# cat a.txt ## 测试数据 001 002 003 004 005 006 007 008 009 010 011 012 013 014 015 016 017 018 019 020
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摘要：001、 [root@pc1 test01]# ls a.txt [root@pc1 test01]# cat a.txt ## 测试数据 001 002 003 004 005 006 007 008 009 010 011 012 013 014 015 016 017 018 019 020
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摘要：001、方法1 利用cut [root@pc1 test01]# ls a.txt [root@pc1 test01]# cat a.txt ## 测试数据 001.002.003.004.005 006.007.008.009.010 011.012.013.014.015 016.017.018
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摘要：. switch 构造是 Linux bash 脚本提供的另一个强大功能。（c语言？） 它可以用于需要嵌套条件的地方，但不希望使用复杂的 if-else elif 链。 001、
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摘要：001、 [root@pc1 test01]# ls a.sh [root@pc1 test01]# cat a.sh ## 测试脚本 #!/bin/bash : " ## 冒号和双引号之间有一个空格（也可以是单引号） xxxxxxx yyyyyyyyyyy ## 注释内容 zzzzzzzz " (
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摘要：001、基于染色体合并gvcf文件 gatk CombineGVCFs -R reference.fna -V gvcf.list -L chrN -O chrN.merged.g.vcf.gz 其中： referen.fna 是参考基因组； gvcf.list是将要合并的gvcf文件的列表文件，一
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摘要：001、 -s file：文件存在而且文件不为空，则为真，否则为假 (base) [root@pc1 test01]# ls a.txt b.txt (base) [root@pc1 test01]# ll -h ## 两个侧式文件，a.txt不为空，b.txt则为空 total 4.0K -rw-
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摘要：001、 默认参数直接对比 [b20223040323@admin1 test02]$ ls SRR3156163.sra SRR3156164.sra [b20223040323@admin1 test02]$ md5sum * ## 两个sra文件完全一致 9e819f5e4499b54fd65
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摘要：001、ncbi官网 002、SRA Lite和SRA Normalized 的 区别： https://www.omicsclass.com/article/2178 如下图： sra.lite的磁盘占用小于标准sra的，以SRR3156163为例。 003、sra.lite 和 sra标准数据下
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摘要：001、 [b20223040323@admin1 test]$ ls SRR1770413.sorted.bam SRR1770413.sorted.markdup_metrics.txt SRR1770413.sorted.markdup.bam step4.slurm [b2022304032
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摘要：001、 (base) [b20223040323@admin1 test]$ ls ERR2985610.sorted.markdup.bam ## 1 线程 (base) [b20223040323@admin1 test]$ time samtools index -@ 1 ERR298561
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摘要：001、 a.txt [root@pc1 test01]# cat a.txt ## 测试数据 40 60 20 40 40 80 60 20 20 89 ## 每隔3行， 打上标签 [root@pc1 test01]# awk 'BEGIN{a=1}{if(sum <= 3) {print "ta
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摘要：001、 [root@pc1 test01]# ls a.txt [root@pc1 test01]# cat a.txt ## 测试数据 40 60 20 40 40 80 60 20 20 0 0 80 4 4 8 8 ## 每隔4行输出平均值 [root@pc1 test01]# awk '{
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摘要：001、 prefetch的安装 a、现在 NCBI官网：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ b、 c、 d、 e、 解压、找到可执行程序 [root@pc1 software02]# ls sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz ##
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摘要：001、软件下载 官网：https://pcingola.github.io/SnpEff/ 下载，然后解压： (base) [root@pc1 software]# wget -c https://snpeff.blob.core.windows.net/versions/snpEff_lates
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摘要：001、问题 MaSuRCA 软件安装 swig/perl5/swig_wrap.cpp:342:20: fatal error: string.h: No such file or directory 002、原因， 当前环境处于conda的base环境，可能是函数库调用混乱。 003、解决方法，
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摘要：001、问题，centos7中中用户名和主机名消失，显示-bash-4.2，如下： -bash-4.2$ 002、产生原因 配置文件丢失或意外删除。 003、解决方法1 -bash-4.2$ echo "export PS1='[\u@\h \W]\$'" >> ~/.bash_profile -b
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摘要：001、 创建两个测试用户 [root@pc1 home]# ls [root@pc1 home]# useradd user01 ## 创建两个测试用户 [root@pc1 home]# useradd user02 [root@pc1 home]# echo tmppasswd | passwd
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摘要：map函数会根据提供的函数对指定的序列做映射。 第一个参数接受一个函数名，后面的参数接受一个或多个可迭代的序列，返回的是一个集合。 001、 >>> def fun01(x): ## 测试函数 ... return x * 100 ... >>> list1 = [8, 3, 2, 7] >>> >
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摘要：001、 (base) [b20223040323@admin1 batch_test02]$ ls ## 测试模板、测试sam文件 template.slurm test.sam (base) [b20223040323@admin1 batch_test02]$ cat template.slu
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摘要：001、测试条件 (base) [b20223040323@admin1 batch_test]$ ls SRR10083583_trim_1P.fastq.gz SRR10083583_trim_2P.fastq.gz template.slurm (base) [b20223040323@adm
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摘要：正则表达式其本身就是一种小型的，高度专业化的编程语言。在Python中，它被内 嵌在了re模块里面，正则表达式模式被编译成一系列的字节码，然后由用C编写的匹 配引擎执行。 001、re.search a、 >>> re.search('www', 'www.runoob.com') ## 返回了匹配
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摘要：001、问题 GPT官网无法打开， 如下： 002、 解决方法 参考： https://laowangblog.com/chatgpt-unable-to-load-site.html .
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摘要：001、 (base) [root@pc1 test]# ls (base) [root@pc1 test]# echo $a ## 测试变量a和b (base) [root@pc1 test]# echo $b (base) [root@pc1 test]# export a=10000 ## a
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摘要：001、tr -dc string： 表示删除字符以外（补集complement）的所有字符 [root@pc1 test]# ls a.txt [root@pc1 test]# cat a.txt ## 测试文本 01 02 abd ef 03jkk. 04, f 05 f 06 [root@pc
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摘要：001、 [root@pc1 test]# ls ## 测试文件 a.txt b.txt [root@pc1 test]# ll -h total 110M -rw-r--r--. 1 root root 10M Oct 1 22:13 a.txt -rw-r--r--. 1 root root 1
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