07 2022 档案

摘要:001、 root@PC1:/home/test# ls gwas_test.bed gwas_test.bim gwas_test.fam root@PC1:/home/test# gcta64 --bfile gwas_test --make-grm --out gmat 1> /dev/nul 阅读全文
posted @ 2022-07-31 23:39 小鲨鱼2018 阅读(337) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 在统计学与概率论中,(矩阵的)协方差矩阵的每个元素是各个向量元素之间(列向量)的协方差,是从标量随机变量到高维度随机向量的自然推广。 矩阵中的数据按行排列与按列排列求出的协方差矩阵是不同的,这里默认数据是按行排列。即每一行是一个observaTIon(or sample),那么每一列就是一 阅读全文
posted @ 2022-07-31 20:43 小鲨鱼2018 阅读(407) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 1.协方差 方差是描述自身偏离其均值的程度。 协方差用来描述两个变量间的变化关系,协方差用来度量两个随机变量关系的统计量: <span class="mrow"><span class="mi"><img src="https://img2022.cnblog 阅读全文
posted @ 2022-07-31 12:32 小鲨鱼2018 阅读(2208) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 library(rMVP) MVP.Data(fileBed="gwas_test",filePhe="phenotype.txt",fileKin=TRUE,filePC=TRUE,out="mvp") ## gwas_test为plink二进制格式的文件名, phenotype.txt 阅读全文
posted @ 2022-07-31 11:02 小鲨鱼2018 阅读(2015) 评论(6) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 root@PC1:/home/test# ls gwas_test.map gwas_test.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_test --recode 12 transpose --out emmax_format 1> /dev/ 阅读全文
posted @ 2022-07-31 01:40 小鲨鱼2018 阅读(736) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 root@PC1:/home/test# ls gwas_test.bed gwas_test.bim gwas_test.fam root@PC1:/home/test# awk '{print $1, $2, $6}' gwas_test.fam > phenotype.txt ## 阅读全文
posted @ 2022-07-31 01:03 小鲨鱼2018 阅读(1499) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、plink root@PC1:/home/test# ls gwas_case_cont.map gwas_case_cont.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_case_cont --logistic recessive beta 1> 阅读全文
posted @ 2022-07-31 00:35 小鲨鱼2018 阅读(146) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、plink root@PC1:/home/test# ls gwas_case_cont.map gwas_case_cont.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_case_cont --logistic dominant beta 1> / 阅读全文
posted @ 2022-07-31 00:21 小鲨鱼2018 阅读(132) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、plink root@PC1:/home/test# ls gwas_case_cont.map gwas_case_cont.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_case_cont --pca 3 1> /dev/null ## 生成PCA 阅读全文
posted @ 2022-07-30 14:55 小鲨鱼2018 阅读(473) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:例:exp(x): R语言中exp函数用于返回e的x次方的值。 001、 exp(4) 2.718281828459**4 exp(0) 2.718281828459**0 exp(-5) 2.718281828459**-5 dat <- c(-7, 0, 7) exp(dat) 2.718281 阅读全文
posted @ 2022-07-30 14:00 小鲨鱼2018 阅读(2956) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、plink root@PC1:/home/test# ls gwas_case_cont.map gwas_case_cont.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_case_cont --logistic beta 1> /dev/null 阅读全文
posted @ 2022-07-30 13:23 小鲨鱼2018 阅读(200) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 IPC,英文全称“Instruction Per Clock”,中文翻译过来就是每个时钟的指令,即CPU每一时钟周期内所执行的指令多少,IPC代表了一款CPU的设计架构,一旦该CPU设计完成之后,IPC值就不会再改变了。在这里,IPC值的高低起到了决定性的作用,而频率似乎不再高于一切。 C 阅读全文
posted @ 2022-07-30 12:41 小鲨鱼2018 阅读(2229) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、plink --het (纯合度近交系数) root@PC1:/home/test# ls outcome.map outcome.ped root@PC1:/home/test# plink --file outcome --het 1> /dev/null root@PC1:/home/ 阅读全文
posted @ 2022-07-29 23:49 小鲨鱼2018 阅读(1315) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、plink + sommer实现 root@PC1:/home/test# ls outcome.map outcome.ped root@PC1:/home/test# plink --file outcome --recode A 1> /dev/null ## 将A\T\C\G转换为0 阅读全文
posted @ 2022-07-29 21:30 小鲨鱼2018 阅读(465) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 dir() dat <- fread("mdp_genotype_test.hmp.txt", header = F, data.table = F) ## 读入文件 genotype <- t(dat[,12:ncol(dat)])[,-1] genotype <- apply(geno 阅读全文
posted @ 2022-07-29 18:03 小鲨鱼2018 阅读(390) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 r1 <- c("CC","CC","GG","TT") r2 <- c("GG","GG","GC","TT") r3 <- c("CC","GG","GG","TT") dat <- data.frame(r1, r2, r3) ## 测试数据框 dat gsub(pattern = 阅读全文
posted @ 2022-07-29 17:26 小鲨鱼2018 阅读(418) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、测试数据 root@PC1:/home/test# ls mdp_genotype_test.hmp.txt record.sh root@PC1:/home/test# head -n 5 mdp_genotype_test.hmp.txt | cut -f 1-13 ## 测试数据 rs 阅读全文
posted @ 2022-07-29 00:39 小鲨鱼2018 阅读(298) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、\S:大写S root@PC1:/home/test2# ls a.txt root@PC1:/home/test2# cat a.txt 33-16 CC CC GG TT GG TT GG TT CC 38-11 CC GG GG TT GG TT CC TT CC 4226 CC CC 阅读全文
posted @ 2022-07-29 00:09 小鲨鱼2018 阅读(185) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 library(testthat) ## 函数属于testthat包 expect_true( 2 == 2) ## 在程序中用于判断条件是否成立 expect_true( 2 != 2) 阅读全文
posted @ 2022-07-28 18:51 小鲨鱼2018 阅读(124) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:标准误:即样本均数的标准差。 标准误 = 标准差 / N的根号。 是描述均数抽样分布的离散程度及衡量均数抽样误差大小的尺度,反映的是样本均数之间的变异。标准误不是标准差,是多个样本平均数的标准差。标准误用来衡量抽样误差。 标准误越小,表明样本统计量与总体参数的值越接近,样本对总体越有代表性,用样本统 阅读全文
posted @ 2022-07-28 11:53 小鲨鱼2018 阅读(1133) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、读取测试数据 dir() dat <- read.table("test.txt") dat 002、按照第一列进行升序排列 dat dat[order(dat[,1]),] 03、第一例按照降序进行排序 dat[order(-dat[,1]),] 004、第一列升序、第二列降序 dat[o 阅读全文
posted @ 2022-07-27 22:51 小鲨鱼2018 阅读(3618) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、测试数据 library(dplyr) class1 <- tribble( ~'名次',~'姓名', '第一名','王某人', '第二名','张周人', '第三名','李某人' ) class2 <- tribble( ~'名次',~'姓名', '第一名','胡某人', '第二名','刘周 阅读全文
posted @ 2022-07-27 22:09 小鲨鱼2018 阅读(5678) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:001、测试数据 root@PC1:/home/test3# ls test.gff root@PC1:/home/test3# cat test.gff ## 测试数据 a b c e j j a b c i j k a b c x y z i q m x y z i e i 002、unique 阅读全文
posted @ 2022-07-27 21:44 小鲨鱼2018 阅读(5978) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、测试数据 root@PC1:/home/test3# ls test.gff root@PC1:/home/test3# cat test.gff ## 1 aa bb xx yy ## 2 jj kk uu ss ee 3 mm jj aa ww ff 4 ee ww qq kk ee 5 阅读全文
posted @ 2022-07-27 21:26 小鲨鱼2018 阅读(447) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、测试数据 root@PC1:/home/test3# ls test.gff root@PC1:/home/test3# cat test.gff 1 aa bb xx yy 2 jj kk uu ss 3 mm jj aa ww 4 ee ww qq kk 5 xx ff ee jj di 阅读全文
posted @ 2022-07-27 21:16 小鲨鱼2018 阅读(1617) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、测试数据 root@PC1:/home/test3# ls test.gff root@PC1:/home/test3# cat test.gff aa bb xx yy jj kk mm ee ww qq kk uu xx ff ee dir() dat1 <- read.table("t 阅读全文
posted @ 2022-07-27 21:09 小鲨鱼2018 阅读(399) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、plink root@PC1:/home/test# ls gwas_test.map gwas_test.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_test --pca 3 1> /dev/null root@PC1:/home/test# ls 阅读全文
posted @ 2022-07-27 11:22 小鲨鱼2018 阅读(424) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、plink + R root@PC1:/home/test# ls gwas_test.map gwas_test.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_test --recode A 1> /dev/null root@PC1:/home/t 阅读全文
posted @ 2022-07-27 11:02 小鲨鱼2018 阅读(239) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、plink root@PC1:/home/test# ls gwas_test.map gwas_test.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_test --assoc 1> /dev/null root@PC1:/home/test# ls 阅读全文
posted @ 2022-07-27 00:59 小鲨鱼2018 阅读(902) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、plink计算 root@PC1:/home/test# ls gwas_test.map gwas_test.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_test --assoc 1> /dev/null root@PC1:/home/test# 阅读全文
posted @ 2022-07-27 00:33 小鲨鱼2018 阅读(491) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、问题 root@PC1:/home/software# bash TASSEL_5_unix.sh Starting Installer ... Gtk-Message: 14:04:38.467: Failed to load module "canberra-gtk-module" 00 阅读全文
posted @ 2022-07-26 14:08 小鲨鱼2018 阅读(130) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 2 * pt(-abs(0.6751), df = 287, lower.tail= T) ## T值为0.6751, 自由度为287 2 * pt(-abs(0.6751), df = 287, lower.tail= F) 阅读全文
posted @ 2022-07-26 00:47 小鲨鱼2018 阅读(1464) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 pchisq(0.971, 1, lower.tail = F) ## 卡方值为0.971,自由度1,计算P值 pchisq(0.971, 1, lower.tail = T) 阅读全文
posted @ 2022-07-26 00:31 小鲨鱼2018 阅读(1946) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 1、HDMI接口是数字接口;VGA接口是模拟接口。 2、HDMI接口支持数字音频和视频同步传输,如果显示器是电视机,只需要一根HDMI线连接即可;VGA接口不支持音频和视频同步传输,使用时视频需要使用1根VGA线连接、音频需要另外1根线连接。 3、HDMI接口在信号传输时抗干扰;VGA接口 阅读全文
posted @ 2022-07-25 19:32 小鲨鱼2018 阅读(1490) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 root@PC1:/home/test3# ls a.txt root@PC1:/home/test3# cat a.txt e_r:e_y k:e_g_x_3 1_3:e:g:e root@PC1:/home/test3# awk -F "[_:]" '{print $2}' a.txt 阅读全文
posted @ 2022-07-22 23:33 小鲨鱼2018 阅读(433) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 root@PC1:/home/test3# ls a.txt root@PC1:/home/test3# cat a.txt e r e y e u e e e g e 3 h r 1 3 e g e y e e s e e e e e root@PC1:/home/test3# cp a 阅读全文
posted @ 2022-07-22 23:24 小鲨鱼2018 阅读(216) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、paste -s实现 root@PC1:/home/test3# ls a.txt root@PC1:/home/test3# cat a.txt j k u k r k s k j u e a f d e u i w j j k k e f root@PC1:/home/test3# pa 阅读全文
posted @ 2022-07-22 23:13 小鲨鱼2018 阅读(436) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、sed实现 root@PC1:/home/test3# ls a.txt root@PC1:/home/test3# cat a.txt j k u k r k s k j u e a f d e u i w j j k k e f root@PC1:/home/test3# sed 's/ 阅读全文
posted @ 2022-07-22 23:00 小鲨鱼2018 阅读(351) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 root@PC1:/home/test3# ls a.txt root@PC1:/home/test3# cat a.txt ## 测试数据, 统计每一行出现的k的次数 j k u k r k s k j u e a f d e u i w j j k k e f root@PC1:/ho 阅读全文
posted @ 2022-07-22 22:53 小鲨鱼2018 阅读(768) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、tgz文件的生成 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5# ls outcome.map outcome.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5# md5sum outcome.* 3512684a76436a00efbeda68c 阅读全文
posted @ 2022-07-21 22:04 小鲨鱼2018 阅读(1975) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 软件官网:https://www.broadinstitute.org/haploview/haploview 002、测试数据 root@PC1:/home/test# ls outcome.map outcome.ped root@PC1:/home/test# ls outcome. 阅读全文
posted @ 2022-07-21 19:39 小鲨鱼2018 阅读(812) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 马甲条主要就是为了扩大散热面积而增加散热功能,这样一来即便是高频内存或者是经过超频过后的内存条也可以运行得更加稳定,以确保在高温环境下不会出现卡顿的情况, 而如果不注重散热方面的话,对于电脑运行也有着很大的影响。002、其次就是性能差距,一般来说马甲条相比较普通内存条拥有更好的超频能力,这 阅读全文
posted @ 2022-07-21 17:00 小鲨鱼2018 阅读(3183) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:x86_64就是我们常用的台式机的体系架构,是基于冯诺依曼体系架构的。x86_64 Linux可以理解为在普通台式机上安装的Linux操作系统。 AArch64是一种ARMv8架构,也是一种计算机的体系架构。AArch64 Linux可以理解为在ARMv8架构的计算机上安装的Linux操作系统。 阅读全文
posted @ 2022-07-20 17:31 小鲨鱼2018 阅读(9581) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:001、单位bp root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test6# ls outcome.map outcome.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test6# cut -f 1 outcome.map | uniq -c | head -n 3 524 阅读全文
posted @ 2022-07-20 09:45 小鲨鱼2018 阅读(276) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test6/test# ls all.gff3 region_merged.bed root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test6/test# grep -v "^#" all.gff3 | awk '$3 == "g 阅读全文
posted @ 2022-07-19 14:38 小鲨鱼2018 阅读(288) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5# ls record.sh region.bed root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5# wc -l region.bed ## 测试数据 1058 region.bed root@DESKTOP 阅读全文
posted @ 2022-07-19 12:51 小鲨鱼2018 阅读(90) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test/test# cat a.txt 5 8 2 7 9 30 1 10 3 6 7 5 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test/test# awk '{if(NR == 1) {mi 阅读全文
posted @ 2022-07-19 09:56 小鲨鱼2018 阅读(744) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test/test# ls a.txt root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test/test# cat a.txt 1570051 1570053 5188621 5178672 518870 阅读全文
posted @ 2022-07-18 23:47 小鲨鱼2018 阅读(353) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、awk 实现 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# ls pvalue.bed root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# cat pvalue.bed ## 第一列染色体, 二列pos, 三列p Chr1 15700 阅读全文
posted @ 2022-07-18 18:15 小鲨鱼2018 阅读(263) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# ls a.txt root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# cat a.txt Chr8 Chr4 Chr1 Chr3 Chr7 Chr10 Chr11 Chr12 Chr2 阅读全文
posted @ 2022-07-18 17:15 小鲨鱼2018 阅读(101) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:sort -k选项用于指定按照哪一列进行排序。 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# ls facebook.txt root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# cat facebook.txt google 110 阅读全文
posted @ 2022-07-18 12:43 小鲨鱼2018 阅读(1659) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、由fasta文件生成fai文件 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# ls all.con.fa root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# samtools faidx all.con.fa root@DESKTOP 阅读全文
posted @ 2022-07-18 11:18 小鲨鱼2018 阅读(892) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test/test# ls test.fa root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test/test# cat test.fa >Chr1 ACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAA 阅读全文
posted @ 2022-07-17 23:21 小鲨鱼2018 阅读(101) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test/test# ls test.fa root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test/test# cat test.fa ## 测试fasta文件 >Chr1 ACCCTAAACCCTAAA 阅读全文
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摘要:001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test2# ls a.txt root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test2# cat a.txt 1 01 2 02 3 AAA 4 03 5 04 6 03 7 BBB 8 06 9 07 10 BBB 11 0 阅读全文
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摘要:001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test2# ls a.txt root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test2# cat a.txt 01 02 AAA 03 04 05 BBB 06 07 08 CCC 09 10 root@DESKTOP-1N4 阅读全文
posted @ 2022-07-17 21:26 小鲨鱼2018 阅读(1044) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test2# ls a.txt root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test2# cat a.txt ## 测试数据 01 1 02 2 AA 3 03 4 04 5 05 6 BB 7 06 8 07 9 AA 10 阅读全文
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摘要:--allow-no-sex:在进行关联分析时,缺失性别信息时,仍然进行分析。 001、缺失性别信息, 同时不使用改参数时: root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test3# ls clean.bed clean.bim clean.fam root@DESKTOP-1N42TVH 阅读全文
posted @ 2022-07-16 23:15 小鲨鱼2018 阅读(735) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls gwas_test.bed gwas_test.bim gwas_test.fam root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# /home/software/gemma-0.98.5-linu 阅读全文
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摘要:001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls gwas_test.bed gwas_test.bim gwas_test.fam root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# /home/software/gemma-0.98.5-linu 阅读全文
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摘要:001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls gwas_test.map gwas_test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# plink --file gwas_test --linear --out test 1> 阅读全文
posted @ 2022-07-15 16:27 小鲨鱼2018 阅读(536) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls gwas_test.map gwas_test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# plink --file gwas_test --assoc --out test 1> / 阅读全文
posted @ 2022-07-15 10:21 小鲨鱼2018 阅读(123) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls ## 测试数据 gwas_test.map gwas_test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# plink --file gwas_test --assoc --out t 阅读全文
posted @ 2022-07-14 23:45 小鲨鱼2018 阅读(567) 评论(2) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls ## 测试数据 gwas_test.map gwas_test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# plink --file gwas_test --assoc --out t 阅读全文
posted @ 2022-07-14 23:21 小鲨鱼2018 阅读(384) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 plot(1:10, pch = 16, cex = 2, col = "red") plot(10:1, pch = 16, cex = 2, col = "green") 002、 plot(1:10, pch = 16, cex = 2, col = "red") par(new = 阅读全文
posted @ 2022-07-14 22:01 小鲨鱼2018 阅读(279) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls ## 测试数据 outcome.map outcome.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# cat outcome.map 1 SNP1 0 55910 1 SNP2 0 85 阅读全文
posted @ 2022-07-14 19:11 小鲨鱼2018 阅读(865) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:--update-map:用于更新SNP的built(SNPID + POS)。 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls newbuilt.txt outcome.map outcome.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/tes 阅读全文
posted @ 2022-07-14 17:47 小鲨鱼2018 阅读(142) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、zmore root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls outcome.ped.gz root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# zmore outcome.ped.gz 002、zless root@DESKTOP-1N42TVH:/h 阅读全文
posted @ 2022-07-14 12:15 小鲨鱼2018 阅读(142) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、地基: 应用程序运行的平台。 002、 003、 阅读全文
posted @ 2022-07-14 11:01 小鲨鱼2018 阅读(27) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:--site-pi:位点的期待杂合度。(计算等位基因频率p、q, 处于哈迪温伯格平衡时杂合子的概率,即2pq。) 001、 plink 软件中计算位点的期待杂合度 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test3# ls result.map result.ped root@DESK 阅读全文
posted @ 2022-07-14 10:21 小鲨鱼2018 阅读(1772) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、column -t实现 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test6# ls xxx.genome root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test6# cat xxx.genome ## 测试数据 FID1 IID1 FID2 IID2 RT EZ Z0 阅读全文
posted @ 2022-07-13 22:18 小鲨鱼2018 阅读(907) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:基本公式: 001、计算卡方值x^2, 然后根据自由度计算p值。 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test6# ls result.map result.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test6# plink --file result --ha 阅读全文
posted @ 2022-07-13 20:14 小鲨鱼2018 阅读(974) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:plink 软件中--impute-sex参数:基因基因型信息推断性别(x染色体--het参数的F值,female: F < 0.2; male: F > 0.8), 并写入数据。 001、计算f值 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5# ls outcome.map o 阅读全文
posted @ 2022-07-13 10:20 小鲨鱼2018 阅读(369) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls outcome.map outcome.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# plink --file outcome --het --out test PLINK v1.90b 阅读全文
posted @ 2022-07-12 22:21 小鲨鱼2018 阅读(893) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:1、--check-sex用于验证性别信息是否可靠。 检测依据是对x染色体进行纯合度F值统计。 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/GWA_tutorial/1_QC_GWAS/test# ls HapMap_3_r3_5.bed HapMap_3_r3_5.b 阅读全文
posted @ 2022-07-12 21:59 小鲨鱼2018 阅读(598) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:表型2是case。 表型1是control。 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls outcome.map outcome.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# cat outcome.map 1 s64199.1 阅读全文
posted @ 2022-07-12 16:15 小鲨鱼2018 阅读(247) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:1、Total genotyping rate:所有位点的基因分型率。 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls outcome.map outcome.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# cat outcome.ma 阅读全文
posted @ 2022-07-12 16:04 小鲨鱼2018 阅读(405) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:Error: Failed to extract eigenvector(s) from GRM. 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5# ls test.map test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5# cat te 阅读全文
posted @ 2022-07-12 00:36 小鲨鱼2018 阅读(574) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、founders:同时没有父本和母本信息的个体 002、nofunders:有父本或者母本信息的个体。 (1)、测试 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls test.map test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4 阅读全文
posted @ 2022-07-11 23:12 小鲨鱼2018 阅读(387) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 (1)、23号染色体 (2)、雄性 (3)、基因型为杂合 以上三个原因造成出现plink.hh文件的出现。 i、测试染色体。 1、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls chr23.map chr23.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/ 阅读全文
posted @ 2022-07-11 21:49 小鲨鱼2018 阅读(336) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test3# ls a.txt b.txt root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test3# cat a.txt e r s s f w z x v z v e root@DESKTOP-1N42TVH:/home/t 阅读全文
posted @ 2022-07-11 10:45 小鲨鱼2018 阅读(1094) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、插入列 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test3# ls a.txt b.txt root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test3# cat a.txt e r s s f w z x v z v e root@DESKTOP-1N42TVH:/hom 阅读全文
posted @ 2022-07-11 10:36 小鲨鱼2018 阅读(1601) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、plink root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# ls cov.txt gwas_test.map gwas_test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# head cov.txt ## 协变量文件前两列FID、IID; 第三 阅读全文
posted @ 2022-07-10 23:25 小鲨鱼2018 阅读(2595) 评论(2) 推荐(1) 编辑
摘要:001、 002、 阅读全文
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摘要:001、测试数据 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# ls ## 表型数据为ped文件的第6列 gwas_test.map gwas_test.ped 002、plink 一般线性模型GWAS (1)、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# 阅读全文
posted @ 2022-07-10 12:44 小鲨鱼2018 阅读(625) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、科学计数法转换为普通数值表示 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test2# ls a.txt b.txt root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test2# cat a.txt 4.530733e-01 4.530733e-01 2.264793e-01 阅读全文
posted @ 2022-07-09 09:37 小鲨鱼2018 阅读(417) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 dat <- read.table("test.txt") dat idx <- vector() for (i in 1:nrow(dat)) { if ("AKCR02000001" %in% dat[i,]) { idx <- c(idx, i) } } idx dat[idx,] 阅读全文
posted @ 2022-07-08 23:15 小鲨鱼2018 阅读(767) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test3# ls test.txt root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test3# cat test.txt ## 测试数据 AKCR02000001 df AKCR02000001 df AKCR02000001 阅读全文
posted @ 2022-07-08 21:48 小鲨鱼2018 阅读(1415) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test3# ls a.txt test.txt root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test3# cat a.txt ## 测试数据, 1、2列分别为替换字符和被替换字符 1 AKCR02000001 2 AKCR0 阅读全文
posted @ 2022-07-08 21:34 小鲨鱼2018 阅读(453) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、ped文件第5列:表示性别信息(1表示male、2表示female、0或者其他字母表示未知) root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test3# ls outcome.map outcome.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test3# cat 阅读全文
posted @ 2022-07-08 20:15 小鲨鱼2018 阅读(579) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、next(相当于continue, 跳过次轮循环) for (i in 1:5) { if (i %% 2 == 0) {next} ## 当i为偶数时,跳过次轮循环 cat(i,"test\n") } 002、break,终止当前程序 for (i in 1:5) { if (i %% 2 阅读全文
posted @ 2022-07-08 15:13 小鲨鱼2018 阅读(2597) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 a <- c(3, 4, 8, 7, 2) b <- c(2, 4, 5, 8, 9) c <- 1:5 dat <- data.frame(a, b, c) ## 测试数据框 dat dimnames(dat) ## 返回2元素列表, 1储存行名, 2存储列名 002、 a <- c(3 阅读全文
posted @ 2022-07-08 14:45 小鲨鱼2018 阅读(1617) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 a <- c(3, 4, 8, 7, 2) b <- c(2, 4, 5, 8, 9) c <- 1:5 dat <- data.frame(a, b, c) ## 生成测试数据框 dat d <- dat[1,2] ## 默认 class(d) e <- dat[1,2, drop = 阅读全文
posted @ 2022-07-08 09:30 小鲨鱼2018 阅读(699) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 均方根是一个数学概念,它是指在数据统计分析中,将所有值平方求和,求其均值,再开平方。 参考:https://zhuanlan.zhihu.com/p/140948897 阅读全文
posted @ 2022-07-08 09:03 小鲨鱼2018 阅读(831) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 regexpr("x", "edxerr") ## 返回匹配字符串的索引 regexpr("x", "edxerxr") ## 仅匹配第一个匹配到的字符串 002、 gregexpr("x", "edxerr") ## 返回匹配字符串的索引 gregexpr("x", "edxerxr") 阅读全文
posted @ 2022-07-07 20:00 小鲨鱼2018 阅读(780) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 test <- "erijk" temp <- unlist(strsplit(test, split = "")) ## 把字符串拆分为字符 rev(temp) paste(rev(temp), collapse = "") ## 逆转并合并 002、 test <- "akujm" # 阅读全文
posted @ 2022-07-07 19:17 小鲨鱼2018 阅读(309) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 [root@PC1 test2]# echo "dsfedw" ## 测试字符串 dsfedw [root@PC1 test2]# echo "dsfedw" | awk 'BEGIN{FS = ""}{for(i = NF; i >= 1; i--) {printf("%s", $i)} 阅读全文
posted @ 2022-07-07 18:49 小鲨鱼2018 阅读(474) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、R语言中utf8ToInt函数用于将UTF8值转换为整数值 utf8ToInt("a") ## 函数的参数为字符串 utf8ToInt("b") utf8ToInt("d") utf8ToInt("abcd") 002、逆向转换 intToUtf8(97) ## 数值转换为字符 intToU 阅读全文
posted @ 2022-07-07 18:34 小鲨鱼2018 阅读(127) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 start <- Sys.time() ## 记录时间 Sys.sleep(70) ## 程序运行 end <- Sys.time() ## 记录时间 difftime(end, start, units = "sec") ## 以秒表示 difftime(end, start, unit 阅读全文
posted @ 2022-07-07 18:23 小鲨鱼2018 阅读(699) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 test <- "jEnMqAb" ## 测试字符串 newstr <- "" for (i in 1:nchar(test)) { if (i == 1){ newstr <- paste0(newstr, toupper(substr(test, 1, 1))) } else { ne 阅读全文
posted @ 2022-07-07 12:46 小鲨鱼2018 阅读(72) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 test <- "jjUUaaBiJJ" ## 测试字符串 newstr <- "" for (i in 1:nchar(test)) { if (substr(test, i, i) %in% letters) { newstr <- paste0(newstr, toupper(sub 阅读全文
posted @ 2022-07-07 12:22 小鲨鱼2018 阅读(577) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 test <- "xx aa yy zz" ## 测试字符串 strsplit(test, split = " ") ## split = 用于指定分割的依据, 此处设定为空格 strsplit(test, split = "") ## 指定分割依据为空白 strsplit(test, N 阅读全文
posted @ 2022-07-07 11:22 小鲨鱼2018 阅读(1103) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 test <- "jknmq" ## 测试字符串 test temp <- rev(unlist(strsplit(test, NULL))) ## 逆向输出为字符 temp paste(temp, collapse = "") ## 合并为字符串 002、 test <- "jknmq" 阅读全文
posted @ 2022-07-07 10:36 小鲨鱼2018 阅读(192) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 test <- c("i", "j", "a", "k", "q") ## 测试字符向量 test paste(test, collapse = "") ## 利用paste合并为一个完整的字符串 阅读全文
posted @ 2022-07-07 10:31 小鲨鱼2018 阅读(796) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 test <- "dsrrf" nchar(test) ## 统计字符串test的长度 002、应用于字符串向量 test <- c("ewr", "e", "ew", "werer") nchar(test) 阅读全文
posted @ 2022-07-07 09:41 小鲨鱼2018 阅读(521) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、rev函数逆向输出向量 test <- c("ewsf", "dsrfe", "iuuyy") test class(test) rev(test) ## 逆向输出 test2 <- 1:5 test2 rev(test2) ## 逆向输出 002、应用数数据框 a <- c(3, 5, 2 阅读全文
posted @ 2022-07-07 09:33 小鲨鱼2018 阅读(1335) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 阅读全文
posted @ 2022-07-06 22:07 小鲨鱼2018 阅读(29) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、问题,计算机没有声音 002、声卡驱动 003、解决方法 004、 005、 006、 007、 008、 009、 阅读全文
posted @ 2022-07-05 17:21 小鲨鱼2018 阅读(1066) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、尺寸: 002、分辨率:决定图像的清晰度 003、刷新率:决定图像的流畅度 004、面板: 阅读全文
posted @ 2022-07-05 10:32 小鲨鱼2018 阅读(292) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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