[TileDB::Buffer] Error: Cannot read from buffer; End of buffer reached.

 

001、问题：

 gatk DBI 模块在 sheep 1号染色体（其他染色体同样的命令并没有报错；一共134 sheep个体）调用GenotypeGVCFs 命令call  snps时出现如下报错：

 

002、问题原因

it looks like we are hitting the limits of zlib memory-wise. （达到zlib库的内存上限？）

 

003、解决方法

绵羊的1号染色体最长，将染色体打断，分成多个段去调用GenomicsDBImport 建库，然后再调用GenotypeGVCFs call SNPs, 比如分成三段，测试效果如下：

 目前运算正常， 推测应该是可行的。

 

 

reference：

01：https://github.com/broadinstitute/gatk/issues/7012