smtools软件提取比对到和未比对到参考基因组上的bam数据

 

001、

#提取比对到参考基因组上的数据
samtools view -b -F 4 lane.sam > lane.bam
#提取没有比对到参考基因组上的数据
samtools view -b -f 4 lane.sam > lane.bam

 

提取双端序列都比对到参考序列（4+8）的结果：

 

 samtools view -bF 12 tmp.bam > tmp_F.bam

 

refrence：

01、

https://blog.csdn.net/u013553061/article/details/53133007/

https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/245/