2022年12月2日
linux中awk命令从fasta中提取指定的scaffold
摘要： 001、 [root@pc1 test4]# ls test.fa [root@pc1 test4]# cat test.fa ## 测试fasta文件 >mmm 11111 >bbb 888888 7777 >kkk 6666666 99999 >qqq 0000 33333 [root@pc1 阅读全文
posted @ 2022-12-02 12:43 小鲨鱼2018 阅读(86) 评论(0) 推荐(0) 编辑
linux 中awk命令判断每一行是否匹配指定字符串
摘要： 001、 [root@pc1 test1]# ls a.txt [root@pc1 test1]# cat a.txt 3 5 3 aa 3 3 4 3 3 aa 8 8 8 [root@pc1 test1]# awk '{a=($0 ~ "aa"); print a}' a.txt ## 匹配成功 阅读全文
posted @ 2022-12-02 12:35 小鲨鱼2018 阅读(480) 评论(0) 推荐(0) 编辑
使用seqkit软件用fasta文件中提取指定的scaffold
摘要： 001、提取单条contig [root@pc1 test4]# ls test.fa [root@pc1 test4]# cat test.fa ## 测试fasta文件 >contig_1 ATAGAGACGACC >contig_2 ATAGGACNNAGACACGTTAGAT >contig 阅读全文
posted @ 2022-12-02 12:30 小鲨鱼2018 阅读(240) 评论(0) 推荐(0) 编辑
gatk中的 GenomicsDBImport 模块
摘要： 官网：https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/5358869876891-GenomicsDBImport 001、一般用法，变异检测库 gatk --java-options "-Xmx4g -Xms4g" GenomicsDBImpor 阅读全文
posted @ 2022-12-02 10:09 小鲨鱼2018 阅读(2026) 评论(0) 推荐(0) 编辑