07 2023 档案
摘要：001、使用conda安装bcftools， 调用报错如下： [root@PC1 ~]# conda install bcftools -c bioconda ## conda安装 [root@PC1 ~]# bcftools ## 调用测试 002、解决方法1 [root@PC1 ~]# cond
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摘要：Anaconda | A Faster Solver for Conda: Libmamba 01、 conda update -n base conda conda install -n base conda-libmamba-solver conda config --set solver li
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摘要：01、系统 [liujiaxin01@PC1 ~]$ cat /etc/redhat-release ## centos7.6发行版 CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) 002、问题 [liujiaxin01@PC1 bcftools-1.18]$ ./conf
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摘要：001、查找当前目录下的隐藏文件 [root@PC1 test01]# ls a.txt dir1 [root@PC1 test01]# ls -a . .. a.txt dir1 .x.txt [root@PC1 test01]# find ./ -maxdepth 1 -type f -name
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摘要：001、基础绘图 p <- ggplot(mtcars,aes(mpg,hp,colour=factor(cyl)))+geom_point() p ## 基础绘图 002、删除图例标题 p + theme(legend.title = element_blank()) ## 删除图例标题 003、
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摘要：001、 ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) + geom_point(aes(color = drv)) + coord_cartesian(xlim = c(5, 7), ylim = c(10, 30)) ## 设定x、y轴范围 002、 修改x轴范围 ggplot(mp
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摘要：001、 p <- ggplot(mpg, aes(x = drv)) + geom_bar() p ## 基础绘图 002、使用scale_x_discrete 选项修改离散标签名称 p + scale_x_discrete(labels = c("4" = " xxx ", "f" = " yy
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摘要：001、 dat <- data.frame(a <- 1:20, b <- 1:20) p <- ggplot(data = dat, aes(x = a, y = b)) + geom_point() p ## 基础绘图 002、修改x轴刻度位置 p +scale_x_continuous(br
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摘要：001、 dat <- data.frame(a = 1:5, b = 1:5) dat library(ggplot2) p <- ggplot(data = dat, aes(x = a, y = b)) + geom_point() ## 默认绘图 p 002、调整y轴刻度线标签的角度 p +
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摘要：001、 dat <- data.frame(a = 1:5, b = 1:5) dat library(ggplot2) p <- ggplot(data = dat, aes(x = a, y = b)) + geom_point() ## 默认边框， 绘制散点图 p 002、利用theme(p
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摘要：-h：使用易读性数字，比如 K, G单位。 001、 [root@PC1 test02]# ls a.txt [root@PC1 test02]# cat a.txt ## 测试数据 2G 3K 4K 1G [root@PC1 test02]# sort a.txt 1G 2G 3K 4K [roo
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摘要：sort：-g选项：按照通用数值排序，支持科学计数法 001、直接使用sort [root@PC1 test02]# ls a.txt [root@PC1 test02]# cat a.txt ## 测试数据 6.84017213908805e-10 6.27015779416403e-08 0.0
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摘要：001、 [root@PC1 test02]# ls a.txt index.txt [root@PC1 test02]# cat index.txt ## 索引文件 2 4 8 9 14 [root@PC1 test02]# cat a.txt ## 测试文件 001 002 003 004 00
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摘要：001、 [root@PC1 test04]# ls account adr [root@PC1 test04]# cat account ## 测试数据 张三|000001 李四|000002 [root@PC1 test04]# cat adr ## 测试数据 000001|10 000001|
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摘要：001、 [root@PC1 test02]# ls a.txt [root@PC1 test02]# cat a.txt ## 测试数据 a 5 a 6 a 8 b 1 b 2 b 3 b 8 c 2 c 7 ## 输出第一列中各标签对应值的平均值 [root@PC1 test02]# awk '
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摘要：001、 [root@PC1 test02]# ls a.txt [root@PC1 test02]# cat a.txt ## 测试数据 3 21971 22579 21 9 46 3 21976 22553 38 118 45 3 21972 22609 44 9 47 3 21987 2253
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摘要：001、 [root@PC1 test02]# ls a.txt [root@PC1 test02]# cat a.txt ## 测试数据 20 10 40 30 60 50 80 70 01 90 21 11 41 31 61 51 81 71 02 91 22 12 42 32 62 52 82
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摘要：linux中 mkpasswd命令用于生成密码。 001、问题bash: mkpasswd: command not found... [root@PC1 test02]# mkpasswd bash: mkpasswd: command not found... 002、解决方法 [root@PC
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摘要：001、 [root@PC1 test02]# ls a.txt [root@PC1 test02]# cat a.txt ## 测试数据 0102030405 0607080910 1112131415 [root@PC1 test02]# fold -w 2 a.txt ## 以两个字符为单位进
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摘要：001、-d表示删除 [root@PC1 test02]# ls a.txt [root@PC1 test02]# cat a.txt ## 测试数据 a f k jH f k E 3j s 8 8 34 a j F ej [root@PC1 test02]# cat a.txt | tr -d 0
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摘要：001、列 [root@PC1 test02]# ls a.txt [root@PC1 test02]# cat a.txt ## 测试数据 3 6 2 8 2 5 8 4 1 3 8 2 ## 统计每列数据之和 [root@PC1 test02]# awk '{for(i = 1; i <= NF
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摘要：001、问题 linux 终端 ctrl + c无法终止当前程序 002、解决方法 01、ctrl + z： 让程序后台运行 02、找到该进程 03、kill -9 该进程名称或者号码 参考：https://blog.csdn.net/m0_67401382/article/details/1264
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摘要：001、 library(ggplot2) p<-ggplot(mtcars,aes(mpg,hp,colour=factor(cyl)))+geom_point() p p+theme(axis.line.x=element_line(linetype=1,color="black",size=0
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摘要：001、$RANDOM； $RANDOM用于生成0—32767的随机数 [root@PC1 test05]# echo $RANDOM 21160 [root@PC1 test05]# echo $RANDOM 17006 [root@PC1 test05]# echo $RANDOM 3979 0
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摘要：001、 [root@PC1 test05]# ls result.txt [root@PC1 test05]# cat result.txt ## 测试数据 2 23669 23709 2 23517 23696 3 23515 23708 3 23556 23713 4 23476 23711
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摘要：01、系统 [root@PC1 home]# cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) 02、conda安装 [root@PC1 test]# conda install -c hcc aspera-cli -y 03、
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摘要：001、直接输出变量 [root@PC1 test03]# ls [root@PC1 test03]# num=100 ## 测试变量值 [root@PC1 test03]# printf $num ## 输出变量 100[root@PC1 test03]# 002、 [root@PC1 test0
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摘要：001、问题 [root@PC1 home]# bcftools bcftools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or d
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摘要：001、 [root@PC1 test02]# ls a.txt b.txt [root@PC1 test02]# cat a.txt ## 测试数据 1 2 3 4 5 6 [root@PC1 test02]# cat b.txt ## 测试数据 11 12 13 14 15 16 [root@P
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摘要：001、 [root@PC1 test02]# ls [root@PC1 test02]# seq 10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 [root@PC1 test02]# seq 10 | awk '{getline; print $0}' ## getline把两行当作一行处理，而且
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摘要：001、 continue [root@PC1 test01]# ls data [root@PC1 test01]# cat data ## 测试数据 1000 naughty 500 cc 400 zoer 100 [root@PC1 test01]# awk '{if(NR == 2) {ne
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摘要：001、系统 (base) [root@PC1 home]# cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) 002、安装R (base) [root@PC1 home]# yum -y install epel-releas
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摘要：001、检测8787端口 [root@PC1 test02]# firewall-cmd --query-port=8787/tcp ## 检测8787端口 no 002、开启8787端口 [root@PC1 test02]# firewall-cmd --permanent --zone=publ
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摘要：001、 [liujiaxin01@PC1 ~]$ conda config --show channels channels: - defaults 002、 [liujiaxin01@PC1 ~]$ conda config --show default_channels default_cha
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摘要：001、改变所有者 [root@PC1 liujiaxin01]# ls Anaconda3-2023.03-1-Linux-x86_64.sh [root@PC1 liujiaxin01]# ll total 881264 -rw-r--r--. 1 root root 902411137 Jul
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摘要：001、ifconfig [root@PC1 test03]# ifconfig | head ens33: flags=4163<UP,BROADCAST,RUNNING,MULTICAST> mtu 1500 inet 192.168.254.130 netmask 255.255.255.0
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摘要：001、系统信息 [root@PC1 software]# cat /etc/system-release CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) 002、当前gcc编译器版本 [root@PC1 software]# gcc --version gcc (GCC)
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摘要：01、系统信息 [root@PC1 ~]# cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) 02、测试python3 [root@PC1 ~]# python3 --version bash: python3: command
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摘要：001、问题configure: error: GMP is missing or unusable 002、解决方法： [root@PC1 gdb-13.2]# yum -y install gmp* 003、验证； [root@PC1 gdb-13.2]# make 。
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摘要：001、问题：configure: WARNING: expat is missing or unusable; some features may be unavailable. 002、解决方法 [root@PC1 gdb-13.2]# yum install expat-devel 003、验
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摘要：001、查看软链接 [root@PC1 software]# ls -l /lib64/libc.so.6 lrwxrwxrwx. 1 root root 12 Jul 17 17:22 /lib64/libc.so.6 -> libc-2.17.so 002、执行 /lib64/libc.so.6
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摘要：001、问题：checking whether to use .ctors/.dtors header and trailer... configure: error: missing __attribute__ ((constructor)) support?? [root@PC1 build]#
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摘要：001、 以glibc-2.31为例 [root@PC1 glibc-2.31]# pwd /home/software/glibc-2.31 [root@PC1 glibc-2.31]# cat INSTALL | grep -E "newer|later" | grep "*" ## 查看安装依
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摘要：001、系统 [root@PC1 software]# lsb_release -a LSB Version: :core-4.1-amd64:core-4.1-noarch:cxx-4.1-amd64:cxx-4.1-noarch:desktop-4.1-amd64:desktop-4.1-noa
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摘要：001、系统信息 [root@PC1 home]# lsb_release -a LSB Version: :core-4.1-amd64:core-4.1-noarch:cxx-4.1-amd64:cxx-4.1-noarch:desktop-4.1-amd64:desktop-4.1-noarc
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摘要：001、gcc 编译器在编译安装的时候报错：collect2: error: ld terminated with signal 9 [Killed] [root@PC1 build]# make -j4 ## 编译安装c编译器gcc-13.1.0，报错如下： 002、报错原因及解决方法 swap内
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摘要：002、make表示编译 批量执行编译文件makefile中的指令。 002、make -j4 -j（表示 job 的数目）参数可以对项目在进行并行编译。 make -j4，让make 最多允许 4 个编译命令同时执行，这样可以更有效的利用 CPU 资源。 由此看来，在多核 CPU 上，适当的进行并
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摘要：001、 ll 只能显示日期 [root@PC1 test01]# ls a.txt [root@PC1 test01]# ll ## ll命令显示日期 total 4 -rw-r--r--. 1 root root 21 Jul 17 16:51 a.txt 002、stat显示完整的日期 [ro
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摘要：001、官网下载： https://ftp.gnu.org/gnu/make/ 002、查看当前的make版本及系统版本 a、make版本 [root@PC1 ~]# make --version GNU Make 3.82 Built for x86_64-redhat-linux-gnu Cop
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摘要：001、问题 *** These critical programs are missing or too old: compiler 002、查看c编译器版本 [root@PC1 build]# gcc --version gcc (GCC) 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8
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摘要：001、问题 *** These critical programs are missing or too old: make compiler 002、查看当前的make版本 [root@PC1 build]# make --version 003、make官网：http://ftp.gnu.or
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摘要：glibc是GNU发布的libc库，即c运行库。glibc是linux系统中最底层的api，几乎其它任何运行库都会依赖于glibc。glibc除了封装linux操作系统所提供的系统服务外，它本身也提供了许多其它一些必要功能服务的实现。由于glibc囊括了几乎所有的 UNIX 通行的标准，可以想见其内
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摘要：001、 [root@PC1 test01]# ls [root@PC1 test01]# seq 5 > a.txt; seq 3 > b.txt ## 生成测试数据 [root@PC1 test01]# ls a.txt b.txt [root@PC1 test01]# md5sum b.txt
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摘要：001、 [root@PC1 test01]# ls ## 测试文件 a.txt.gz [root@PC1 test01]# gzip -dc a.txt.gz > a.txt ## 解压，同时保留源文件 [root@PC1 test01]# ls a.txt a.txt.gz [root@PC1
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摘要：001、 002、 003、 004、 005、 006、 007、 链接：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/ 。 nt为核酸数据库，nr为蛋白质数据库 008、使用命令行下载 a、 [root@PC1 test02]# wget -c http
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摘要：001、对数据库构建索引 [root@PC1 001_protein_database]# ls protein.faa ## 构建索引 [root@PC1 001_protein_database]# makeblastdb -in protein.faa -dbtype prot -title
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摘要：GCF： RefSeq GCA： GenBank 前者可能更可靠一些。
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摘要：uniprot数据库：https://www.uniprot.org/
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摘要：001、 if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("topGO", force = TRUE) library(topGO) 。
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摘要：001、进入ncbi官网 002、点击blast 0 003、点击download blast 004、点击如下链接： 005、点击下载linux 64位： 下载链接：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 006、
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摘要：001、设置长度 基础绘图： ggplot(data=mtcars, aes(x=mpg, y=disp, color=factor(cyl))) + geom_point() 绘图如下： 002、设置刻度标签的长度 library(ggplot2) ggplot(data=mtcars, aes(
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摘要：R语言中使用hist函数绘制直方图，参数为一个向量。 001、 dat <- c(rep(1, 10), rep(2, 5), rep(3, 6)) ## 参数为一个向量 dat hist(dat) ## 直接绘图 横坐标为区间， 纵坐标为落入该区间的频数 。 002、 break参数用于指定断点，
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摘要：001、幂函数（即e的多少次方） [root@PC1 test02]# ls a.txt [root@PC1 test02]# cat a.txt ## 测试数据 9 1 2 10 [root@PC1 test02]# awk '{print exp($1)}' a.txt ## 幂函数 8103.
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摘要：001、asort函数 [root@PC1 test01]# ls a.txt [root@PC1 test01]# cat a.txt ggg 666 aaa 125 ddd 123 kkk 777 bbb 128 fff 999 ccc 120 [root@PC1 test01]# awk '{
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摘要：001、 [root@PC1 test01]# ls test.txt [root@PC1 test01]# cat -A test.txt ## 存在特殊字符 M-cM-^@M-^@M-cM-^@M-^@ TomM-cM-^@M-^@M-cM-^@M-^@ 2012-12-11 car 53000
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摘要：001、 [root@PC1 test01]# ls a.txt [root@PC1 test01]# cat a.txt ## 测试数据 34gfjfgax gd;g3;54;66;77 sfdgfghcg ljhg9;875gf wr346dxzc mbkbczxdwa [root@PC1 te
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摘要：substr命令用于截取字符串 001、 [root@PC1 test01]# ls a.txt [root@PC1 test01]# cat a.txt ## 测试数据 34gfjfgax gdg3546677 sfdgfghcg ljhg9875gf wr346dxzc mbkbczxdwa [
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摘要：001、 awk数组实现 [root@PC1 test01]# ls a.txt [root@PC1 test01]# cat a.txt ## 测试数据 ERR219543 Africa ERR219546 kkkk ERR229467 qqqq ERR229468 qqqq ERR229471
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摘要：001、 setEPS() postscript("test001.eps") ## 输出为EPS矢量图格式 plot(1:100, main="just a test") dev.off() 。
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摘要：001、 而且用构成图像的像素是来描述数字图像的大小。由于构成数字图像的像素数量巨大，通常以K来表示。2的10次方即1024，因此： 图像的清晰度可以简单使用该图像上的像素数的多少来描述。 像素是构成图像的小方格，构成图像的基本单元，构成图像的小方格越小，密度越高，图像越细腻。 1K=2^10=10
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摘要：001、常规删除方法 [root@PC1 test02]# ls a.txt [root@PC1 test02]# cat a.txt ## 测试数据 ## str1 01 02 03 04 05 06 07 08 ## 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 ##
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摘要：001、awk实现 [root@PC1 test02]# ls a.txt [root@PC1 test02]# cat a.txt ## 测试数据 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25
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摘要：001、 [root@PC1 test02]# ls a.txt [root@PC1 test02]# cat a.txt ## 测试数据 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 [root@PC1 test02]# sed ':a; N; s/\n/ /; ta' a.txt
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摘要：ls -F 选项在输出项追加文件的类型标识符。 例如： 001、 [root@PC1 test02]# ls ## 测试文件 test test01.txt test02.txt test03.txt test04.txt xxx001.ped xxx003.ped test01.csv test0
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摘要：001、python程序报错如下： 002、报错原因（看着缩进是一样的，实际上是不一样的） 003、解决方法 将缩进统一调整为tab键， 对齐即可。 参考：https://blog.51cto.com/yunyaniu/4724938 。
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摘要：break是跳出循环exit是退出脚本。 看下面的例子。 001、break [root@PC1 test02]# cat test.txt ## 测试数据 3 4 5 6 7 [root@PC1 test02]# cat test.sh ## 测试程序 #!/bin/bash for i in $
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摘要：001、基础绘图 library(gcookbook) # For the data set p <- ggplot(heightweight, aes(x = ageYear, y = heightIn, colour = sex)) + geom_point() p ## 基础绘图 002、添加
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摘要：001、基础绘图 library(ggplot2) p <- ggplot(faithful, aes(x = eruptions, y = waiting)) + geom_point() ## 基础绘图 p 002、增加文本 p + annotate("text", x = 3, y = 48,
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摘要：001、基础绘图 library(ggplot2) p <- ggplot(data.frame())+geom_point()+xlim(0,10)+ylim(0,10) ## 基础绘图 p 002、增加文本 an1 <- p + annotate("text", x = 5, y = 5, la
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摘要：001、基础绘图 ggplot(data=mtcars, aes(x=mpg, y=disp, color=factor(cyl))) + geom_point() ## 基础绘图 002、annotete在任意位置增加注释 ggplot(data=mtcars, aes(x=mpg, y=disp
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摘要：001、 vec2 <- c(3, NA,6, 5, NA, NA, 8, 9, NA, 4, 7, 8) ## 测试向量 vec2 table(vec2) vec2 table(vec2, useNA="always") ## 统计NA， 增加参数 useNA="always" .
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摘要：001、 ctrl + shift + 3
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摘要：001、删除向量中的NA vec1 <- c(3, NA, 5, NA, NA, 8, 9, NA, 4, 7, 8) ## 测试向量 vec1 na.omit(vec1) ## 删除向量中NA值 002、删除数据框中包含NA的行 vec2 <- c(3, NA,6, 5, NA, NA, 8, 9
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摘要：001、 par(mfrow = c(2,2)) plot(1:10, main = 1111) plot(1:10, xlab = pi, main = 2222) plot(1:10, xlab = bquote(pi), main = 3333) ##借助bquote函数输出π plot(1:
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摘要：R 语言中bquote函数用于显示变量的值， 有点类似与shell中的$符号， 主要应用于绘图系统中坐标名称标签的显示。 001、 i = 100 ## 定义一个测试变量 bquote(i) ## 不能直接输出变量的值 bquote(.(i)) ## 需要借助.()的形式输出变量的值 002、应用于
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摘要：001、basename：去掉路径名，单独获取文件名 >>> import os.path >>> os.getcwd() '/home/test02' >>> os.listdir() ['a.txt', 'test_dir'] >>> os.path.basename("/home/test02
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摘要：001、 sed实现 [root@PC1 test02]# ls a.txt [root@PC1 test02]# cat a.txt ## 测试数据 01 02 05 06 x 09 10 44 66 33 77 13 14 17 18 k 21 22 88 99 25 26 21 22 x 25
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摘要：001、 [root@PC1 test03]# ls file.txt [root@PC1 test03]# cat file.txt ## 测试数据 match random text line 1 match match match random text line 2 match random
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摘要：001、 (base) [b20223040323@admin2 test]$ ls a.txt (base) [b20223040323@admin2 test]$ cat a.txt ## 测试数据 gene exon exon exon exon gene exon exon gene exo
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摘要：001、列出当前的工作路径 >>> import os ## 导入os模块 >>> os.getcwd() ## 列出当前的工作路径 '/home/test02' 02、改变工作路径 >>> os.getcwd() '/home/test02' >>> os.chdir("/home/test03"
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摘要：001、生成统计文件 [root@PC1 test01]# ls ## 测试bam文件 SRR21814498.sorted.bam [root@PC1 test01]# samtools flagstat SRR21814498.sorted.bam > stat.txt ## 生成统计文件 [r
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摘要：001、 [root@PC1 test02]# ls a.txt [root@PC1 test02]# cat a.txt ## 测试数据 ID=gene-ABCC1 a 6121 ID=gene-ABCC1 b 6121 ID=gene-JFEE3 j 876 ID=gene-ABCC5 c 57
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摘要：001、-s用于指定输出的间隔符 [root@PC1 test02]# seq 10 ## 默认输出分隔符为换行符 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 [root@PC1 test02]# seq -s " " 10 ## 指定空格为换行符 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 [root
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摘要：001、创建数组 [root@PC1 test02]# ay=(1 2 3 4) ## 生成数组 [root@PC1 test02]# echo ${ay[*]} ## 输出数组 1 2 3 4 [root@PC1 test02]# echo ${#ay[*]} ## 输出数组的长度 4 002、
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摘要：001、最大值和最小值 [root@PC1 test03]# ls a.txt [root@PC1 test03]# cat a.txt ## 测试数据 a 6 a 9 a 7 b 5 b 10 b 5 b 9 c 5 c 3 c 4 c 1 ## 根据第一列输出最大值 [root@PC1 test
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摘要：001、 [root@PC1 test03]# ls a.txt b.txt [root@PC1 test03]# cat a.txt ## 测试数据连续递增 1 2 3 4 5 6 [root@PC1 test03]# cat b.txt ## 测试数据，非连续递增 1 2 3 5 6 [root
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摘要：001、ls默认是按照文件名称顺序列出的 [root@PC1 test02]# ls ## 测试文件 a.txt b.txt c.txt [root@PC1 test02]# ls -l ## 默认按照文件名称顺序 total 125000 -rw-r--r--. 1 root root 15360
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摘要：001、文件对象read读入文件 >>> in_file = open("a.txt", "r") >>> in_file.read() ## 'abcd\nefgh\ni\n' 002、文件对象tell 返回指针再文件中的位置 >>> in_file = open("a.txt", "r") ##
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摘要：001、数据（山羊ARS1的gff文件） 脚本 如下： (base) [b20223040323@admin2 001_standard_gff_file]$ cat record.sh #!/bin/bin ## step1: eliminate the influence of pseudoge
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