05 2023 档案
摘要：两者都返回首次匹配字符串的索引，re.match函数只从头开始匹配， re.search函数不限制只从头开始匹配。 001、re.match函数 [root@PC1 test2]# python3 Python 3.10.9 (main, Mar 1 2023, 18:23:06) [GCC 11.
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摘要：001、判断文件是否存在 (base) [root@PC1 test4]# ls a.txt dir01 (base) [root@PC1 test4]# if [ -e a.txt ]; then echo "exist"; fi ## 判断文件是否存在 exist (base) [root@PC
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摘要：001、代码 dat <- c(3, 8, 2, 9, 4) k <- barplot(dat, axes = FALSE, ylim = c(-4, 10) ,names.arg = FALSE) axis(2, at = seq(0, 10, 2)) label <- paste0("label
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摘要：001、将所有的小写字母转换为大写 [root@PC1 test4]# ls a.txt [root@PC1 test4]# cat a.txt ## 测试数据 abd mnj uyr XDE THR QYE cvb Ddg gyi [root@PC1 test4]# sed 's/[a-z]/\U
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摘要：001、 [root@PC1 test3]# ls test1 test2 [root@PC1 test3]# tree ## 测试数据 . ├── test1 │ └── a.txt └── test2 └── b.txt 2 directories, 2 files [root@PC1 test
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摘要：001、 [root@PC1 test4]# ls a.txt [root@PC1 test4]# cat a.txt ## 测试数据 aa bb cc dd kk jj ee uu rr [root@PC1 test4]# sed -n l a.txt aa bb cc$ dd\tkk\tjj$
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摘要：001、 [root@PC1 test4]# ls a.txt [root@PC1 test4]# cat a.txt ## 测试数据 ee ff 88 fff aa ff uuk fff uuuu kkk yyy fff kkkk [root@PC1 test4]# awk '{print len
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摘要：001、匹配空格 [root@PC1 test4]# ls a.txt [root@PC1 test4]# cat a.txt ## 测试数据 1_aa bb 2_ccdd 3_ee ff 4_gg hh kk [root@PC1 test4]# sed -n l a.txt ## 显示出空格和制表
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摘要：001、计算纯合率 (base) [root@PC1 test]# ls outcome.bed outcome.fam outcome.map outcome.ped outcome.bim outcome.log outcome.nosex (base) [root@PC1 test]# (ba
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摘要：001、测试数据 (base) [root@PC1 test]# ls ## 测试数据， plink格式 outcome.map outcome.ped (base) [root@PC1 test]# cat outcome.map 1 snp1 0 55910 1 snp2 0 85204 1 s
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摘要：--max-missing 参数表示：最大的丢失率不超过 1-xxxx。 (base) [root@PC1 test]# ls outcome.map outcome.ped outcome.vcf (base) [root@PC1 test]# cat outcome.map 1 snp1 0 5
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摘要：aaaa、#和%表示的是匹配删除 001、 # 表示从左侧删除匹配的字符， 单个#号表示非贪婪匹配， 两个#号表示贪婪匹配 [root@PC1 test]# ls [root@PC1 test]# var=http://www.aaa.com/123.htm ## 测试字符串 [root@PC1 t
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摘要：001、 [root@PC1 test]# ls a.txt b.txt c.txt [root@PC1 test]# find *.txt a.txt b.txt c.txt [root@PC1 test]# find *.txt | awk '{print "mv", $0, $0".bak"}
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摘要：001、grep实现 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt ## 测试数据 234 fw3mh i86st sfg yzv e32kut zd7 utes eywq [root@PC1 test]# grep -o ".$" a.t
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摘要：001、 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt ## 测试数据 30 y 10 t 40 d 20 w ## 借助数组来实现 [root@PC1 test]# awk '{ay[NR] = $1; sum += $1} END {f
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摘要：001、系统 [root@PC1 software]# cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.9.2009 (Core) 002、安装依赖 [root@PC1 software]# yum install -y gcc libuuid-deve
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摘要：官网：https://mamba.readthedocs.io/en/latest/installation.html 001、系统 [root@PC1 ~]# cat /etc/system-release CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) 002、使用sh
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摘要：001、系统 [root@PC1 software]# cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) 002、下载安装包 [root@PC1 software]# wget https://github.com/conda-
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摘要：001、ES工程测试版(简称ES） 002、Genuine Intel(R) CPU 是：正式版（性能最好） 003、OEM：是CPU厂商专门为某个品牌生产并打上该品牌的字样的CPU
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摘要：001、uname -m [root@PC1 ~]# uname -m x86_64 002、arch [root@PC1 ~]# arch x86_64 003、lscpu [root@PC1 ~]# lscpu
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摘要：001、查看时区 [root@PC1 bin]# timedatectl status|grep 'Time zone' Time zone: Asia/Shanghai (CST, +0800) 002、查看当前时间 [root@PC1 bin]# date Mon May 22 01:15:22
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摘要：001、 CPU发展至今存在着很多种架构：比如x86架构、ARM架构、MIPS架构、PowerPC架构等。 它们可以分为两类，即复杂指令集计算机（CISC，Complex Instruction Set Computer）和精简指令集计算机（RISC，Reduced Instruction Set
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摘要：001、 X86: x86是指intel的开发的一种32位指令集, 官方文档里面称为“IA-32” 002、 AMD64: AMD抢跑了，比Intel率先制造出了商用的兼容x86的CPU，AMD称之为AMD64，同时兼容32位和64位。 003、 X86_64: intel不得不在时机落后的情况下也
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摘要：001、测试命令 [root@PC1 test]# bamba bash: bamba: command not found... 002、内核 [root@PC1 test]# uname -a Linux PC1 3.10.0-957.el7.x86_64 #1 SMP Thu Nov 8 23
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摘要：001、 [liujiaxin01@PC1 ~]$ docker image ls REPOSITORY TAG IMAGE ID CREATED SIZE 002、 [liujiaxin01@PC1 ~]$ docker search smoove 003、 [liujiaxin01@PC1 ~]
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摘要：001、普通用户操作docker遇到如下问题 permission denied while trying to connect to the Docker daemon socket at unix:///var/run/docker.sock: Get "http://%2Fvar%2Frun%
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摘要：001、系统内核 [root@PC1 test01]# uname -a Linux PC1 3.10.0-957.el7.x86_64 #1 SMP Thu Nov 8 23:39:32 UTC 2018 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux 002、删除旧版本的docke
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摘要：001、 [liujiaxin01@PC1 ~]$ docker search smcpp 002、pull [liujiaxin01@PC1 ~]$ docker run --rm -v $PWD:/mnt terhorst/smcpp:latest 003、列出镜像 [liujiaxin01@P
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摘要：一、编译安装 001、安装D语言编译器 https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/17416628.html 002、安装GNU Scientific library（是一个 C 写成的用于科学计算的库，有超过1000个函数） [root@PC1 softwar
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摘要：001、系统 [root@PC1 ~]# cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.9.2009 (Core) [root@PC1 ~]# 002、测试D语言编译器 [root@PC1 ~]# dmd bash: dmd: command not
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摘要：001、 [liujiaxin01@PC1 ~]$ docker image ls REPOSITORY TAG IMAGE ID CREATED SIZE ezlabgva/busco v5.4.7_cv1 a8c866d3a435 2 weeks ago 2.36GB brentp/smoove
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摘要：https://busco.ezlab.org/busco_userguide.html#conda-package 001、 conda install -c conda-forge -c bioconda busco=5.4.7
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摘要：001、系统 [root@PC1 software]# cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.9.2009 (Core) 002、python版本 [root@PC1 software]# python3 --version Python 3.
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摘要：001、列出所有环境 [root@PC1 software]# conda info -e # conda environments: # base * /root/anaconda3 busco-py3.7 /root/anaconda3/envs/busco-py3.7 002、进入指定环境 [
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摘要：001、进入该目录 root@utuntu01:~# cd /etc/netplan/ ## 进入该目录 root@utuntu01:/etc/netplan# ls 01-network-manager-all.yaml root@utuntu01:/etc/netplan# 002、备份配置文件
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摘要：001、 [root@PC1 test3]# ls a.txt [root@PC1 test3]# cat a.txt ## 测试文件 10 2 3 0 3 6 6 12 1 1 5 1 2 2 2 4 2 26 8 3 33 34 5 3 [root@PC1 test3]# python ## 启
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摘要：001、生成基因名称的列表 awk -F "\t" '$3 == "gene" && $NF ~ /gene=/ {print $NF}' chr1.gff | sed 's/\(.*\)\(gene=[^;]\+\)\(.*\)/\2/' | sort | uniq > gene.list 002
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摘要：001、 [root@PC1 test4]# ls a.txt [root@PC1 test4]# cat a.txt ## 测试数据 gbkey=mRNA;gene=ATP5O;model;evidence;Supporting [root@PC1 test4]# sed 's/\(.*\)\(g
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摘要：001、 [root@PC1 ~]# pip config list 002、 [root@PC1 ~]# cd ~ [root@PC1 ~]# ls -a . .bash_history .bashrc .cshrc Documents .ICEauthority Music Public .tc
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摘要：001、python版本 和 pip版本 a、python版本 [root@PC1 pip]# python --version Python 3.11.3 b、pip版本 [root@PC1 Python-3.11.3]# pip --version pip 23.1.2 from /usr/lo
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摘要：001、在利用python2.7环境下利用pip安装pyfaidx模块时报如下错误： ERROR: Command errored out with exit status 1: python setup.py egg_info Check the logs for full command out
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摘要：python2.7中安装pip命令 001、 [root@PC1 test]# pip bash: pip: command not found... 002、 [root@PC1 test]# cat /etc/redhat-release 003、 [root@PC1 software]# cu
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摘要：001 下载静态软件 wget https://github.com/shenwei356/seqkit/releases/download/v2.4.0/seqkit_linux_amd64.tar.gz 002、解压 tar -xzvf seqkit_linux_amd64.tar.gz 003
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摘要：2>&1 & 0：标准输入 1：标准输出 2：标准错误输出 command 2>&1 > file.txt：将标准输出输出到file中，标准错误输出输出屏幕 command > file.txt 2>&1： 将标准错误输出 输出到标准输出中。 command 2> error.txt 1> righ
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摘要：pscp属于putty软件下的命令。 001、从远端传输至本地 pscp root@192.168.254.130:/home/test/a.txt C:\Users\ljx\Desktop 002、从本地上传至远端 pscp C:\Users\ljx\Desktop\b.txt root@192.
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摘要：001、如果可行，最方便， 直接生成fastq格式数据 fastq-dump --split-files SRR1770413 002、 a、下载sra格式数据 prefetch SRR1770413 b、转换为fastq格式 fastq-dump --gzip --split-files SRR1
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摘要：001、 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt ## 测试数据 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28
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摘要：001、从头向前，最短删除 [root@PC1 test]# var=GCF_000001735.4_TAIR10.1_genomic.fna [root@PC1 test]# echo $var GCF_000001735.4_TAIR10.1_genomic.fna [root@PC1 test
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摘要：001、rename [root@PC1 test]# ls 1.csv 2.csv 3.csv a.txt b.txt c.txt [root@PC1 test]# rename ".txt" "" *.txt ## 删除.txt后缀 [root@PC1 test]# ls 1.csv 2.csv
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摘要：001、在远程服务器终端生成公钥和私钥 [root@PC1 ~]# ssh-keygen -t rsa ## 执行该命令 Generating public/private rsa key pair. Enter file in which to save the key (/root/.ssh/i
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摘要：001、型号 [root@PC1 test]# cat /proc/cpuinfo | grep name | cut -f 2 -d: | uniq -c 6 12th Gen Intel(R) Core(TM) i5-12500H 6： 总核心数 12th：12代处理器 Gen：genunie，
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摘要：001、总内存 [root@PC1 test]# free -h total used free shared buff/cache available Mem: 3.7G 830M 1.8G 38M 1.1G 2.5G Swap: 3.9G 0B 3.9G 002、总硬盘 [root@PC1 te
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摘要：001、 投递该任务 (base) [b20223040323@admin1 test]$ ls a.txt record.sh (base) [b20223040323@admin1 test]$ cat a.txt ## 循环配置文件 1 1000000000 2 500000000 (base
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摘要：001、双引号 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt 1 2 3 4 5 [root@PC1 test]# awk '{print $0, "\""}' a.txt ## 输出双引号 1 " 2 " 3 " 4 " 5 " 002、
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摘要：001、直接修改PATH环境变量 [root@PC1 plink]# ls ## 软件目录 LICENSE plink plink_linux_x86_64_20230116.zip prettify toy.map toy.ped [root@PC1 plink]# pwd ## 路径 /home
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摘要：ubuntu中默认进入目录后默认显示的路径是完整路径。 01，将其设置为最终的路径：basename (base) root@DESKTOP-IDT9S0E:~# cp ~/.bashrc ~/.bashrc.bak ## 避免意外，备份配置文件 (base) root@DESKTOP-IDT9S0
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摘要：export命令扩大了变量的作用范围。 001、 root@DESKTOP-IDT9S0E:/home/test# ls a.txt record.sh root@DESKTOP-IDT9S0E:/home/test# cat a.txt ## 测试文件 01 02 03 04 05 06 07 0
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摘要：001、 root@DESKTOP-IDT9S0E:/home/test# ls a.txt b.csv c.ped xx root@DESKTOP-IDT9S0E:/home/test# cat a.txt 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 root@DESKTOP-IDT9S0E:/ho
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摘要：001、限定匹配a3次 root@DESKTOP-IDT9S0E:/home/test# ls a.txt root@DESKTOP-IDT9S0E:/home/test# cat a.txt ## 测试数据 1 takkkkkk 2 taakkkkk 3 taaakkkk 4 33333333 5
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摘要：a、 正则表达式的类型 使用正则表达式最大的问题在于有不止一种类型的正则表达式。Linux 中的不同应用程序可能会用不同类型的正则表达式。这其中包括编程语言（Java、Perl 和 Python）、Linux 实用工具（比如 sed 编辑器、gawk 程序和 grep 工具）以及主流应用（比如 My
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摘要：001、大写转换为小写 root@DESKTOP-IDT9S0E:/home/test# ls a.txt root@DESKTOP-IDT9S0E:/home/test# cat a.txt ## 测试数据 AWF hhdd meh DGEE 345 efff rrt hhkk root@DESK
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摘要：001、 [root@PC1 test]# ls a.txt test.py [root@PC1 test]# cat a.txt ## 测试文件 1 abcd 2 abcd 3 abcd 4 abcd [root@PC1 test]# cat test.py ## 测试程序 in_file = o
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摘要：001、 >>> import re >>> tmp = re.match(r'^([^\s]+)\s(.*)', "ab cd") >>> tmp <re.Match object; span=(0, 5), match='ab cd'> >>> tmp.group(1) 'ab' >>> tmp
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摘要：001、re.match >>> re.match("ab", "abcdefgab") ## 在字符串abcdefgab中查找字符串ab， 返回索引 <re.Match object; span=(0, 2), match='ab'> >>> re.match("xy", "abcdefgab")
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摘要：001、 下载安装包 [root@PC1 hisat2]# wget https://github.com/DaehwanKimLab/hisat2/archive/refs/tags/v2.2.1.tar.gz 002、 tar -xavf v2.2.1.tar.gz ## 解压 cd hisat
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摘要：001、 -i [root@PC1 test]# ls [root@PC1 test]# touch a.txt a.csv [root@PC1 test]# ls a.csv a.txt [root@PC1 test]# find ./ -name "*.txt" | xargs -i cp {}
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摘要：001、不使用 -i选项 [root@PC1 test]# ls abva abvb abvc abvd dir1 dir2 dir3 dir4 dir5 [root@PC1 test]# ls | xargs mv {} {}.bak ## 不使用 -i选项 mv: cannot stat ‘{}
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摘要：001、 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt 33 ac kk dd adebc kk ad abc uy dd gg 88 [root@PC1 test]# grep -E "ab?c" a.txt ## "ab?c" 等价与
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摘要：001、 [root@PC1 test]# ls dir1 dir2 dir3 [root@PC1 test]# du -h ## 查看所有子目录占用磁盘的大小 100M ./dir1 300M ./dir2 30M ./dir3 430M .
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摘要：001、 root@ubuntu01:~# cat /etc/issue Ubuntu 22.04.2 LTS \n \l 002、 root@ubuntu01:~# lsb_release -a No LSB modules are available. Distributor ID: Ubunt
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摘要：001、系统 [root@PC1 ~]# hostnamectl Static hostname: PC1 Icon name: computer-vm Chassis: vm 🖴 Machine ID: 0701dfe1316f4cd6be6f958130674e6f Boot ID: 541d
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摘要：001、创建前 [root@PC1 hiblup]# ls hiblup hiblup_1.3.1_linux_x86_64_20230220.tar.gz hiblup.log [root@PC1 hiblup]# hiblup ## 测试hiblup命令 bash: hiblup: comman
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摘要：001、虚拟机开启报错 002、解决方法 a、 b、 c、 d、执行如下命令：bcdedit /set hypervisorlaunchtype off e、重启计算机
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摘要：source 命令会在当前 shell 中执行，而 bash 会创建一个新的 shell 会话。 001、 (base) root@DESKTOP-A31BQ38:/home/test2# ls test.sh (base) root@DESKTOP-A31BQ38:/home/test2# cat
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摘要：R语言中cor函数应用与数据框，生成以列为基本单位的两两变量之间的相关的矩阵。 01、测试： a <- c(1, 3, 5, 7, 9) b <- c(3, 8, 7, 12, 23) c <- c(12, 23, 54, 63, 89) d <- c(23, 45, 68, 87, 234) da
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摘要：ctrl + shift + 3
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摘要：001、 #Hmisc package_url="https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Hmisc/Hmisc_4.8-0.tar.gz" install.packages(package_url, repos = NULL, type = '
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摘要：001、 http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/
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