10 2022 档案
摘要：001、问题 [root@pc1 test4]# ls a.fa test.py [root@pc1 test4]# cat a.fa >chr1 aatt cc >chr2 ttgg ccttgg >chr3 TTCCGG cctt ccgg [root@pc1 test4]# cat test.
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摘要：001、方法1 >>> list1 = ["aaa", "bbb", "ccc"] >>> list2 = [100, 500, 300] >>> dict1 = dict(zip(list1, list2)) >>> dict1 {'aaa': 100, 'bbb': 500, 'ccc': 30
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摘要：001、 [root@pc1 test3]# ls a.txt [root@pc1 test3]# cat a.txt ## 测试数据 r d u y f s x v y [root@pc1 test3]# rev a.txt ## 实现按列反转 u d r s f y y v x
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摘要：001、每行输出为4个碱基 [root@pc1 test]# ls test.fa [root@pc1 test]# cat test.fa >chr1 aatt cctt >chr2 ttgg aacc >chr3 TTCCGG [root@pc1 test]# awk '{if($0 ~ /^>
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摘要：001、 [root@pc1 test]# cat a.txt 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 [root@pc1 test]# awk -v a=$(awk 'END{if(NR % 3 != 0) {printf("%d", NR / 3 + 1)} else {print NR /
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摘要：001、 [root@pc1 test]# ls a.txt [root@pc1 test]# cat a.txt ## 测试数据 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ## 转换为两列数据 [root@pc1 test]# cat a.txt | paste -s -d " " | awk '
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摘要：001、paste -s 实现 [root@pc1 test]# ls a.txt [root@pc1 test]# cat a.txt 1 2 3 4 5 [root@pc1 test]# paste -s a.txt ## paste 将一列数据转换为一行数据 1 2 3 4 5 [root@p
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摘要：001、 gatk CombineGVCFs -R GCF_000001735.4_TAIR10.1_genomic.fna --variant SRR21814498.g.vcf --variant SRR21814509.g.vcf --variant SRR21814514.g.vcf -O
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摘要：001、 [root@pc1 test]# ls a.txt [root@pc1 test]# cat a.txt ## 测试数据 1 2 3 4 5 6 [root@pc1 test]# sed '3a xx' a.txt ## 在第3行后面插入内容 1 2 3 xx 4 5 6
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摘要：001、 [root@pc1 test]# ls a.txt test.py [root@pc1 test]# cat a.txt 1 2 3 4 5 [root@pc1 test]# cat test.py #!/usr/bin/python in_file = open("a.txt", "r"
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摘要：001、 >>> list1 ## 测试列表 [1, 2, 3, 4, 5] >>> list1.insert(-1,"xxx") ## 在列表最后以为之前插入数据 >>> list1 [1, 2, 3, 4, 'xxx', 5] >>> list1.insert(-2,"kkk") ## 在列表最
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摘要：001、 [root@pc1 test]# ls a.txt b.txt c.txt [root@pc1 test]# ll -h ## 测试文件 total 4.0K -rw-r--r--. 1 root root 0 Oct 28 16:36 a.txt -rw-r--r--. 1 root r
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摘要：001、 [root@pc1 test]# ls a.txt A.TXT b.txt B.TXT [root@pc1 test]# find ./ -name "a.txt" ## 查找a.txt ./a.txt [root@pc1 test]# ls a.txt A.TXT b.txt B.TXT
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摘要：001、 [root@pc1 test]# ls a.txt b.txt c.txt d.txt e.txt m.map n.map x.csv y.csv [root@pc1 test]# find ./ -name "*.map" ## 查找当前目录中所有的map文件 ./m.map ./n.m
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摘要：001、 [root@pc1 test]# ls ## 测试文件 a.txt b.txt c.txt d.txt e.txt [root@pc1 test]# ll -h total 250M -rw-r--r--. 1 root root 100M Oct 28 16:06 a.txt -rw-r
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摘要：001、 [root@pc1 test]# cat a.fa >chr1 aatt cc >chr2 ttgg ccgg >chr3 aa [root@pc1 test]# cat test.py #!/usr/bin/python in_file = open("a.fa", "r") dict1
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摘要：001、 [root@pc1 test]# ls a.fa [root@pc1 test]# cat a.fa ## 测试fasta文件 >chr1 aatt cc >chr2 ttgg ccgg >chr3 aa [root@pc1 test]# awk '{if($0 ~ /^>/) {prin
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摘要：001、统计字符数（包括空格和换行符） [root@pc1 test]# ls a.txt [root@pc1 test]# cat a.txt ## 测试文件 ad t d [root@pc1 test]# wc -c a.txt ## wc -c命令统计字符数，包含换行符和空格 7 a.txt
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摘要：001、 [b20223040323@admin1 test2]$ ls test.sh [b20223040323@admin1 test2]$ cat test.sh ## 测试脚本 #!/bin/bash a="abc" b="abc" if [ $a == $b ] then echo "i
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摘要：001、 [root@pc1 test2]# ls a.txt [root@pc1 test2]# cat a.txt ## 测试数据 j d e w e th d e s d g e t f g w e t [root@pc1 test2]# sed 's/e.*e//' a.txt ## 删除e
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摘要：001、 [root@pc1 test]# ls a.csv a.txt b.csv b.txt c.csv [root@pc1 test]# ll -h ## 测试文件 total 430M -rw-r--r--. 1 root root 20M Oct 26 18:02 a.csv -rw-r-
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摘要：001、 [root@pc1 test]# ls test.txt [root@pc1 test]# cat test.txt 1 2 3 4 5 [root@pc1 test]# sed "$d" test.txt 1 2 3 4 5 [root@pc1 test]# sed '$d' test.
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摘要：001、 [root@localhost test3]# ls a34 a45 b34 b54 c23 c34 dirab [root@localhost test3]# tree . ├── a34 ├── a45 ├── b34 ├── b54 ├── c23 ├── c34 └── dirab
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摘要：001、问题 AttributeError: module 'importlib._bootstrap_external' has no attribute '_w_long' 002、原因 pip版本和对应的python调用不是同一个版本 003、解决方法 查找环境变量， 将pip命令和pytho
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摘要：001、问题 ModuleNotFoundError: No module named '_sqlite3' 002、问题原因’ 安装python的时候没有找到sqlite3.so的库。 003、解决方法 yum install sqlite* 004、然后重新编译python3 ./configu
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摘要：001、问题 002、问题原因 原因为升级python后新建了软连接指向了新版本，除非同时升级yum不然无法使用。需要手动更改报错文件指向python2后即可解决。 003、解决方法 找出python2.7的路径 whereis python 编辑报错的配置文件，vim /usr/libexec/u
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摘要：001、问题 except KeyboardInterrupt, e: 002、问题原因 2.原因：yum需要用python2编译，如果服务器安装的是python3并作为默认编译器的话，就会出现这个错误。 003、解决方法 找到python2的路径： whereis python 004、修改yum
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摘要：001、问题 ModuleNotFoundError: No module named 'pandas' 002、解决方法 pip install pandas -i http://pypi.douban.com/simple/ --trusted-host pypi.douban.com 003、
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摘要：001、问题 [root@localhost test]# /home/software/Python-3.7.9/python Python 3.7.9 (default, Oct 21 2022, 23:48:07) [GCC 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-44)]
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摘要：001、问题 [root@localhost Python-3.7.9]# python --version Python 3.7.9 [root@localhost Python-3.7.9]# pip Traceback (most recent call last): File "/bin/p
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摘要：001、 tar -xJvf Python-3.7.9.tar.xz
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摘要：001、问题 bash: pip: command not found... 002、python版本 [root@localhost pool]# python --version Python 2.7.5 003、解决方法 wget https://bootstrap.pypa.io/pip/2
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摘要：方法1、编译安装 001、系统 [liujiaxin01@localhost software]$ cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) 002、下载bamtools软件安装包 wget https://github
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摘要：001、grep -v实现 [liujiaxin01@pc1 test]$ ls a.txt [liujiaxin01@pc1 test]$ cat a.txt ## 测试数据 r t d d g k z c k e w a d j k q f i [liujiaxin01@pc1 test]$ g
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摘要：001、 方法1 grep -v [liujiaxin01@pc1 test]$ ls a.txt [liujiaxin01@pc1 test]$ cat a.txt ## 测试数据 r t d d g k z c g e w a d j e q f i [liujiaxin01@pc1 test]
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摘要：001、下载： wget http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.39.zip 002、解压 unzip Trimmomatic-0.39.zip 003、直接调用 java -jar
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摘要：001、查看防火墙状态 systemctl status firewalld 002、关闭防火墙 systemctl stop firewalld 003、查看关闭防火墙状态 systemctl status firewalld 004、启动防火墙并查看状态 systemctl start fire
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摘要：001、ls + sed实现 [root@pc1 data]# ls ## 测试文件、目录 a.txt test01 test02 [root@pc1 data]# ls | sed "s#^#$(pwd)/#" ## ls + sed实现 /home/data/a.txt /home/data/t
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摘要：001、echo + xargs + cp实现 [root@pc1 data]# ls ## 测试目录及文件a.txt为测试文件， test01~04为测试目录，均为空目录 a.txt test01 test02 test03 test04 [root@pc1 data]# tree ## 利用tr
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摘要：001、问题 configure: error: htscodecs submodule files not present. 002、指定官方下载，然后安装即可 wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.16/htsli
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摘要：001、 yum install libzip libzip-devel
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摘要：001、 (base) [root@pc1 build]# cat /etc/redhat-release ## 系统 CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) (base) [root@pc1 build]# cmake --version ## 当前cmake版本
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摘要：001、 [root@pc1 test3]# ls test.txt [root@pc1 test3]# cat test.txt ## 测试数据 addg ad adfgg d dfg [root@pc1 test3]# awk '{print length}' test.txt 4 2 5 1
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摘要：001、系统 (base) [root@pc1 ~]# cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) 002、安装必须环境模块 yum install -y tar bzip2 make gcc gcc-c++ libstd
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摘要：001、 [root@pc1 test]# ls E_coli_K12.sorted.markdup.bam ## 测试bam文件 [root@pc1 test]# samtools quickcheck E_coli_K12.sorted.markdup.bam ## 使用samtools qui
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摘要：001、 conda config --set auto_activate_base false
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摘要：001、问题 002、解决方法，将git改为https
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摘要：使用yum安装 001、查看安装包 [root@localhost test]# cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.9.2009 (Core) 002、查看java8安装包 [root@localhost test]# yum list j
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摘要：001、问题 configure: error: HTSlib development files not found 002、解决方法，安装htslib wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.16/htslib-1.
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摘要：001、问题 configure: error: htscodecs submodule files not present. 002、解决方法， 从官方从新下载:https://www.htslib.org/download/ 重新下载，解压，编译可以解决上面的问题。
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摘要：001、问题 utils.c:33:18: fatal error: zlib.h: No such file or directory 002、解决方法 yum install zlib-devel 参考：https://www.cnblogs.com/ltaodream/p/16089098.h
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摘要：001、 cpanm GD::Graph::histogram
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摘要：001、 cpanm GD::Graph
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摘要：001、 cpanm --mirror https://mirrors.163.com/cpan --prompt -l /usr/share/perl5 GD 参考：https://blog.csdn.net/weixin_44998474/article/details/117849543
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摘要：001、问题： Package gdlib was not found in the pkg-config search path. 002、解决方法 wget https://github.com/libgd/libgd/releases/download/gd-2.2.5/libgd-2.2.5
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摘要：001、问题 Can't locate Statistics/Descriptive.pm in @INC (@INC contains: /usr/local/lib64/perl5 /u 002、解决方法： perldoc -lm Statistics::Descriptive 003、 cpa
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摘要：https://www.kernel.org/pub/software/scm/git
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摘要：set -e选项保证程序的每一步都执行正确，如果前面一部程序执行错误，则直接退出程序 001、 不加 set -e的情况 (base) [root@PC1 test2]# ls test.sh (base) [root@PC1 test2]# cat test.sh #!/bin/bash xxxx
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摘要：http://www.cpan.org/modules/INSTALL.html
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摘要：001、问题 Can't exec "mysql_config": No such file or directory at Makefile.PL line 89. 002、解决方法 (base) [root@PC1 DBD-mysql-4.050]# yum install mariadb-de
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摘要：001、包的下载地址： https://blog.csdn.net/qq_38496750/article/details/116495396 002、包的安装方法： http://t.zoukankan.com/modaidai-p-6690425.html 003、http://www.cpan
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摘要：https://blog.csdn.net/m0_59196543/article/details/124749175 https://blog.csdn.net/m0_59196543/article/details/124749175
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摘要：001、列出利用conda安装的软件列表 conda list 002、利用conda删除安装的软件 conda remove xxx软件名 参考：https://blog.csdn.net/qq_50637636/article/details/119997651
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摘要：https://blog.csdn.net/qq_40605511/article/details/122590227 https://blog.csdn.net/qq_40605511/article/details/122590227
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摘要：001、问题 utils.c:33:18: fatal error: zlib.h: No such file or directory 002、解决方法 yum install zlib-devel zlib 再次编译即可。 参考：https://www.cnblogs.com/ltaodream
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摘要：001、系统 [root@localhost home]# cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.9.2009 (Core) 方法1 conda安装 01、创建python环境 [root@localhost home]# conda crea
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摘要：001、问题 src/delly.h:8:42: fatal error: boost/graph/adjacency_list.hpp: No such file or directory 002、解决方法 (py37) [root@localhost delly-1.1.5]# yum inst
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摘要：001、系统 [root@localhost ~]# cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.9.2009 (Core) 002、创建python2.7环境 [root@localhost ~]# conda create -n py27 pyt
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摘要：001、利用conda创建py2.7环境 conda create -n py27 python=2.7 ## 创建py2.7环境 002、进入python2.7环境 conda activate py27 003、利用conda安装lumpy软件 conda install -c bioconda
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