2022年8月10日
使用python根据SNP变异检测vcf文件中的碱基突变信息并替换参考基因组中相应位置的单碱基
摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.fasta b.vcf test.py (base) root@PC1:/home/test2# cat a.fasta ## 测试fasta文件 >NC_000964.3 Bacillus subtilis subsp. 阅读全文
posted @ 2022-08-10 22:57 小鲨鱼2018 阅读(436) 评论(0) 推荐(0) 编辑
linux 中shell脚本统计fasta文件每一个scafflod的碱基总数目
摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.fasta (base) root@PC1:/home/test2# cat a.fasta ## 测试fasta文件 >scaffold_1 CCCGGGTAAAACGGGTCTTCAAGAAAACGCTCCTCCGTT 阅读全文
posted @ 2022-08-10 01:24 小鲨鱼2018 阅读(165) 评论(0) 推荐(0) 编辑
linux 中shell将fasta文件的每一个scafflod的所有碱基整合为一行
摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.fasta (base) root@PC1:/home/test2# cat a.fasta ## 测试fasta文件 >scaffold_1 CCCGGGTAAAACGGGTCTTCAAGAAAACGCTCCTCCGTT 阅读全文
posted @ 2022-08-10 01:21 小鲨鱼2018 阅读(242) 评论(0) 推荐(0) 编辑
linux 中 shell 将fasta文件依据scafold 拆分为单独的文件
摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.fasta (base) root@PC1:/home/test2# sed '$a tag_tag' a.fasta -i ## 在fasta末尾添加一个标记tag_tag (base) root@PC1:/home/t 阅读全文
posted @ 2022-08-10 01:05 小鲨鱼2018 阅读(76) 评论(0) 推荐(0) 编辑
python 中 根据基因位置信息在基因组fasta文件中获取对应的基因序列
摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.fasta list.txt test.py (base) root@PC1:/home/test2# head a.fasta ## 基因组fasta文件 >NC_000964.3 Bacillus subtilis s 阅读全文
posted @ 2022-08-10 00:13 小鲨鱼2018 阅读(706) 评论(0) 推荐(0) 编辑