gffread软件的安装

 

gffread为生物序列处理工具，主要使用c++语言编写。

01、下载安装包
下载地址：https://github.com/gpertea/gffread

 

 

 

02、解压、调用测试

[root@PC1 software]# ls
gffread-0.12.7.Linux_x86_64.tar.gz
[root@PC1 software]# tar -xzvf gffread-0.12.7.Linux_x86_64.tar.gz &> /dev/null          ## 解压
[root@PC1 software]# ls
gffread-0.12.7.Linux_x86_64  gffread-0.12.7.Linux_x86_64.tar.gz
[root@PC1 software]# cd gffread-0.12.7.Linux_x86_64/                                    ## 进入该目录
[root@PC1 gffread-0.12.7.Linux_x86_64]# ls
gffread  LICENSE  README.md
[root@PC1 gffread-0.12.7.Linux_x86_64]# ./gffread                                         ## 调用测试
gffread v0.12.7. Usage:
gffread [-g <genomic_seqs_fasta> | <dir>] [-s <seq_info.fsize>]
 [-o <outfile>] [-t <trackname>] [-r [<strand>]<chr>:<start>-<end> [-R]]
 [--jmatch <chr>:<start>-<end>] [--no-pseudo]
 [-CTVNJMKQAFPGUBHZWTOLE] [-w <exons.fa>] [-x <cds.fa>] [-y <tr_cds.fa>]
 [-j ][--ids <IDs.lst> | --nids <IDs.lst>] [--attrs <attr-list>] [-i <maxintron>]
 [--stream] [--bed | --gtf | --tlf] [--table <attrlist>] [--sort-by <ref.lst>]

。