trimmomatic软件进行重测序数据质控

 

 

001、 推荐使用如下参数

java -jar /path/trimmomatic-0.39.jar PE \
        -phred33 \
        -threads 16 \
        sample_name_1.fq.gz sample_name_2.fq.gz \
        -baseout /path/sample_name_trim.fastq.gz \
        ILLUMINACLIP:/path/TruSeq3-PE.fa:2:30:10 \
        LEADING:3 TRAILING:3 \
        SLIDINGWINDOW:4:15 \
        MINLEN:36

 

PE：指定双端测序

-phred33 ： 设置碱基的质量格式，这里也可以不设定（v0.32版本之后可自动识别是phred33还是phred64，这个参数可以不用写啦，见图1截图自官方说明文档；）

-threads 16：指定线程数目

-baseout：指定质控输出的目录

ILLUMINACLIP: TruSeq3-PE.fa 指定接头序列         ## 主流使用TruSeq3-PE.fa，也有使用TruSeq3-PE-2.fa的，不知道区别在哪里？

2:30:10意义：seed mimatches 种子错配数：palindrome clipthreshold 双端剪切阈值：simple clip threshold单端剪切阈值：

LEADING:3：表示切除首端质量值低于20的碱基‌

TRAILING:3：表示切除尾端质量值低于20的碱基‌

SLIDINGWINDOW:4:15：表示从5'端开始，当4个碱基的窗口中的平均碱基质量值低于15时进行切除‌

MINLEN:36：指定最小碱基的长度。

。

 

                                                                                            图1： 0.32版本时候可以自动识别碱基质量T恤 

 

。