gffread软件的安装
gffread为生物序列处理工具,主要使用c++语言编写。
01、下载安装包
下载地址:https://github.com/gpertea/gffread
02、解压、调用测试
[root@PC1 software]# ls gffread-0.12.7.Linux_x86_64.tar.gz [root@PC1 software]# tar -xzvf gffread-0.12.7.Linux_x86_64.tar.gz &> /dev/null ## 解压 [root@PC1 software]# ls gffread-0.12.7.Linux_x86_64 gffread-0.12.7.Linux_x86_64.tar.gz [root@PC1 software]# cd gffread-0.12.7.Linux_x86_64/ ## 进入该目录 [root@PC1 gffread-0.12.7.Linux_x86_64]# ls gffread LICENSE README.md [root@PC1 gffread-0.12.7.Linux_x86_64]# ./gffread ## 调用测试 gffread v0.12.7. Usage: gffread [-g <genomic_seqs_fasta> | <dir>] [-s <seq_info.fsize>] [-o <outfile>] [-t <trackname>] [-r [<strand>]<chr>:<start>-<end> [-R]] [--jmatch <chr>:<start>-<end>] [--no-pseudo] [-CTVNJMKQAFPGUBHZWTOLE] [-w <exons.fa>] [-x <cds.fa>] [-y <tr_cds.fa>] [-j ][--ids <IDs.lst> | --nids <IDs.lst>] [--attrs <attr-list>] [-i <maxintron>] [--stream] [--bed | --gtf | --tlf] [--table <attrlist>] [--sort-by <ref.lst>]
。