06 2023 档案
摘要：001、 [root@PC1 test02]# ls a.txt [root@PC1 test02]# cat a.txt ## 测试数据 333 kkk gene 777 1 333 kkk exon 777 2 333 kkk exon 777 3 333 kkk gene 777 4 333
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摘要：以SRR1770413 为例： 001、测序的碱基数目 测序碱基数目为：387.2M。 002、参考基因组的大小 a、下载参考基因组，并统计基因组的大小 [root@PC1 test01]# ls GCF_000005845.2_ASM584v2_genomic.fna.gz [root@PC1 t
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摘要：以绵羊为例： 001、下载绵羊参考基因组 a、 b、 [root@PC1 test02]# wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/016/772/045/GCF_016772045.1_ARS-UI_Ramb_v2.0/GCF_01677
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摘要：001、输出fastq的ID [root@PC1 test02]# ls a.fastq test.py [root@PC1 test02]# cat a.fastq ## 测试fasq数据，一共两个reads @SRR8442980.988/2 AAGG + :FFF @SRR8442980.11
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摘要：001、 [root@PC1 test02]# ls test.fastq [root@PC1 test02]# cat test.fastq ## 测试fastq数据 @SRR8442980.988/2 AAGG + :FFF @SRR8442980.988/2 AAGGTC + :FFF:, @
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摘要：001、
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摘要：001、问题 cmake 报错 [root@PC1 build]# cmake .. 002、解决方法， 下载zlib并安装 官网：http://www.zlib.net/ a、下载 b、解压并安装 [root@PC1 software]# tar -xzvf zlib-1.2.13.tar.gz
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摘要：001、问题 CMake Error at /root/anaconda3/lib/cmake/Qt5Gui/Qt5GuiConfigExtras.cmake:9 (message): Failed to fi 002、 报错原因 centos中没有安装opengl依赖库 解决方法如下： [root
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摘要：001、问题 -- Checking for curses support - Failed 002、解决方法 [root@PC1 cmake-3.27.0-rc3]# yum -y install ncurses-devel 003、再次编译（解决curses报错） [root@PC1 cmake
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摘要：系统是centos7.6 001、问题 -- Could NOT find OpenSSL, try to set the path to OpenSSL root folder in the system vari 002、解决方法 [root@PC1 cmake-3.27.0-rc3]# yum
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摘要：可以分为两种情况： a、误删的文件正在被进程所使用 b、误删的文件没有被进程使用 001、 [root@PC1 test01]# ls [root@PC1 test01]# seq 5 > a.txt ## 创建测试文件 [root@PC1 test01]# ls a.txt [root@PC1 t
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摘要：001、 [root@PC1 test01]# ls a.txt c.txt x.txt [root@PC1 test01]# ls -l ## 测试数据 total 12 -rw-r--r--. 1 root root 6 Jun 22 23:00 a.txt -rw-r--r--. 1 root
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摘要：001、-s 将多个连续的字符压缩为一个字符 [root@PC1 test01]# ls a.txt [root@PC1 test01]# cat a.txt ## 测试数据 ddddfffabccccc lerrrrdddd [root@PC1 test01]# cat a.txt | tr -s
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摘要：001、 [root@PC1 test01]# ls a.txt [root@PC1 test01]# cat a.txt ## 测试数据 1 2 3 4 5 6 7 8 [root@PC1 test01]# cat a.txt | paste -s -d " " ## 转换为一行 1 2 3 4
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摘要：tee命令 ：同时标准输出 和 保存文件。 001、 [root@PC1 test01]# ls [root@PC1 test01]# seq 3 | tee a.txt ## 标准输出的同时，保存文件 1 2 3 [root@PC1 test01]# ls a.txt [root@PC1 test
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摘要：001、 利用cat命令给文件添加行号 [root@PC1 test01]# ls a.txt [root@PC1 test01]# cat a.txt ## 测试文件 a b c d 0 1 2 3 [root@PC1 test01]# cat -n a.txt ## -n 选项，给文件添加行号，
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摘要：001、cat > file [root@PC1 test01]# ls [root@PC1 test01]# cat > a.txt a b c d ## 利用键盘输出内容 0 1 2 3 ## 利用ctrl + D 进行终止 [root@PC1 test01]# ls a.txt [root@P
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摘要：echo： 字体颜色 和 背景颜色。 常见的字体颜色：重置=0，黑色=30，红色=31，绿色=32，黄色=33，蓝色=34，紫色=35，天蓝色=36，白色=37。 常见的背景颜色：重置=0，黑色=40，红色=41，绿色=42，黄色=43，蓝色=44，紫色=45，天蓝色=46，白色=47。 字体控制选
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摘要：001、输出字符串 [root@PC1 test01]# printf "abcd\n" abcd [root@PC1 test01]# printf "%s\n" "abcd" ## 输出字符串 abcd 002、指定宽度 [root@PC1 test01]# printf "%s\n" "abc
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摘要：001、测试 [root@PC1 test01]# printf "abcd\n" ## 输出abcd并换行 abcd [root@PC1 test01]# printf "ab!cd\n" ## 不能正常的输出感叹号 -bash: !cd\n": event not found [root@PC1
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摘要：linux 中echo命令用于各种形式的字符串输出。 转义字符 含义\b 删除前一个字符\n 换行\t 水平制表符（tab）\v 垂直制表符（tab）\c \c后面的字符将不会输出，输出完毕后也不会换行\r 光标移动到首行，换行\f 换行，光标停在原处\e 删除后一个字符\ 输出\\0nnn 输出八
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摘要：001、方法1 [root@PC1 test01]# echo 'abc!' ## 使用单引号 abc! 002、方法2 [root@PC1 test01]# echo "abc! " ## 双引号， 感叹后后面加空格 abc! 003、方法3 [root@PC1 test01]# echo abc
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摘要：001、问题 [liujiaxin01@PC1 ~]$ docker search omicsclass permission denied while trying to connect to the Docker daemon socket at unix:///var/run/docker.s
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摘要：001、查看当前用户所在的用户组 [root@PC1 test01]# whoami ## 当前用户 root [root@PC1 test01]# groups ## 当前用户所在的用户组 root 002、查看指定用户所属的用户组 [root@PC1 test01]# groups liujia
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摘要：001、查看当前的镜像加速地址 [root@PC1 test01]# docker info | tail 002、进入阿里云官网：https://www.aliyun.com/?spm=5176.8351553.top-nav.dlogo.47f41991k7oEMl 003、 004、点击产品
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摘要：001、利用conda创建py3.7环境，并进入pyt3.7环境 conda create -n busco-py3.7 python=3.7 conda activate busco-py3.7 002、利用conda安装busco conda install -c conda-forge -c
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摘要：001、下载安装包 官网：https://cmake.org/ 002、解压安装包 tar -xzvf cmake-3.27.0-rc2-linux-x86_64.tar.gz cd cmake-3.27.0-rc2-linux-x86_64/bin ls 003、测试命令及版本 (base) [r
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摘要：001、删除a、d列 a <- 1:6 b <- 11:16 c <- letters[1:6] d <- LETTERS[1:6] dat <- data.frame(a, b, c, d) dat dat[,!names(dat) %in% c("a","d")] ## 删除a、d列 002、
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摘要：001、问题 002、解决方法 [root@PC1 test4]# which samtools /root/anaconda3/bin/samtools [root@PC1 test4]# cd /root/anaconda3/lib [root@PC1 lib]# [root@PC1 lib]#
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摘要：001、 002、 003、 004、再次打开浏览器
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摘要：001、面向过程，如c、shell； 性能高， 代码可读性差。 002、面向对象：c++、java； 003、函数式编程。 面向过程编程： 以过程为中心，按照一定的顺序执行程序。 强调程序的执行顺序和控制流程。 程序的重点在于算法和数据的处理，使用全局变量和函数进行操作。 编写简单，可读性高，性能较
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摘要：EPEL (Extra Packages for Enterprise Linux) 是一个由 Fedora 社区志愿者维护的软件包仓库，为 Red Hat Enterprise Linux (RHEL)、CentOS 和 Scientific Linux 等企业级Linux发行版提供额外的软件包。
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摘要：001、git clone报错 002、解决方法 进入github官网，搜索该项目 003、上传至linux、解压 [root@PC1 test2]# unzip CNVcaller-master.zip
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摘要：001、在linux终端生成公钥 [root@PC1 test2]# ssh-keygen -t rsa ## 一直回车 002、查看公钥 [root@PC1 test2]# cat ~/.ssh/id_rsa.pub ssh-rsa AAAAB3NzaC1yc2EAAAADAQABAAABAQCv
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摘要：001、查看防火墙状态 [root@PC1 test05]# systemctl status firewalld.service 002、关闭防火墙 [root@PC1 test05]# systemctl stop firewalld.service ## 关闭防火墙 [root@PC1 tes
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摘要：001、 [root@PC1 test2]# cat record.sh #!/bin/bash while : do du -sh ./ sleep 2 ## 每隔2秒输出指定目录的大小 done
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摘要：001、当变量为空时，为变量赋值 [root@PC1 test2]# var bash: var: command not found... [root@PC1 test2]# echo $var [root@PC1 test2]# var=${var:-123456} ## 变量为空时，将变量的值
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摘要：001、关闭、开启回显功能 [root@PC1 test2]# seq 3 1 2 3 [root@PC1 test2]# stty -echo ## 关闭回显功能，关闭后在终端输入内容将不再显示 [root@PC1 test2]# 1 2 3， [root@PC1 test2]# [root@PC
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摘要：001、format >>> "{0} love {1}.{2}".format("I", "FishC", "com") ## 位置参数 'I love FishC.com' >>> "{a} love {b}.{c}".format(a = "I", b = "FishC", c = "com"
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摘要：001、 [root@PC1 test04]# ls a.txt test.py [root@PC1 test04]# cat a.txt ## 测试数据 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24
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摘要：001、 >>> a = [1, 2, 3] >>> b = [4, 5, 6] >>> c = [7, 8, 9, 10, 11] ## 测试列表 >>> list(zip(a,b)) [(1, 4), (2, 5), (3, 6)] >>> list(zip(a,c)) ## 返回列表元祖 [(
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摘要：001、 [root@PC1 test03]# a=100 [root@PC1 test03]# echo $a 100 [root@PC1 test03]# echo $a+500 100+500 [root@PC1 test03]# echo $[a+500] ## 中括号可以实现变量运算 60
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摘要：001、 >>> import re >>> str1 = "ab cd" >>> str1 ## 测试字符串 'ab cd' >>> re.sub(r"\s+", " ", str1) ## 将多个连续的空格压缩为空格 'ab cd' 002、 >>> str2 = "sdaaaaakyh" >>
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摘要：01、 002、解决方法 [root@PC1 test2]# conda install pandas
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摘要：001、 [root@PC1 test03]# ls a.txt [root@PC1 test03]# cat a.txt ## 测试数据 bookbookbookbook jjjj name=jack uuuuuuu 127.0.0.1 bookbook77 xxxxx.com eeebookbo
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摘要：001、删除文件的第一列 [root@PC1 test03]# ls a.txt [root@PC1 test03]# cat a.txt ## 测试数据 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 [root@PC1 te
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摘要：使用translate()方法进行字符串转换，通常需要先创建一个转换表。转换表可以使用Python内置的str.maketrans()方法创建，也可以手动创建一个字典来实现。 001、生成转换表 >>> table = str.maketrans("135", "QMT") ## 将1转换为Q，3转
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摘要：r选项的作用表示在文件中匹配B， 然后读入a.txt的内容， 添加到B的后面 001、 (base) [root@PC1 test2]# ls a.txt b.txt (base) [root@PC1 test2]# cat a.txt 1 2 3 4 5 (base) [root@PC1 test
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摘要：001、ctrl + shift + esc 打开任务管理器， 然后1, 2
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摘要：lower只对ASCII起作用。 casefold对更多的语言起作用。 001、 >>> str1 = 'ß' ## 测试字符串 >>> str1 'ß' >>> str1.lower() ## lower 'ß' >>> str1 'ß' >>> str1.casefold() ## casefo
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摘要：capitalize将首个字母转换为大写， 其余单词不处理。 title将所有单词的首字符转换为大写。 001、 >>> str1 = "ab cd ef" ## 测试字符串 >>> str1 'ab cd ef' >>> str1.capitalize() ## capitalize函数 'Ab
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摘要：001、 [root@PC1 test2]# cat a.fa ## 测试fasta文件 >chr1 aattccgggttgggcccyujjjttt ddeeeegghggii >chr2 8883dsfdkkkfftteeessskkk aaadddfffgggcccgggt33 ddggee
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摘要：001、 [root@PC1 test05]# ls a.txt test.py [root@PC1 test05]# cat a.txt ## 测试数据 3333 gene 9999 kkkk gene 7777 8888 gene gene 0000 6666 [root@PC1 test05]
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摘要：001、 >>> str1 = "ab" ## 测试字符串 >>> str1 'ab' >>> str1.ljust(10) ## 调整宽度为10， 左侧对齐， 默认用空格填充 'ab ' >>> str1.ljust(10, "+") ## 设置用+号填充 'ab++++++++' >>> str
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摘要：001、 >>> list1 = [111, 222, 333] >>> list1 [111, 222, 333] >>> list1 = [str(i) for i in list1] ## 将列表中数值转换为字符串 >>> list1 ['111', '222', '333']
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摘要：001、 [root@PC1 test04]# ls a.txt [root@PC1 test04]# cat a.txt ## 测试数据 3333 gene 9999 kkkk gene 7777 8888 gene gene 0000 6666 ## 输出匹配字符及其下一行 [root@PC1
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摘要：001、 [root@PC1 test04]# ls a.txt [root@PC1 test04]# cat a.txt ## 测试数据 3333 gene 9999 kkkk gene 7777 8888 gene 0000 6666 [root@PC1 test04]# sed -n '/ge
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摘要：001、 [root@PC1 test04]# ls a.txt [root@PC1 test04]# cat a.txt ## 测试数据 3333 gene 9999 kkkk gene 7777 8888 gene 0000 6666 [root@PC1 test04]# awk '$1 ==
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摘要：001、 [b20223040323@admin2 test]$ ls a.gff [b20223040323@admin2 test]$ cat a.gff region 1 pseudogene 2 transcript 3 exon 4 pseudogene 5 transcript 6 ex
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摘要：001、 >>> str1 = "abcdaaab" ## 测试字符串 >>> str1.count("a") ## 统计a出现的次数 4 >>> str1.count("b") 2 >>> str1.count("c") 1 >>> str1.count("a", 0, 4) ## 可以指定统计字
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摘要：001、全部转换为大写、或者全部转换为小写 >>> str1 = "abcDEFgh" >>> str1.lower() ### 小写 'abcdefgh' >>> str1.upper() ## 大写 'ABCDEFGH' >>> str1 'abcDEFgh' >>> str1.casefold
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摘要：conda create -n py27 python=2.7 conda activate py27 conda install -c conda-forge r-base=4.3.0 R if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.p
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摘要：001、 >>> list1 = ["aa", "bb", "cc", "dd", "ee", "ff", "gg"] ## 测试列表 >>> list1 ['aa', 'bb', 'cc', 'dd', 'ee', 'ff', 'gg'] >>> list1[2:] ## 从2开始，一直到最
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摘要：001、 [root@PC1 test03]# ls a.fa test.py [root@PC1 test03]# cat a.fa ## 测试fasta文件 ATCGATGC [root@PC1 test03]# cat test.py ## python程序 #!/usr/bin/env py
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摘要：001、 [root@PC1 test03]# ls a.fa [root@PC1 test03]# cat a.fa ## 测试序列 ATCGATGC [root@PC1 test03]# cat a.fa | tr "ATCG" "TAGC" ## 提取碱基序列的互补序列 TAGCTACG
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摘要：001、 >>> str1 = "ab_cd ef_gh ij_kl" ## 测试字符串 >>> str1.split(" ") ## 一句空格进行拆分 ['ab_cd', 'ef_gh', 'ij_kl'] >>> import re >>> re.split("[_| ]",str1) ## 同
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摘要：001、 >>> import sys >>> print(sys.version) 2.7.5 (default, Jun 28 2022, 15:30:04) [GCC 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-44)]
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摘要：001、 [root@PC1 test3]# ls a.txt [root@PC1 test3]# cat a.txt ## 测试数据 334 gene kkk yyy gene gene kkk gene gene mmmm [root@PC1 test3]# awk 'BEGIN{a="no"}
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摘要：001、 [root@PC1 test3]# ls a.txt [root@PC1 test3]# cat a.txt ## 测试数据 3 5 44 agf gene 45 87 gene dfg iu gene 887 777 [root@PC1 test3]# sed '1,/gene/{/ge
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摘要：001、 [root@PC1 test3]# ls a.txt b.txt [root@PC1 test3]# cat a.txt ## 测试数据 3 a 5 b b 4 7 [root@PC1 test3]# cat b.txt ## 测试数据 3 a 5 b 4 7 [root@PC1 test
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摘要：001、 [root@PC1 test3]# ls file1.txt file2.txt [root@PC1 test3]# cat file1.txt 1 John 2 Mary 3 Tom [root@PC1 test3]# cat file2.txt 1 M 2 F 4 M [root@PC
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摘要：001、输出匹配字符之后的若干行 a、 [root@PC1 test4]# ls a.txt [root@PC1 test4]# cat a.txt ## 测试数据 01 02 kk 03 04 05 06 07 kk 08 09 10 11 12 ## 输出匹配字符之后的3行 [root@PC1
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摘要：001、 [root@PC1 test3]# ls test.txt [root@PC1 test3]# cat test.txt ## 测试数据 jjjj kkk gene jjj dddd yyy iiii ppp ffff 999 gene ttt eeee mmm aaaa nnn [roo
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摘要：001、python报错 >>> dict1 = {"aa":300, "bb":500, "cc":400, "dd":700} >>> dict1 {'aa': 300, 'bb': 500, 'cc': 400, 'dd': 700} >>> dict1.keys() dict_keys(['
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摘要：001、python报错如下： >>> dict1 = {"aa":700, "bb":400, "cc":300, "dd":600} >>> dict1.values().index(300) Traceback (most recent call last): File "<stdin>",
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摘要：001、 >>> dict1 = {"aa":500, "bb":400, "cc":700, "dd":300} >>> dict1 {'aa': 500, 'cc': 700, 'dd': 300, 'bb': 400} >>> dict1.keys()[dict1.values().index
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摘要：001、 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 [root@PC1 test]# sed 's/ /tag/2'
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