beagle软件的安装以及基因型填充
001、beagle软件官网:https://faculty.washington.edu/browning/beagle/beagle.html
002、下载最新版本:
003、赋予执行权限,并测试
[root@pc1 beagle]# ls beagle.01Mar24.d36.jar [root@pc1 beagle]# chmod +x beagle.01Mar24.d36.jar ## 添加执行权限 [root@pc1 beagle]# ls beagle.01Mar24.d36.jar [root@pc1 beagle]# ./beagle.01Mar24.d36.jar ## 调用测试 -bash: ./beagle.01Mar24.d36.jar: cannot execute binary file
004、无参照填充
[root@pc1 test]# ls ## 查看填充文件 outcome.vcf ## 填充命令 [root@pc1 test]# java -Xmx4g -jar /home/software/beagle/beagle.01Mar24.d36.jar nthreads=4 gt=outcome.vcf out=impute
005、填充结果
[root@pc1 test]# ls outcome.vcf [root@pc1 test]# java -Xmx4g -jar /home/software/beagle/beagle.01Mar24.d36.jar nthreads=4 gt=outcome.vcf out=impute > /dev/null [root@pc1 test]# ls ## 生成两个文件 impute.log impute.vcf.gz outcome.vcf
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