seqtk 生信工具的安装与使用

 

001、安装

git clone https://github.com/lh3/seqtk.git
cd seqtk/
make
./seqtk | head -n 3

 

 

002、fastq格式转换为fasta格式

[s20223040682@admin2 test]$ ls
test.fastq
[s20223040682@admin2 test]$ seqtk seq -a test.fastq > result.fa
[s20223040682@admin2 test]$ ls
result.fa  test.fastq

 

003、sample随机抽取reads

[s20223040682@admin2 test]$ ls                               ## 测试fastq数据
SRR1770413_1.fastq  SRR1770413_2.fastq
[s20223040682@admin2 test]$ seqtk sample -s100 SRR1770413_1.fastq 10 > sub1.fastq      ## sample表示抽样， -s100设置随机种子，跟read2保持一致； 10表示抽取10个reads
[s20223040682@admin2 test]$ seqtk sample -s100 SRR1770413_2.fastq 10 > sub2.fastq
[s20223040682@admin2 test]$ ls
SRR1770413_1.fastq  SRR1770413_2.fastq  sub1.fastq  sub2.fastq
[s20223040682@admin2 test]$ ll -h
总用量 856M
-rw-rw-r-- 1 s20223040682 s20223040682 428M 1月  20 10:25 SRR1770413_1.fastq
-rw-rw-r-- 1 s20223040682 s20223040682 428M 1月  20 10:25 SRR1770413_2.fastq
-rw-rw-r-- 1 s20223040682 s20223040682 6.4K 1月  20 10:26 sub1.fastq
-rw-rw-r-- 1 s20223040682 s20223040682 6.4K 1月  20 10:26 sub2.fastq
[s20223040682@admin2 test]$ wc -l sub*
   40 sub1.fastq
   40 sub2.fastq
   80 总用量

 。

 

004、提取reads的反向互补序列

seqtk seq -r SRR1770413_1.fastq

 

005、根据readID提取数据