' for reading (没有那个文件或目录)en file `

 

001、奇怪的报错：' for reading (没有那个文件或目录)en file `

[sy20223040796@admin1 test]$ ls                ## 测试文件及命令
test.bed  test.sh
[sy20223040796@admin1 test]$ cat test.bed      ## 测试文件
1       5400001 5400002
1       5425001 5425002
1       8150001 8150002
1       17350001        17350002
[sy20223040796@admin1 test]$ cat test.sh        ## 测试命令
awk 'BEGIN {chrom_map["1"] = "NC_056054.1"} {chrom = $1; rest = $2 "\t" $3; if (chrom in chrom_map) { print chrom_map[chrom], "\t" rest}}' test.bed
[sy20223040796@admin1 test]$ bash test.sh       ## 出现如下的报错
NC_056054.1     5400001 5400002
NC_056054.1     5425001 5425002
NC_056054.1     8150001 8150002
NC_056054.1     17350001        17350002
' for reading (没有那个文件或目录)en file `

 。

 

002、测试，问题原因

[sy20223040796@admin1 test]$ ls
test.bed  test.sh
[sy20223040796@admin1 test]$ cp test.sh test2.sh      ## 错误脚本复制一份
[sy20223040796@admin1 test]$ dos2unix test2.sh        ## 将test2.sh转换 为linux格式
dos2unix: converting file test2.sh to Unix format ...
[sy20223040796@admin1 test]$ cat -A test.sh           ## 查看详细格式
awk 'BEGIN {chrom_map["1"] = "NC_056054.1"} {chrom = $1; rest = $2 "\t" $3; if (chrom in chrom_map) { print chrom_map[chrom], "\t" rest}}' test.bed ^M$
[sy20223040796@admin1 test]$ cat -A test2.sh          ## 查看详细格式
awk 'BEGIN {chrom_map["1"] = "NC_056054.1"} {chrom = $1; rest = $2 "\t" $3; if (chrom in chrom_map) { print chrom_map[chrom], "\t" rest}}' test.bed $
[sy20223040796@admin1 test]$ bash test.sh             ## 测试原始脚本， 有报错
NC_056054.1     5400001 5400002
NC_056054.1     5425001 5425002
NC_056054.1     8150001 8150002
NC_056054.1     17350001        17350002
' for reading (没有那个文件或目录)en file `
[sy20223040796@admin1 test]$ bash test2.sh             ## 测试修改后脚本呢， 无报错
NC_056054.1     5400001 5400002
NC_056054.1     5425001 5425002
NC_056054.1     8150001 8150002
NC_056054.1     17350001        17350002

 。

 

出现 ' for reading (没有那个文件或目录)en file `报错是因为shell脚本末尾多出了windows中的 ^M后缀， 在linux 中不兼容导致的。