centos7 中 安装 RepeatMasker 和 RepeatModeler 过程

 

一、第一部分， 安装 RepeatMasker 

01、安装TRF、github地址：https://github.com/Benson-Genomics-Lab/TRF

 

tar -xzvf TRF-4.09.1.tar.gz
./configure
make
make install

 

02、安装rmblast

tar -xzvf rmblast-2.14.0+-x64-linux.tar.gz
cd rmblast-2.14.0/
cd bin/
(base) [root@pc1 bin]# ./rmblastn            ## 调用测试
BLAST query/options error: Either a BLAST database or subject sequence(s) must be specified
Please refer to the BLAST+ user manual.

 

003、安装 RepeatMasker

(base) [root@pc1 RepeatMasker]# ./configure   ## 配置环境； 然后根据要求输入安装软件的路径，截图如下：

 

 

 

 

 

等待安装完成。。。

一下是安装完成后的画面：

 

二、第二部分，  RepeatMoleder的安装

01、RECON的安装

tar -xzvf RECON-1.08.tar.gz
cd RECON-1.08/
cd src/
make

 

02、 安装RepeatScount

wget -c http://www.repeatmasker.org/RepeatScout-1.0.6.tar.gz

tar -xzvf RepeatScout-1.0.6.tar.gz
cd RepeatScout-1.0.6/
make

 

03、安装  LtrHarvest，LtrHarvest程序是GenomeTools套件的一部分，安装genometools即可

tar -xzvf genometools-1.5.9.tar.gz
cd genometools-1.5.9/
make threads=yes

 

004、安装 Ltr_retriever（可能非必须）

tar -xzvf LTR_retriever-2.9.5.tar.gz         ## 直接解压即可
cd LTR_retriever-2.9.5/

 

005、安装 MAFFT（非必须）

tar -xzvf mafft-7.407-without-extensions-msvc.tar.gz
cd core/
make
make install

 

006、安装 CD-HIT

tar -xzvf cdhit-4.8.1.tar.gz
cd cdhit-4.8.1/
make
make install

 

007、安装

tar -xzf NINJA-0.98-cluster_only.tar.gz
cd NINJA-0.98-cluster_only/
cd NINJA/
make all

 

008、下载： twoBitToFa, faToTwoBit, twoBitInfo

mkdir UCSCTOOLS
cd UCSCTOOLS
wget -c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/twoBitToFa
wget -c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/faToTwoBit
wget -c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/twoBitInfo

(base) [root@pc1 UCSCTOOLS]# ls
faToTwoBit  twoBitInfo  twoBitToFa
(base) [root@pc1 UCSCTOOLS]# chmod 755 *          ## 给与权限
(base) [root@pc1 UCSCTOOLS]# ls
faToTwoBit  twoBitInfo  twoBitToFa

 

009、 RepeatModeler的安装

perl ./configure      ## 配置； 然后按照要求输入对应程序的路径

 

最终结果如下：

 

 

 

 

参考：

01、https://blog.csdn.net/weixin_45045809/article/details/119836755