RepeatModeler 软件安装 缺少LWP::UserAgent

 

 

001、问题

(base) [sy20223040796@admin1 RepeatModeler-2.0.2a]$ perl configure    ##  配置 RepeatModeler，提示缺少 LWP：UserAgent模块

The following perl modules required by RepeatModeler are missing from
your system.  Please install these first:
    LWP::UserAgent

 

002、使用cpan、手动安装  LWP::UserAgent模块， 均不能解决该问题

 

003、系统中显示已经安装

(base) [sy20223040796@admin1 RepeatModeler-2.0.2a]$ rpm -qa | grep "libwww"    
perl-libwww-perl-6.05-2.el7.noarch     ## 安装该模块在虚拟机中测试可以解决 LWP:UserAgent报错

 

004、突破口

(base) [sy20223040796@admin1 RepeatModeler-2.0.2a]$ which perl     ## 折腾好久发现，系统调用的perl来自conda的安装（据此，推测可能不能调用系统（root)安装的模块）， 因此注释掉conda中的perl调用有望可以解决问题
~/anaconda3/bin/perl

 

005、将conda 中 perl 注释掉

(base) [sy20223040796@admin1 RepeatModeler-2.0.2a]$ which perl
~/anaconda3/bin/perl
(base) [sy20223040796@admin1 RepeatModeler-2.0.2a]$ mv ~/anaconda3/bin/perl ~/anaconda3/bin/perl_bak     ## 注释掉conda中的perl

 

006、重启一个终端，检测perl的可执行程序

(base) [sy20223040796@admin1 ~]$ which perl   ## 是系统的perl
/usr/bin/perl

 

007、重新配置 RepeatModeler

(base) [sy20223040796@admin1 RepeatModeler-2.0.2a]$ perl configure    ## 配置

 

没有缺少模块的提示， 证明了conda下的perl无法调用系统(root）安装的模块。