vcf文件中如何确定文件是否已经phasing(定相)
001、未定相
[root@PC1 test2]# ls test1.vcf test2.vcf [root@PC1 test2]# grep -v "^#" test1.vcf | head | cut -f 1-16 ## 为定相是斜杠 1 55910 s64199.1 G . . . PR GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1 85204 OAR19_64675012.1 C G . . PR GT 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1 122948 OAR19_64715327.1 G . . . PR GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1 203750 OAR19_64803054.1 G A . . PR GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1 312707 DU281551_498.1 G A . . PR GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1 356863 s18939.1 A . . . PR GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1 400518 OAR1_88143.1 G A . . PR GT 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 1 487423 s09912.1 C G . . PR GT 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 1 578716 s36301.1 G A . . PR GT 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1 639876 s34880.1 A . . . PR GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0
002、定相
[root@PC1 test2]# ls test1.vcf test2.vcf [root@PC1 test2]# grep -v "^#" test2.vcf | head | cut -f 1-16 ## 定相后是竖杠 1 55910 s64199.1 G . . PASS . GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1 85204 OAR19_64675012.1 C G . PASS . GT 0|0 1|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1 122948 OAR19_64715327.1 G . . PASS . GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1 203750 OAR19_64803054.1 G A . PASS . GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|0 1 312707 DU281551_498.1 G A . PASS . GT 1|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|1 1 356863 s18939.1 A . . PASS . GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1 400518 OAR1_88143.1 G A . PASS . GT 0|0 0|1 1|0 0|0 0|1 1|1 0|0 1 487423 s09912.1 C G . PASS . GT 0|1 0|0 0|1 1|1 1|0 0|0 0|0 1 578716 s36301.1 G A . PASS . GT 1|0 1|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|1 1 639876 s34880.1 A . . PASS . GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0
。
reference
01、https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5NDIyMTQ3NQ==&mid=2247486224&idx=1&sn=9c1c5cf324a0acc32fcf132d488d9688&scene=21#wechat_redirect
