linux 中 prefetch命令批量下载sra测序数据

 

001、 prefetch的安装

a、现在 NCBI官网：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

 

 b、

 

c、

 

d、

 

e、 解压、找到可执行程序

[root@pc1 software02]# ls
sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz                             ## 解压
[root@pc1 software02]# tar -xzvf sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz &> /dev/zero
[root@pc1 software02]# ls
sratoolkit.3.0.7-centos_linux64  sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz
[root@pc1 software02]# cd sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/         ## 进入该目录
[root@pc1 sratoolkit.3.0.7-centos_linux64]# ls
bin  CHANGES  example  README-blastn  README.md  README-vdb-config  schema
[root@pc1 sratoolkit.3.0.7-centos_linux64]# cd bin             ## 进入bin目录
[root@pc1 bin]# ls |head                                       ## 可执行程序
abi-dump
abi-dump.3
abi-dump.3.0.7
abi-load
abi-load.3
abi-load.3.0.7
align-info
align-info.3
align-info.3.0.7
bam-load

 

002、准备下载sra号的列表

 

[root@pc1 test02]# ls
download.list
[root@pc1 test02]# cat download.list      ## 准备下载列表
SRR3156163
SRR3157034
SRR3156160

 

003、设置下载存储目录

export HOME=/home/test02      ## 修改了默认的家目录，因为默认下载在家目录

 

004、下载命令

 

[root@pc1 test02]# /home/software02/sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/bin/prefetch --option-file download.list -X 100000000

 

。

 

参考：

https://codeleading.com/article/83981102254/