摘要:
001、 阅读全文
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001、线性泛基因组 仅仅包含序列信息,源于不同个体的变异信息被丢失。 迭代组装、map-to-pan、个体de novo组装的泛基因组均是线性泛基因组。 002、图形泛基因组 图结构泛基因组是一个二维序列图谱,它以参考基因组为框架,以单个碱基作为图的节点,碱基间的前后关系作为图的边,存在序列差异的 阅读全文
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判定基因组为开放泛基因组和闭合泛基因组的依据: 根据泛基因组中核心基因组的比例,将泛基因组分为开放型和闭合型两种。 基于泛基因组大小随测序样本数目的变化趋势, 泛基因组可分为闭合型和开放型两类。 开放型泛基因组和闭合型泛基因组的根本区别在于增加样本数目后,泛基因组的大小是否会持续的增加。 001、 阅读全文
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001、基本概念 Tettelin 等 在2005 首次在细菌的研究中提出泛 基因组(pan-genome)的概念,指整个物种基因组序列的非冗余集合,其中包括存在于该物种几乎所有个体中的核心基因组(core genome)和仅在部分个体中存在的可变基因组(accessory/variable/dis 阅读全文
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001、基本分类 01、为什么核心基因不是100%? 核心基因从概念上讲是所有个体中都存在的基因,但是实际的测序过程中难以保证所有个体的每个DNA片段都有很好的测序质量, 为了避免这种少部分个体部分片段未测出,遗漏核心基因的统计和分类,使用一个比例范围更可取。 02、为什么要有cloud 这个分类? 阅读全文
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001、 https://www.bilibili.com/video/BV1fF411879A/?vd_source=9f2c87b6a7fd328f19dccf7b7b1f8c1a 阅读全文