seqkit 软件根据序列ID删除指定的序列

 

001、 单个删除

(base) [root@pc1 test1]# ls
a.fa
(base) [root@pc1 test1]# cat a.fa                         ## 测试文件
>chr1
tttcccggg
>chr2
tttgggjjj
cccjjjjjj
>chr3
ccc
>chr4
aaaaatt
(base) [root@pc1 test1]# seqkit grep -v -p "chr1" a.fa      ## 删除chr1
>chr2
tttgggjjjcccjjjjjj
>chr3
ccc
>chr4
aaaaatt

 

(base) [root@pc1 test1]# ls
a.fa
(base) [root@pc1 test1]# cat a.fa     ## 测试fasta
>chr1
tttcccggg
>chr2
tttgggjjj
cccjjjjjj
>chr3
ccc
>chr4
aaaaatt
(base) [root@pc1 test1]# seqkit grep -v -p "chr2" a.fa     ## 删除chr2
>chr1
tttcccggg
>chr3
ccc
>chr4
aaaaatt

 

(base) [root@pc1 test1]# ls
a.fa
(base) [root@pc1 test1]# cat a.fa                      ## 测试fasta
>chr1
tttcccggg
>chr2
tttgggjjj
cccjjjjjj
>chr3
ccc
>chr4
aaaaatt
(base) [root@pc1 test1]# seqkit grep -v -p "chr4" a.fa    ## 删除chr4
>chr1
tttcccggg
>chr2
tttgggjjjcccjjjjjj
>chr3
ccc

 

002、批量删除

(base) [root@pc1 test1]# ls
a.fa  rm.list
(base) [root@pc1 test1]# cat a.fa         ## 测试fasta
>chr1
tttcccggg
>chr2
tttgggjjj
cccjjjjjj
>chr3
ccc
>chr4
aaaaatt
(base) [root@pc1 test1]# cat rm.list     ## 删除列表
chr2
chr4
(base) [root@pc1 test1]# seqkit grep -v -f rm.list a.fa     ## 删除命令
[INFO] 2 patterns loaded from file
>chr1
tttcccggg
>chr3
ccc

 。