2022年7月12日
plink 软件中 --het参数
摘要： 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls outcome.map outcome.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# plink --file outcome --het --out test PLINK v1.90b 阅读全文
posted @ 2022-07-12 22:21 小鲨鱼2018 阅读(796) 评论(0) 推荐(0) 编辑
plink 软件中 --check-sex参数
摘要： 1、--check-sex用于验证性别信息是否可靠。 检测依据是对x染色体进行纯合度F值统计。 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/GWA_tutorial/1_QC_GWAS/test# ls HapMap_3_r3_5.bed HapMap_3_r3_5.b 阅读全文
posted @ 2022-07-12 21:59 小鲨鱼2018 阅读(500) 评论(0) 推荐(0) 编辑
plink 软件中 cases 和 controls
摘要： 表型2是case。 表型1是control。 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls outcome.map outcome.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# cat outcome.map 1 s64199.1 阅读全文
posted @ 2022-07-12 16:15 小鲨鱼2018 阅读(218) 评论(0) 推荐(0) 编辑
plink 软件中 Total genotyping rate 指的是什么？
摘要： 1、Total genotyping rate：所有位点的基因分型率。 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls outcome.map outcome.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# cat outcome.ma 阅读全文
posted @ 2022-07-12 16:04 小鲨鱼2018 阅读(300) 评论(0) 推荐(0) 编辑
plink Error: Failed to extract eigenvector(s) from GRM.
摘要： Error: Failed to extract eigenvector(s) from GRM. 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5# ls test.map test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5# cat te 阅读全文
posted @ 2022-07-12 00:36 小鲨鱼2018 阅读(518) 评论(0) 推荐(0) 编辑