2022年7月14日
plink 软件中 --assoc （或 --linear）对数量性状进行关联分析中T检验，由T值计算p值验证
摘要： 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls ## 测试数据 gwas_test.map gwas_test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# plink --file gwas_test --assoc --out t 阅读全文
posted @ 2022-07-14 23:45 小鲨鱼2018 阅读(486) 评论(0) 推荐(0) 编辑
plink 软件中 --assoc 参数对二分类性状关联分析卡方值、及p值计算
摘要： 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls ## 测试数据 gwas_test.map gwas_test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# plink --file gwas_test --assoc --out t 阅读全文
posted @ 2022-07-14 23:21 小鲨鱼2018 阅读(318) 评论(0) 推荐(0) 编辑
R 语言基础绘图中par(new = T)参数的作用
摘要： 001、 plot(1:10, pch = 16, cex = 2, col = "red") plot(10:1, pch = 16, cex = 2, col = "green") 002、 plot(1:10, pch = 16, cex = 2, col = "red") par(new = 阅读全文
posted @ 2022-07-14 22:01 小鲨鱼2018 阅读(237) 评论(0) 推荐(0) 编辑
plink 软件中 --reference-allele 参数 用于设定参考等位基因
摘要： 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls ## 测试数据 outcome.map outcome.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# cat outcome.map 1 SNP1 0 55910 1 SNP2 0 85 阅读全文
posted @ 2022-07-14 19:11 小鲨鱼2018 阅读(610) 评论(0) 推荐(0) 编辑
plink 软件中 --update-map 参数
摘要： --update-map：用于更新SNP的built（SNPID + POS）。 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls newbuilt.txt outcome.map outcome.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/tes 阅读全文
posted @ 2022-07-14 17:47 小鲨鱼2018 阅读(122) 评论(0) 推荐(0) 编辑
linux 系统中在不解压情况下查看大型压缩文件
摘要： 001、zmore root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls outcome.ped.gz root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# zmore outcome.ped.gz 002、zless root@DESKTOP-1N42TVH:/h 阅读全文
posted @ 2022-07-14 12:15 小鲨鱼2018 阅读(134) 评论(0) 推荐(0) 编辑
操作系统
摘要： 001、地基： 应用程序运行的平台。 002、 003、 阅读全文
posted @ 2022-07-14 11:01 小鲨鱼2018 阅读(27) 评论(0) 推荐(0) 编辑
vcftools 软件中 --site-pi 计算的杂合度指的是什么？
摘要： --site-pi：位点的期待杂合度。（计算等位基因频率p、q, 处于哈迪温伯格平衡时杂合子的概率，即2pq。） 001、 plink 软件中计算位点的期待杂合度 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test3# ls result.map result.ped root@DESK 阅读全文
posted @ 2022-07-14 10:21 小鲨鱼2018 阅读(1539) 评论(0) 推荐(0) 编辑