线程数对samtools对bam文件构建索引速度的影响

 

001、

(base) [b20223040323@admin1 test]$ ls
ERR2985610.sorted.markdup.bam                    ## 1 线程
(base) [b20223040323@admin1 test]$ time samtools index -@ 1 ERR2985610.sorted.markdup.bam

real    1m3.268s
user    1m35.792s
sys     0m5.750s                                  ## 4线程
(base) [b20223040323@admin1 test]$ time samtools index -@ 4 ERR2985610.sorted.markdup.bam

real    0m19.516s
user    1m27.850s
sys     0m3.824s                                  ## 16线程
(base) [b20223040323@admin1 test]$ time samtools index -@ 16 ERR2985610.sorted.markdup.bam

real    0m8.634s
user    1m35.308s
sys     0m3.913s                                  ## 48线程
(base) [b20223040323@admin1 test]$ time samtools index -@ 48 ERR2985610.sorted.markdup.bam

real    0m8.564s
user    1m42.343s
sys     0m4.396s

 

线程数可以提高速度， 但是对速度的影响有瓶颈。

。