python实现将fastq的碱基质量ASCII码转换为数值

 

001、

 

[root@pc1 test1]# ls
a.fastq  ASCII2num.txt  test.py
[root@pc1 test1]# head -n 4 a.fastq       ## 测试fasta文件
@SRR12342886.1 1/1
TCTTCAAAAATTTCTCACAGCTTGTTGTGATCCACACAGTCAAAGGCTTTAAGTGTAGTCAGTGAAGCAGAAGTGGATATTTTTCTGGAATTCCCTTGCTTTCTCTGTGATCCAAGGGATTTGATCTCTGGTTCCTCTGCTTTTTCTAAAC
+
FFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF:F
[root@pc1 test1]# head ASCII2num.txt      ## ASCII对应表（已减去33）
!       0
"       1
#       2
$       3
%       4
&       5
,       6
(       7
)       8
*       9
[root@pc1 test1]# cat test.py              ## 转换程序
#!/usr/bin/enb python3
# -*- coding: utf-8 -*-

in_file = open("ASCII2num.txt", "r")
dict1 = {}
for i in in_file:
        i = i.strip().split("\t")
        dict1[i[0]] = i[1]
in_file.close()

in_file = open("a.fastq", "r")
list1 = []
for i in in_file:
        list1.append(i.strip())

dict2 = dict(zip(list1[1::4], list1[3::4]))
for i,j in dict2.items():
        for k in range(len(i)):
                print(i[k] + "→"  + dict1[j[k]] + "||", end = "")
        print("")

 

 

[root@pc1 test1]# ls
a.fastq  ASCII2num.txt  test.py
[root@pc1 test1]# python3 test.py | head -n 1     ## 运行程序
T→37||C→37||T→37||T→37||C→37||A→37||A→37||A→37||A→37||A→37||T→25||T→37||T→37||C→37||T→37||C→37||A→37||C→37||A→37||G→37||C→37||T→37||T→37||G→37||T→37||T→37||G→37||T→37||G→37||A→37||T→37||C→37||C→37||A→37||C→37||A→37||C→37||A→37||G→37||T→37||C→37||A→37||A→37||A→37||G→37||G→37||C→37||T→37||T→37||T→37||A→37||A→37||G→37||T→37||G→37||T→37||A→37||G→37||T→37||C→37||A→37||G→37||T→37||G→37||A→37||A→37||G→37||C→37||A→37||G→37||A→37||A→37||G→37||T→37||G→37||G→37||A→37||T→37||A→37||T→37||T→25||T→37||T→37||T→37||C→37||T→37||G→37||G→37||A→37||A→25||T→37||T→37||C→37||C→37||C→37||T→37||T→37||G→37||C→37||T→37||T→37||T→37||C→37||T→37||C→37||T→37||G→37||T→37||G→37||A→37||T→37||C→37||C→37||A→37||A→37||G→37||G→37||G→37||A→37||T→37||T→37||T→37||G→37||A→37||T→37||C→37||T→37||C→37||T→37||G→37||G→37||T→37||T→37||C→37||C→25||T→37||C→37||T→37||G→37||C→37||T→37||T→37||T→37||T→37||T→37||C→37||T→37||A→37||A→37||A→25||C→37||

 

。