12 2022 档案
摘要：001、-O选项， 指定输出的文件名 [root@PC1 test]# wget -O download.file https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos5/sra-pub-zq-11/SRR001/770/SRR1770413/SRR177
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摘要：今天测试了fastq-dump直接 根据SRA号无法下载。 只有下面一种方法测试成功。 001、 002、 003、 004、 005、 [root@PC1 test]# wget https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos5/sra-pub-z
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摘要：001、 [root@PC1 test]# ls SraRunInfo (2).csv [root@PC1 test]# mv SraRunInfo (2).csv new_name ## 复制文件名重命名报错 -bash: syntax error near unexpected token `(
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摘要：001、 [root@PC1 test]# ls ## 测试数据 SraRunInfo(1).csv SraRunInfo(2).csv SraRunInfo(3).csv SraRunInfo(4).csv SraRunInfo(5).csv SraRunInfo.csv [root@PC1 te
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摘要：001、 [root@PC1 test]# ls a b c d.txt x y.txt [root@PC1 test]# ll -h ## 测试数据，两个文件名中都有空格 total 8.0K -rw-r--r--. 1 root root 9 Dec 31 20:56 a b c d.txt -
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摘要：001、 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt ## 测试数据 a b c d x x k a d k k [root@PC1 test]# awk '{print gsub("k", "&")}' a.txt ## 统计每一行的k
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摘要：001、 [root@PC1 test]# ls [root@PC1 test]# touch test{1..12} ## 创建测试数据 [root@PC1 test]# ls test1 test10 test11 test12 test2 test3 test4 test5 test6 tes
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摘要：001、测试数据转换为vcf格式 [root@PC1 test]# ls test.map test.ped [root@PC1 test]# plink --file test --recode vcf-iid --out test 002、将vcf转为phylip格式文件 [root@PC1 t
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摘要：001、软件下载： 下载地址 [root@PC1 phylip]# wget https://evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.697.tar.gz [root@PC1 phylip]# ls phylip-3.697.tar.
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摘要：001、软件下载，github [root@PC1 phylip]# wget https://github.com/edgardomortiz/vcf2phylip/archive/refs/tags/v2.8.tar.gz [root@PC1 phylip]# ls v2.8.tar.gz [r
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摘要：001、软件下载 tassel官网 002、选择 003、上传至linux中 004、利用bash命令运行，根据提示一直选择默认或者确认 [root@PC1 tassel]# bash TASSEL_5_unix.sh 以上是安装路径。 005、进入安装的目录查看，出现如下界面说明安装成功
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摘要：001、选件下载： 下载地址 002、下载windows安装包 003、下载后双击打开 004、点击安装 005、点击完成 006、双击打开桌面快捷图标 007、点击此处，添加 008、输入IP、用户名、密码，然后点击保存并连接 009、登录成功 010、测试上传、下载文件，ssh协议支持 sz、r
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摘要：001、下载测试gff文件，以山羊的gff注释文件为例 [root@pc1 test]# wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/001/704/415/GCF_001704415.2_ARS1.2/GCF_001704415.2_ARS1
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摘要：001、查看当前系统可以调用的java版本 [liujiaxin01@PC1 ~]$ java -version openjdk version "11.0.17" 2022-10-18 LTS OpenJDK Runtime Environment (Red_Hat-11.0.17.0.8-2.e
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摘要：测试 使用plink v1.07 和 plink v1.9两个软件版本进行测试 001、将plink v1.07 的变量放在 plink v1.9之前， 观测系统调用的plink版本 [liujiaxin01@PC1 ~]$ echo $PATH ## 输出当前的PATH变量 /home/liuji
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摘要：001、 [root@PC1 test4]# ls a.txt coordinate.txt [root@PC1 test4]# cat a.txt ## 测试数据 dd ff sd 1 ss aa ee 2 xx vv zz 3 ss ww rr 4 aa ff jj 5 nn mm kk 6 s
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摘要：001、 [root@PC1 test]# ls coordinate.txt [root@PC1 test]# cat coordinate.txt ## 测试数据 3 MMM 5 GGG 8 QQQ [root@PC1 test]# awk '{if(NR == 1) {print $1 -1,
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摘要：001、 sed 实现 [root@PC1 test4]# ls a.txt coordinate.txt [root@PC1 test4]# cat a.txt ## 测试数据 dd ff sd 1 ss aa ee 2 xx vv zz 3 ss ww rr 4 aa ff jj 5 nn mm
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摘要：001、 [liujiaxin01@PC1 test]$ ls a.txt [liujiaxin01@PC1 test]$ cat a.txt ## 测试数据 ## xxx yy ## ddd ss ## kkk qqq ## mm nn 1 a A 7 2 b B 6 3 c C 5 4 d D
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摘要：001、 [liujiaxin01@PC1 test]$ ls a.txt [liujiaxin01@PC1 test]$ cat a.txt ## xxx yy ## ddd ss ## kkk qqq ## mm nn 1 a A 7 2 b B 6 3 c C 5 4 d D 4 [liuji
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摘要：001、 [liujiaxin01@PC1 test]$ ls a.txt [liujiaxin01@PC1 test]$ cat a.txt ## 测试数据 1 a A 7 2 b B 6 3 c C 5 4 d D 4 5 e E 3 6 f F 2 7 g G 1 [liujiaxin01@P
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摘要：001、 [liujiaxin01@PC1 test]$ ls a.txt b.txt [liujiaxin01@PC1 test]$ echo {a..e} ## 输出a-e的字母序列 a b c d e [liujiaxin01@PC1 test]$ echo {a..e} | tr " " "
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摘要：001、 [root@pc1 test]# ls [root@pc1 test]# var=mnopqrst ## 测试变量 [root@pc1 test]# echo $var ## 打印出该变量 mnopqrst [root@pc1 test]# echo ${var%qrst} ## 利用{}
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摘要：001、 [root@pc1 test3]# ls a.txt [root@pc1 test3]# cat a.txt ## 测试数据 a b c a b c a b c [root@pc1 test3]# sed '1,6 /a/d' a.txt ## 删除1-6行中，匹配a的行， 发现报错 se
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摘要：001、测试数据 [root@pc1 test2]# ls a.fa [root@pc1 test2]# cat a.fa ## 测试数据 >chr1 ddtttggggg eeeeee >chr2 iiiiirrrr sssssssss >chr3 uuuuueeeee qqqqqqqqq >ch
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摘要：一、卸载java1.8 001、查看系统 [root@pc1 home]# cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.9.2009 (Core) 002、查看当前的java版本 [root@pc1 home]# java -version open
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摘要：001、 [root@pc1 test1]# start=$(date +%s) ## 记录程序的开始时间 [root@pc1 test1]# echo $start 1671529118 [root@pc1 test1]# end=$(date +%s) ## 记录程序的结束时间 [root@pc
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摘要：001、查找在过去五分钟内修改过的文件 find ./ -mmin -5 002、查找在过去10分钟内修改过的文件 find ./ -mmin -10 003、查找在过去一天内修改过的文件 find ./ -mtime -1 004、查找在过去10天内修改过的文件 find ./ -mtime -1
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摘要：001、 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt ## 测试数据 7 yy 2 gg 4 mm 6 kk 5 mm 3 aa 9 xx 1 uu 8 oo [root@PC1 test]# cp a.txt a.txt_bak ##
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摘要：001、 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 [root@PC1 test]# head -n -3 a.txt ## 删除最后3行 1 2 3 4 5 6 7 002、 [root@PC
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摘要：001、cat + wc -l [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt ## 测试文件 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 [root@PC1 test]# cat a.txt | wc -l ## 输出文件的行数 10 002
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摘要：001、 [root@PC1 test]# ls [root@PC1 test]# mkdir test1 test2 ## 测试文件夹 [root@PC1 test]# echo "xxx" > test2/a.txt [root@PC1 test]# ls test1 test2 [root@P
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摘要：001、 -a 表示而且 [root@PC1 test]# a=5 [root@PC1 test]# b=10 [root@PC1 test]# if [ $a -gt 0 -a $b -gt 0 ]; then echo "yes"; fi ## -a表示逻辑而且，只有两边同时满足时才返回真 ye
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摘要：001、 [root@PC1 test]# a=10 [root@PC1 test]# echo $a 10 [root@PC1 test]# echo $b [root@PC1 test]# [ -z $a ] ## 如果变量没有被赋值，则返回真，否则返回假 [root@PC1 test]# ec
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摘要：001、 [root@PC1 test]# ls [root@PC1 test]# touch a.txt ## 测试文件 [root@PC1 test]# seq 6 > b.txt ## 测试文件 [root@PC1 test]# cat a.txt [root@PC1 test]# cat b
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摘要：001、 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt ## 测试数据 a bc k bc e bc bc bc 3 44 55 60 bc bc kk uu [root@PC1 test]# rev a.txt | sed 's/cb/Q
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摘要：001、 删除匹配字符之后的若干行 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt ## 测试数据 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 [root@PC1 test]# sed '/5/,+1{/5/b;d}' a.txt ## 删除匹
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摘要：001、 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt ## 测试数据 1 2 3 4 5 6 7 8 [root@PC1 test]# sed '/4/{n;d}' a.txt ## 删除匹配4的下一行 1 2 3 4 6 7 8 002
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摘要：001、 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt ## 测试数据 1 2 3 4 5 6 [root@PC1 test]# awk '{printf("%s ", $0)} END {printf"\n"}' a.txt 1 2 3
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摘要：001、 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt d t d e k c z c e e f t [root@PC1 test]# sed 's/d/9/g' a.txt ## 将d替换为9 9 t 9 e k c z c e e f
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摘要：001、 删除a.txt中每一列中=号后面的所有内容 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt ## 测试数据 AC=2 AF=1.00 AN=2 DP=131 AC=2 AF=1.00 AN=2 DP=152 AC=2 AF=1.00
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摘要：001、 [root@PC1 test]# start=`date +%s` ## 从 1970 年 1 月 1 日 00:00:00 UTC 到目前为止的秒数（时间戳） [root@PC1 test]# echo $start 1670412402 [root@PC1 test]# end=`da
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摘要：001、压缩保留源文件 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# gzip -c a.txt > a.txt.gz ## 压缩并保留源文件 [root@PC1 test]# ls a.txt a.txt.gz 002、解压缩保留源文件 [root@PC1
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摘要：001、通过比较MD5码 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt 1 2 5 3 4 6 7 [root@PC1 test]# sort -n a.txt | md5sum ## 排序并生成MD5码 77c58f04583c86f78
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摘要：001、 [root@pc1 test4]# ls test.fa [root@pc1 test4]# cat test.fa ## 测试fasta文件 >mmm 11111 >bbb 888888 7777 >kkk 6666666 99999 >qqq 0000 33333 [root@pc1
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摘要：001、 [root@pc1 test1]# ls a.txt [root@pc1 test1]# cat a.txt 3 5 3 aa 3 3 4 3 3 aa 8 8 8 [root@pc1 test1]# awk '{a=($0 ~ "aa"); print a}' a.txt ## 匹配成功
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摘要：001、提取单条contig [root@pc1 test4]# ls test.fa [root@pc1 test4]# cat test.fa ## 测试fasta文件 >contig_1 ATAGAGACGACC >contig_2 ATAGGACNNAGACACGTTAGAT >contig
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摘要：官网：https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/5358869876891-GenomicsDBImport 001、一般用法，变异检测库 gatk --java-options "-Xmx4g -Xms4g" GenomicsDBImpor
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摘要：001、以bp显示 [root@PC1 test]# ls a.map [root@PC1 test]# ls -l total 1228800 -rw-r--r--. 1 root root 1258291200 Dec 1 20:03 a.map 002、 以适当单位显示 [root@PC1 t
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摘要：001、 [root@PC1 test]# ls a.map a.ped a.txt b.ped b.txt [root@PC1 test]# ll -h total 1.4G -rw-r--r--. 1 root root 200M Dec 1 19:42 a.map -rw-r--r--. 1
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摘要：001、测试数据 [root@PC1 test]# ls ## 测试数据 seg1_1.vcf seg1_2.vcf seg1_3.vcf [root@PC1 test]# ll -h total 1.2G -rw-r--r--. 1 root root 392M Dec 1 18:14 seg1_
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摘要：001、系统 [root@PC1 gatk-4.1.9.0]# cat /etc/redhat-release AlmaLinux release 9.1 (Lime Lynx) 002、测试java命令 [root@PC1 test]# java bash: java: command not f
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摘要：第一个是 release版本，里面包含了源码，和Demo代码，比较大。后两个是源码，不含Demo。后面两个压缩方式格式不同，.zip格式用于windowstar.gz 格式多用于 Unix/linux MacOS 系统。 来源：https://zhidao.baidu.com/question/13
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摘要：001、问题：rar: /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.21' not found (required by rar) 002、问题原因（缺乏动态库文件） /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.
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摘要：001、 strings /usr/lib64/libstdc++.so.6 | grep GLIBC
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摘要：001、测试命令 [root@pc1 test3]# rar bash: rar: command not found... 002、查看系统 [root@pc1 test3]# ls [root@pc1 test3]# cat /etc/redhat-release CentOS Linux re
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