samtools idxstats参数解读

 

001、

samtools idxstat   xxx.bam  ## bam需要是排过序且构建过索引的

[s20223040682@admin1 test]$ samtools idxstats Iran141.sorted.markdup.bam | head    ## 第一列染色体名称，第二列染色体的长度，第三列，比对上的reads数据，第四列未比对上的reads数？？
NC_056054.1     278617202       17560386        3836
NC_056055.1     250202058       15772505        3377
NC_056056.1     226089100       13865136        3252
NC_056057.1     121578099       7618079 1699
NC_056058.1     108220788       6733377 1681
NC_056059.1     118469697       7468317 1709
NC_056060.1     101274418       6309977 1560
NC_056061.1     91792871        5735122 1471
NC_056062.1     95179658        5900997 1342
NC_056063.1     86459471        5405570 2499

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