beagle软件的安装以及基因型填充

 

001、beagle软件官网：https://faculty.washington.edu/browning/beagle/beagle.html

 

002、下载最新版本：

 

003、赋予执行权限，并测试

[root@pc1 beagle]# ls
beagle.01Mar24.d36.jar
[root@pc1 beagle]# chmod +x beagle.01Mar24.d36.jar        ## 添加执行权限
[root@pc1 beagle]# ls
beagle.01Mar24.d36.jar
[root@pc1 beagle]# ./beagle.01Mar24.d36.jar               ## 调用测试
-bash: ./beagle.01Mar24.d36.jar: cannot execute binary file

 

004、无参照填充

[root@pc1 test]# ls       ## 查看填充文件
outcome.vcf                                     ## 填充命令
[root@pc1 test]# java -Xmx4g -jar /home/software/beagle/beagle.01Mar24.d36.jar nthreads=4 gt=outcome.vcf out=impute

 

005、填充结果

[root@pc1 test]# ls
outcome.vcf
[root@pc1 test]# java -Xmx4g -jar /home/software/beagle/beagle.01Mar24.d36.jar nthreads=4 gt=outcome.vcf out=impute > /dev/null
[root@pc1 test]# ls      ## 生成两个文件
impute.log  impute.vcf.gz  outcome.vcf

 

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