Error: --recode does not support multipass recoding of very large files.

 

001、问题 Error: --recode does not support multipass recoding of very large files.

(base) [root@pc1 test01]# plink --bfile f1 --sheep --recode tab --out test       ## 使用命令

 

 

002、问题原因，内存过小

 

003、测试

[root@pc1 test01]# ls
f1.bed  f1.bim  f1.fam
[root@pc1 test01]# md5sum f1.*           ## 输出md5
51f2d8e84db60f2d09b55998abe3574b  f1.bed
46936c0ed6db3d7ee7e5f5ad5536df2d  f1.bim
1407a67e5c01b22a7566bf09f3f898b8  f1.fam
[root@pc1 test01]# free -h               ## 输出内存，内存为3.7G
              total        used        free      shared  buff/cache   available
Mem:           3.7G        458M        865M         30M        2.4G        2.9G
Swap:          3.9G        9.0M        3.9G
[root@pc1 test01]# plink --bfile f1 --sheep --recode tab --out test &> /dev/null    ## 测试命令
[root@pc1 test01]# echo $?                 ## 判断运算情况
4
[root@pc1 test01]# ls
f1.bed  f1.bim  f1.fam  test.log  test.nosex
[root@pc1 test01]# grep -i "error" test.log              ## 查看报错语句
Error: --recode does not support multipass recoding of very large files.

 

004、测试

xxxx@yyyy:~/x_ljx_test$ ls
f1.bed  f1.bim  f1.fam
xxxx@yyyy:~/x_ljx_test$ md5sum f1.*        ## 输出MD5
51f2d8e84db60f2d09b55998abe3574b  f1.bed
46936c0ed6db3d7ee7e5f5ad5536df2d  f1.bim
1407a67e5c01b22a7566bf09f3f898b8  f1.fam
xxxx@yyyy:~/x_ljx_test$ free -h            ## 输出内存，内存为3.4T
               total        used        free      shared  buff/cache   available
Mem:           3.4Ti       572Gi       925Gi        69Gi       2.0Ti       2.8Ti
Swap:          2.0Gi          0B       2.0Gi
xxxx@yyyy:~/x_ljx_test$ plink --bfile f1 --sheep --recode tab --out test &> /dev/null   ## 测试语句
xxxx@yyyy:~/x_ljx_test$ echo $?             ## 判断程序运行结果
0
xxxx@yyyy:~/x_ljx_test$ ls
f1.bed  f1.bim  f1.fam  test.log  test.map  test.nosex  test.ped
xxxx@yyyy:~/x_ljx_test$ grep -i "error" test.log    ## 查看是否有错误信息
xxxx@yyyy:~/x_ljx_test$

 

005、以上测试结果说明内存的原因导致了plink中 Error: --recode does not support multipass recoding of very large files的错误提示。