09 2023 档案
摘要：001、方法1 借助字典统计 [root@pc1 test2]# ls test.py [root@pc1 test2]# cat test.py ## 测试程序 #!/usr/bin/env python3 # -*- coding: utf-8 -*- list1 = ["aa", "bb",
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摘要：001、 [root@pc1 test]# ls a.fastq [root@pc1 test]# head -n 4 a.fastq ## 测试fastq格式数据 @SRR12342886.1 1/1 TCTTCAAAAATTTCTCACAGCTTGTTGTGATCCACACAGTCAAAGGCT
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摘要：001、tr实现 a、 [root@pc1 test02]# ls a.txt [root@pc1 test02]# cat a.txt ## 测试文件 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 [root@pc1 test02]# cat a.txt | tr "\n" " "
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摘要：001、 [root@pc1 test]# echo -n ! | od -A n -t u1 ## 将ASCII码感叹号转换为十进制数值 33 002、 [root@pc1 test]# echo -n ! | od -A n ## 将ASCII感叹号转换为8进制数值 000041 003、 [r
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摘要：001、cpu a、 [root@pc1 home]# lscpu | head ## lscpu命令 Architecture: x86_64 CPU op-mode(s): 32-bit, 64-bit Byte Order: Little Endian CPU(s): 4 On-line CP
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摘要：001、 >>> list1 = ["aa", "bb", "cc", "dd"] ## 列表1 >>> list2 = [111, 222, 333, 444] ## 列表2 >>> list3 = [] >>> for i in range(len(list1)): ... list3.appe
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摘要：001、 [root@pc1 test1]# ls a.fastq ASCII2num.txt test.py [root@pc1 test1]# head -n 4 a.fastq ## 测试fasta文件 @SRR12342886.1 1/1 TCTTCAAAAATTTCTCACAGCTTGTT
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摘要：001、测序数据为fastq格式 fastq格式数据没四行为一个单位，其中第二行是碱基，第四行为对应的碱基质量值： 如下： (base) [b20223040323@admin1 test01]$ ls ## 测试fastq格式数据 test.fastq (base) [b20223040323@a
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摘要：001、 [root@pc1 test2]# ls test.py [root@pc1 test2]# cat test.py ## 测试程序 #!/usr/bin/env python3 # -*- coding: utf-8 -*- import re str1 = "abcdefghijklm
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摘要：001、生成 nN nnNN nnnNNN .... a、 [root@pc1 test1]# ls test.py [root@pc1 test1]# cat test.py ## 测试程序 #!/usr/bin/env python3 # -*- coding: utf-8 -*- for i
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摘要：001、假定数字为3 [root@pc1 test1]# ls test.py [root@pc1 test1]# cat test.py ## 测试程序 #!/usr/bin/env python3 # -*- coding: utf-8 -*- for i in range(1,4): for
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摘要：001、磁盘占用 (base) [root@pc1 test1]# ls test1 test2 test3 (base) [root@pc1 test1]# find $PWD -type d ## 查出所有目录 /home/test1 /home/test1/test1 /home/test1/
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摘要：001、 [root@pc1 test2]# ls a.txt [root@pc1 test2]# cat a.txt batch01 xyz1 batch02 xyz2 batch03 xyz3 batch04 xyz4 batch05 xyz5 [root@pc1 test2]# awk '{s
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摘要：001、split实现 a、 [root@pc1 test1]# ls a.txt [root@pc1 test1]# cat a.txt ## 测试文件 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 [root@pc1 test1]# split -l 4 a.txt b
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摘要：001、方法1， cut + 循环 [root@pc1 test01]# ls a.txt [root@pc1 test01]# cat a.txt ## 测试数据 001 002 003 004 005 006 007 008 009 010 011 012 013 014 015 016 017
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摘要：001、grep实现 (base) [root@pc1 test2]# ls a.txt (base) [root@pc1 test2]# cat a.txt ## 测试数据 1 2 keyword 3 4 5 keyword 6 7 8 (base) [root@pc1 test2]# grep
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摘要：001、安装 下载最新版： 官网：https://github.com/shenwei356/seqkit/releases 002、解压、调用测试 (base) [root@pc1 Seqkit]# ls ## 安装包 seqkit_linux_amd64.tar.gz (base) [root@
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摘要：001、方法1 (base) [root@pc1 test1]# ls a.txt (base) [root@pc1 test1]# cat a.txt 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 keyword 16 17 18 19 20 21 22
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摘要：001、下载最新安装包 下载地址：https://github.com/alekseyzimin/masurca/releases 002、解压，进入安装目录 tar -xzvf MaSuRCA-4.1.0.tar.gz cd MaSuRCA-4.1.0/ 003、安装依赖 (base) [root
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摘要：001、问题 Can't locate Env.pm in @INC (@INC contains: /usr/local/lib64/perl5 /usr/local/share/perl 002、解决方法 (base) [root@pc1 MaSuRCA-4.1.0]# yum -y insta
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摘要：001、问题 002、解决方法 (base) [root@pc1 MaSuRCA-4.1.0]# yum -y install perl-devel 参考：https://www.likecs.com/ask-702675.html 。
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摘要：001、问题 002、解决方法 (base) [root@pc1 MaSuRCA-3.3.1]# yum -y install bzip2* 参考：https://blog.csdn.net/weixin_34381687/article/details/92282774
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摘要：001、问题 002、解决方法 (base) [root@pc1 MaSuRCA-3.3.1]# yum install zlib-devel -y 参考：http://blog.chinaunix.net/uid-20344928-id-5751083.html
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摘要：001、问题 002、解决方法 (base) [root@pc1 MaSuRCA-3.3.1]# yum -y install boost boost-devel (base) [root@pc1 MaSuRCA-3.3.1]# yum -y install gcc-c++.x86_64 gperf
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摘要：001、.condarc 存在于个人用户的家目录下, 在初次安装完conda并不会生成，在运行完conda config后才会生成 (base) [root@pc1 ~]# cd ~ ## 回到用户个人家目录 (base) [root@pc1 ~]# ls ## 列出文件 anaconda3 Des
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摘要：查看镜像、添加镜像、删除镜像 001、查看镜像源 a、 (base) [root@pc1 test1]# conda config --show channels ## 查看镜像源 channels: - defaults b、 (base) [root@pc1 ~]# conda config #
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摘要：001、列出环境 (base) [root@pc1 home]# conda env list ## 列出环境 # conda environments: # base * /root/anaconda3 (base) [root@pc1 home]# conda info --env ## 列出环
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摘要：001、问题：conda创建python环境遇到如下问题： Collecting package metadata (current_repodata.json): | DEBUG:urllib3.connectionpool:Starting new HTTPS connection (1): r
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摘要：建库过程PCA扩增过程中引入重复序列，会对变异检测结果产生影响，重复的DNA片段会比对到参考基因组的相同位置，根据这一特点来进行去重复。 001、gatk（picard标记重复） gatk MarkDuplicates -I sample01.sorted.bam -O sample01.sorte
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摘要：001、 01、bwa index x.fa： 对参考基因组构建索引，这其实是在为参考序列进行Burrows Wheeler变换（wiki: 块排序压缩），以便能够在序列比对的时候进行快速的搜索和定位。 02、samtools sort： 因为测序的reads是无序的，比对生成的sam/bam文件也
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摘要：001、 测序时，DNA片段被打断，但是打断的片段仍然很长。 二代测序的读长短，为了更多的获取同一个DNA片段上的信息，因此出现了从两端测序，尽可能多的捕获这个DNA片段的信息。 002、尽管两个read的长度之和为200bp，仍然无法将DNA片段测通，但是另外DNA片段起始点可能位于如下的DNA片
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摘要：001、 bwa mem -t 4 -k 32 -M -R "@RG\tID:name\tSM:name\tPL:illumina\tLB:name\tPU:name" reference.fna sm.clean.1.fastq.gz sm.clean.2.fastq.gz | samtools
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摘要：先安装git，官网：https://git-scm.com/ 001、打开git，生成本地密钥文件 ssh-keygen ## 然后全部回车 002、查看密钥文件，id_rsa.pub C:\Users\ljx\.ssh 003、上传至服务器，并追加至authorized_keys文件（是追加） (
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摘要：001、 [root@pc1 dir001]# ls test01 test02 ww.txt xx.map [root@pc1 dir001]# find -not -path "./test01/*" -name "*.txt" ./test02/mm.txt ./test02/dirxx/di
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摘要：001、 [root@pc1 dir001]# ls test01 test02 ww.txt xx.map [root@pc1 dir001]# tree . ├── test01 │ ├── cc.csv │ └── kk.txt ├── test02 │ ├── dirxx │ │ └── d
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摘要：001、-maxdepth 1 [root@pc1 dir001]# ls test01 test02 ww.txt xx.map [root@pc1 dir001]# find ./ -name "*.txt" ## 直接查找 ./test01/kk.txt ./test02/mm.txt ./t
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摘要：001、不限制 [root@pc1 dir001]# ls ## 测试目录文件 test01 test02 test03 [root@pc1 dir001]# tree . ├── test01 │ ├── cc.csv │ └── kk.txt ├── test02 │ ├── mm.txt │
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摘要：001、位置锚定（开头或者结尾）： ^: 表示锚定开头 $：表示锚定结尾 \<：表示匹配单词的开端 \>：表示匹配单词的结尾 \<word\>：表示匹配完整的单词 002、匹配次数1 .： 当个.表示匹配任意字符1次 ?: 表示匹配前一个字符0次或者1次 +：表示匹配前一个字符一次或者多次 *：表示
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摘要：001、 按照默认方式排序，并输出bam samtools sort -o output.bam input.bam 002、 按照read name方式排序，并输出bam amtools sort -n -o output.bam input.bam 。
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摘要：001、 ps -aux | grep "fastq-dump"
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摘要：001、 [root@pc1 test2]# ls test.sh [root@pc1 test2]# cat test.sh ## 测试程序 #!/bin/bash seq 10 > a.txt xxxxxx && echo 20 done ; rm a.txt [root@pc1 test2]#
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摘要：001、 [root@pc1 test2]# ls [root@pc1 test2]# str1="ab.cd_kk.mn_jjy" ## 测试字符串 [root@pc1 test2]# echo ${str1%%.*} ## 从左侧开始，删除.号右侧所有的内容 ab [root@pc1 test2
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摘要：001、测试文件（实现仅提取==1185== 和 其他不包含==数字==的行） [root@pc1 test2]# ls a.txt [root@pc1 test2]# cat a.txt ## 测试文件 ==1185== abcadoiafa ==1120== asvgaoj fajsdfja =
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摘要：[root@pc1 test2]# ls ##测试数据 a.txt b.csv c.ped test_dir [root@pc1 test2]# ls test_dir/ [root@pc1 test2]# find ./ -name "*.txt" -o -name "*.ped" -exec c
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摘要：001、 [root@pc1 test2]# ls [root@pc1 test2]# basename /home/test2/a.txt ## 仅仅获取文件 a.txt [root@pc1 test2]# dirname /home/test2/a.txt ## 仅仅获取路径 /home/tes
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摘要：001、下载 官网：http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic 下载0.39版本： 002、上传至linux 中，然后解压 [root@pc1 software]# ls ## 列出安装包 Trimmomatic-0.39.zip [root@pc1
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摘要：001、 删除最后一列 [root@pc1 test4]# ls a.txt [root@pc1 test4]# cat a.txt ## 测试文件 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25
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摘要：001、 方法1 [root@pc1 test2]# ls a.txt [root@pc1 test2]# cat a.txt ## 测试文件 /home/test2/a.txt [root@pc1 test2]# sed -r 's/(\/.*\/).*/\1/' a.txt ## 仅保留路径 /
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摘要：对目录进行粘滞位设置，实现用户只能删除自己的文件，而不能删除别人的文件。 文件能否被删除并不取决于自身的权限，而是看其所在目录是否有写入权限。 001、 [root@pc1 home]# ls liujiaxin01 liujiaxin02 [root@pc1 home]# whoami ## 当前
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摘要：setfacl（set file access control lists）设置文件访问控制列表。 文件的ACL（访问控制列表）提供的是在所有者、所属组、其他人的读、写、执行权限以外的特殊权限控制，使用setfacl命令可以针对 单一用户或用户组、单一文件或者目录来进行、读、写、执行的控制。 001
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摘要：001、频率 002、马甲 003、灯条 004、品牌 005、时序 006、颗粒 007、DDR1、DDR2、DDR3、DDR4 .
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摘要：001、conda基础环境 (base) [root@pc1 home]# python3 --version Python 3.11.4 (base) [root@pc1 home]# 002、退出conda base环境 (base) [root@pc1 home]# conda deactiv
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摘要：001、 [root@pc1 test1]# ls ## 三个测试文件 a.txt b.txt testfile [root@pc1 test1]# ll -h total 4.0K lrwxrwxrwx. 1 root root 20 Sep 16 12:03 a.txt -> /home/tes
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摘要：001、 [root@pc1 test1]# ls ## 测试文件 a.txt a.TXT c.csv c.tXt d.txt e.Txt f.csv k.map [root@pc1 test1]# find ./ -name "*.txt" ## 显示相对路径 ./a.txt ./d.txt [r
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摘要：001、 -iname选项 实现忽略大小写查找 [root@pc1 test1]# ls ## 测试文件 a.txt a.TXT c.csv c.tXt d.txt e.Txt f.csv k.map [root@pc1 test1]# find ./ -name "*.txt" ## 一般查找 .
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摘要：001、 针对普通用户 [liujiaxin01@pc1 ~]$ ls test01 [liujiaxin01@pc1 ~]$ pwd ## 普通用户家目录 /home/liujiaxin01 [liujiaxin01@pc1 ~]$ tree ## 重要文件所在目录 . └── test01 └─
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摘要：001、方法1 [root@pc1 test01]# ls a.txt b.txt [root@pc1 test01]# cat a.txt 1 2 3 4 5 6 [root@pc1 test01]# cat b.txt a b c d e f [root@pc1 test01]# paste -
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摘要：001、 提取两个文件中指定列相同的行 [root@pc1 test01]# ls file1 file2 [root@pc1 test01]# cat file1 a rs1 b rs2 c rs4 [root@pc1 test01]# cat file2 a 0.170721 -1.82031
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摘要：001、 awk [root@pc1 test02]# ls a.txt [root@pc1 test02]# cat a.txt a ii b kk a jj c yy b 77 e tt [root@pc1 test02]# awk '!ay[$1]++' a.txt a ii b kk c y
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摘要：001、 [root@pc1 test02]# ls a.txt [root@pc1 test02]# cat a.txt ## 测试文件 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 [root@pc1 test02]# c
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摘要：001、 [root@pc1 test02]# ls a.sh b.sh [root@pc1 test02]# cat a.sh ## 测试程序1 #!/bin/bash str1="ab_cd_ef" tmp1=$(echo $str1 | sed 's/_/\n/g') echo $tmp1 [
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摘要：001、 方法1 [root@pc1 test01]# ls a.txt test.sh [root@pc1 test01]# cat a.txt ## 测试数据， 依据最后一列展开为多行 chrY 2657879 2658063 CTCF 652 GM19239 chrY 2664424 2664
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摘要：001、 [root@pc1 test02]# ls a.txt [root@pc1 test02]# cat a.txt ## 测试数据 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 ## 获取数组的长度 [root@pc1 test02]# awk 'BEGIN{ay["a"] =
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摘要：001、方法1 [root@pc1 test03]# ls a.txt [root@pc1 test03]# cat a.txt ## 测试数据 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26
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摘要：001、 [root@pc1 test03]# ls a.txt [root@pc1 test03]# cat a.txt ## 测试数据 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27
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摘要：001、 [root@pc1 test01]# ls a.fa test.py [root@pc1 test01]# cat a.fa ## 测试文件 ATCC GGGC ATGG AAGC TTGG ATGC ATGG [root@pc1 test01]# cat test.py ## 转置程序
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摘要：001、 [root@pc1 test01]# ls a.fa test.py [root@pc1 test01]# cat a.fa ## 测试fasta文件 >Rosalind_1 ATCCAGCT >Rosalind_2 GGGCAACT >Rosalind_3 ATGGATCT >Rosal
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摘要：001、find >>> str1 = "xyabmnabkj" ## 测试字符串 >>> for i in enumerate(str1): ... print(i) ## 列出每个字符的索引 ... (0, 'x') (1, 'y') (2, 'a') (3, 'b') (4, 'm') (5,
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摘要：001、品牌 AMD（美国超威半导体，绰号：农企） INTEL（绰号：挤牙膏） 002、接口 LGA： 针脚在主板上（INTEL采用标准） PGA：针脚在CPU上（AMD采用标准） 003、针脚 775针； 1151针； 1200针； 1700针； 一般来讲，针脚越多，供电越强，性能越强。 004、
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摘要：001、区别1 usb2.0通常黑色或者白色； usb3.0通常为蓝色或者橙色 002、区别2 usb2.0通常4针脚； usb3.0通常9针脚 003、区别3 usb2.0速度慢； usb3.0速度快，且兼容usb2.0 004、区别4 usb2.0供电弱； usb3.0供电强。
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摘要：001、 [root@pc1 test01]# ls ## 测试文件 a.txt test01 test02 test03 [root@pc1 test01]# find ./ -type f -exec ls -l {} \; ## 列出文件大小 -rw-r--r--. 1 root root 2
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摘要：001、 [root@pc1 test01]# cat a.txt A:10 B:5 C:12 [root@pc1 test01]# cat b.txt 100 A 50 B 88 K 99 Y 42 C [root@pc1 test01]# awk '{if(NR == FNR) {ay[$1]
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摘要：001、 正确做法 [root@pc1 test01]# ls a.txt b.txt [root@pc1 test01]# cat a.txt A:10 B:5 C:12 [root@pc1 test01]# cat b.txt 100 A 50 B 42 C [root@pc1 test01]#
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摘要：001、 方法1 [root@pc1 test01]# ls a.txt b.txt [root@pc1 test01]# cat a.txt A:10 B:5 C:12 [root@pc1 test01]# cat b.txt 100 A 50 B 42 C [root@pc1 test01]#
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摘要：001、 -F 指定 [root@pc1 test01]# ls a.txt [root@pc1 test01]# cat a.txt a:b:c 3:8:k f:6:3 [root@pc1 test01]# awk -F ":" '{print $1}' a.txt a 3 f 002、-v FS
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摘要：001、去重复保持原来的顺序 [root@pc1 test01]# ls a.txt [root@pc1 test01]# cat a.txt ## 测试数据 1 2 5 5 3 3 7 7 4 [root@pc1 test01]# awk 'ay[$0]++' a.txt ## 输出重复项，且保持
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摘要：001、问题 [root@pc1 test01]# pip3 --version 002、解决方法 a、 [root@pc1 test01]# yum -y install epel-release b、 [root@pc1 test01]# yum install python3-pip -y 0
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摘要：001、 [root@pc1 test02]# ls a.txt test.sh [root@pc1 test02]# cat a.txt ## 测试序列 GATATATGCATATACTT [root@pc1 test02]# cat test.sh ## 计算程序 #!/bin/bash len
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摘要：001、 [root@pc1 test02]# ls a.txt test.sh [root@pc1 test02]# cat a.txt ## 测试数据 ATCCAGCT GGGCAACT ATGGATCT AAGCAACC TTGGAACT ATGCCATT ATGGCACT [root@pc1
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摘要：方法1 001、win + r，然后输入cmd 002、输入dxdiag，然后回车 003、结果 方法2 鲁大师 001、 打开鲁大师，点击硬件参数，然后内存 。
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摘要：方法1： 001、右击，点击属性 002、点击共计，然后点击优化 003、结果（一块固态、一块机械） 方法2：鲁大师 001、打开鲁大师，点击硬件参数，然后点击硬盘 002、 003、 。 方法3： 001、右击，点击管理 002、点击磁盘管理 003、右击，然后点击属性 004、结果 。
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摘要：001、右击此电脑，选择管理 002、点击磁盘管理 。
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摘要：001、初始状态 0001、以管理员什么运行 002、点击选项 003、点击加载项 004、点击转到 005、点击添加 006、 endnote安装位置示例：（C:\Program Files (x86)\EndNote X9\Product-Support\CWYW） 007、点击确定 008、最
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摘要：001、 >>> str1 = "2354365" >>> digit1 = [int(i) for i in str1] >>> digit1 [2, 3, 5, 4, 3, 6, 5]
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