samtools flagstat 参数对bam文件统计结果解读

001、使用命令及生成结果

samtools flagstat -@ 56 ERR3143219.sort.bam > flagstat.txt   ## samtools flagstat统计

002、输出结果解读

(base) [b20223040323@admin1 test]$ cat flagstat.txt        ## 会多于原始的fastq中的reads数目，因为存在比对到参考基因组多个位置的情况
188862098 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads) ## 比对到参考基因组总的read数目，包括原始的fastq的总的reads数和和比对到参考基因组多个位置reads的计数
188853734 + 0 primary                     ## 原始的fastq中的read数目
8364 + 0 secondary                        ## 比对到参考基因组多个位置的reads数目
0 + 0 supplementary                       ## 可能存在嵌合的reads数目       
0 + 0 duplicates                          ## 重复的reads数目
0 + 0 primary duplicates
14985878 + 0 mapped (7.93% : N/A)         ## 比对到参考基因组的reads计数（包括比对到参考基因组多个位置的reads计数）占reads总数的比例
14977514 + 0 primary mapped (7.93% : N/A)  ##  原始reads比对到参考基因组的数目占原始reads的比例
188853734 + 0 paired in sequencing         ## 双端测序的数目（实际就是reads数）
94426867 + 0 read1                         ## read1的数目
94426867 + 0 read2                         ## read2的数目
4196196 + 0 properly paired (2.22% : N/A)  ## 完美比对的reads数目（双端reads比对到同一条序列，且根据比对结果推断的插入片段大小符合设置的阈值）
4241946 + 0 with itself and mate mapped    ## 双端reads均比对到参考基因组的数目
10735568 + 0 singletons (5.68% : N/A)      ## 双端reads，一端比对上， 另一端没有比对上的reads数目
42984 + 0 with mate mapped to a different chr    ## 比对到两条序列的reads数目
7258 + 0 with mate mapped to a different chr (mapQ>=5)   ## 且mapQ >= 5的数目

。

参考：

01、https://wenku.baidu.com/view/94ef844924d3240c844769eae009581b6bd9bd96.html?_wkts_=1699923563989&bdQuery=samtools+flagstat+%E5%8F%82%E6%95%B0+%E7%BB%93%E6%9E%9C%E8%A7%A3%E8%AF%BB