选择信号分析 XPEHH 检测

 

选择信号分析 XPEHH 检测

 

001、对要检测的vcf文件进行phasing

[root@pc1 XP-EHH]# ls      ## 原始文件
clean.vcf
[root@pc1 XP-EHH]# java -jar /home/software/beagle/beagle.01Mar24.d36.jar gt=clean.vcf out=result   ## phasing命令

如果出现java内存不足的报错，可以使用如下命令：

java -Xmx200g -jar beagle.18May20.d20.jar nthreads=64 gt=outcome.vcf out=impute

 

002、解压phasing后的vcf文件

 

[root@pc1 XP-EHH]# ls
result.vcf.gz
[root@pc1 XP-EHH]# gunzip result.vcf.gz     ##   解压
[root@pc1 XP-EHH]# ls
result.vcf

 

003、拆分进行选择分析的群体

 

[root@pc1 XP-EHH]# ls
DPS.list  GOT.list  result.vcf
[root@pc1 XP-EHH]# vcftools --vcf result.vcf --keep DPS.list --recode --out DPS
[root@pc1 XP-EHH]# vcftools --vcf result.vcf --keep GOT.list --recode --out GOT
[root@pc1 XP-EHH]# ls
DPS.list  DPS.log  DPS.recode.vcf  GOT.list  GOT.log  GOT.recode.vcf  result.vcf

。 

 

selscan软件官网：https://github.com/szpiech/selscan/releases

 

003、

 

 

reference：

01、https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5NDIyMTQ3NQ==&mid=2247486343&idx=1&sn=7f196c369785ea9c06f2ff0ff8999d7b&chksm=c023a64bf7542f5db58f289447969a0e83aa9bfd827d14b7791bf10a2a91dd3ffd736b99ad0d&cur_album_id=2531597439187779584&scene=189#wechat_redirect