线程数对samtools对bam文件构建索引速度的影响
001、
(base) [b20223040323@admin1 test]$ ls ERR2985610.sorted.markdup.bam ## 1 线程 (base) [b20223040323@admin1 test]$ time samtools index -@ 1 ERR2985610.sorted.markdup.bam real 1m3.268s user 1m35.792s sys 0m5.750s ## 4线程 (base) [b20223040323@admin1 test]$ time samtools index -@ 4 ERR2985610.sorted.markdup.bam real 0m19.516s user 1m27.850s sys 0m3.824s ## 16线程 (base) [b20223040323@admin1 test]$ time samtools index -@ 16 ERR2985610.sorted.markdup.bam real 0m8.634s user 1m35.308s sys 0m3.913s ## 48线程 (base) [b20223040323@admin1 test]$ time samtools index -@ 48 ERR2985610.sorted.markdup.bam real 0m8.564s user 1m42.343s sys 0m4.396s
线程数可以提高速度, 但是对速度的影响有瓶颈。
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