摘要: 001、plink --het (纯合度近交系数) root@PC1:/home/test# ls outcome.map outcome.ped root@PC1:/home/test# plink --file outcome --het 1> /dev/null root@PC1:/home/ 阅读全文
posted @ 2022-07-29 23:49 小鲨鱼2018 阅读(1116) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 001、plink + sommer实现 root@PC1:/home/test# ls outcome.map outcome.ped root@PC1:/home/test# plink --file outcome --recode A 1> /dev/null ## 将A\T\C\G转换为0 阅读全文
posted @ 2022-07-29 21:30 小鲨鱼2018 阅读(385) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 001、 dir() dat <- fread("mdp_genotype_test.hmp.txt", header = F, data.table = F) ## 读入文件 genotype <- t(dat[,12:ncol(dat)])[,-1] genotype <- apply(geno 阅读全文
posted @ 2022-07-29 18:03 小鲨鱼2018 阅读(363) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 001、 r1 <- c("CC","CC","GG","TT") r2 <- c("GG","GG","GC","TT") r3 <- c("CC","GG","GG","TT") dat <- data.frame(r1, r2, r3) ## 测试数据框 dat gsub(pattern = 阅读全文
posted @ 2022-07-29 17:26 小鲨鱼2018 阅读(384) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 001、测试数据 root@PC1:/home/test# ls mdp_genotype_test.hmp.txt record.sh root@PC1:/home/test# head -n 5 mdp_genotype_test.hmp.txt | cut -f 1-13 ## 测试数据 rs 阅读全文
posted @ 2022-07-29 00:39 小鲨鱼2018 阅读(260) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 001、\S:大写S root@PC1:/home/test2# ls a.txt root@PC1:/home/test2# cat a.txt 33-16 CC CC GG TT GG TT GG TT CC 38-11 CC GG GG TT GG TT CC TT CC 4226 CC CC 阅读全文
posted @ 2022-07-29 00:09 小鲨鱼2018 阅读(172) 评论(0) 推荐(0) 编辑